湖北襄阳2016-2017年埃可病毒11型流行株基因特征分析

摘要

目的 对2016-2017年中国湖北襄阳地区分离的埃可病毒11型(Echovirus 11,Echo11)基于VP1基因进行分子进化特征分析.方法 采集2016-2017年中国湖北襄阳地区手足口病患儿肛拭子或咽拭子标本,应用real-time RT-PCR技术对肠道病毒阳性样本进行筛选,对肛拭子或咽拭子样本进行病毒分离.采用常规RT-PCR方法对在人横纹肌瘤细胞上分离的Echo11病毒襄阳流行株VP1区和3株代表株全长基因扩增并进行序列分析,使用DNAStar7.0软件包中的MegAlign、MEGA6.0中的Data和Phylogeny软件对核苷酸和氨基酸序列同源性、突变位点进行分析和构建系统进化树等.使用SimPlot软件进行重组分析,对3株代表株全长序列和GenBank中下载的核苷酸序列进行BootScan扫描,生成相似性图.结果 本研究从3 494份手足口病患儿样本中共分离出Echo11病毒11株,占比0.31％.11株Echo11流行株的VP1基因同源性比较高.核酸序列和氨基酸序列同源性分别为98.4％ ～100.0％和98.3％ ～ 100.0％.11株Echo11襄阳流行株与Echo11原型株(Ech-o11/Gregory,X80059)核酸序列和氨基酸序列同源性分别为73.9％ ～74.8％和87.7％ ～ 88.7％.襄阳地区流行的Echo11毒株均属于D进化分支,与中国大陆部分地区2013年以来的流行株亲缘关系相近.襄阳流行株和2010年Echo1河南流行株和2015年的Echo6湖北流行株在多个区域有较高的相似度,说明襄阳流行株基因组的多个区域可能发生了重组.结论 襄阳地区流行的Echo11毒株均属于D进化分支,2016-2017年襄阳地区流行的Echo11是重组株.