肺鳞状细胞癌中甲基化调控基因及其临床意义

摘要

目的筛选肺鳞状细胞癌(LUSC)中受甲基化调控的基因,并分析其临床意义。方法从癌症和肿瘤基因图谱数据库中,下载338例LUSC组织和38例正常肺组织mRNA测序数据及DNA甲基化数据。采用R语言软件处理mRNA表达数据,筛选出差异表达基因(DEG),再运用受试者工作特征(ROC)曲线评估DEG鉴别LUSC组织和正常肺组织的效能,筛选出候选基因。使用minfi软件包分析TCGA数据库中甲基化数据,筛选出差异甲基化位点。利用MEXPRESS数据可视化工具,分析候选基因表达与其启动子区域DNA甲基化位点之间的相关性,筛选出与甲基化相关的目的基因及其位点。应用实时荧光定量PCR,检测21例LUSC患者癌组织及相应癌旁正常肺组织中目的基因的表达水平。结果筛选出目的基因SOX15及其cg01029592与cg13159929两位点。338例LUSC患者组织中SOX15mRNA相对表达量高于38例正常肺组织中的表达量(log2FC=4.758,P<0.001)。ROC曲线分析结果显示,SOX15高表达对鉴别LUSC组织和正常肺组织具有较高效能(曲线下面积为0.910,P<0.001)。位点cg01029592、cg13159929在LUSC组织中甲基化水平均低于正常肺组织(P<0.05)。在LUSC组织中SOX15的表达与cg01029592及cg13159929位点的甲基化水平呈负相关(均P<0.05)。位点cg01029592、cg12615880高甲基化水平者的总体生存率均高于低甲基化水平者(P<0.05)。实时荧光定量PCR结果显示,LUSC组织的SOX15mRNA的相对表达量高于癌旁正常组织(P<0.05)。结论SOX15或可成为LUSC肿瘤特异性标志物。SOX15启动子区低甲基化可能导致其mRNA高表达,并且与LUSC预后相关。