糖尿病线粒体DNA常见易感基因位点检测芯片的研制

摘要

目的 建立一种快速、准确的检测糖尿病线粒体DNA常见易感基因位点的芯片技术.方法 将氨基修饰的16个常见易感基因位点(1888,3200,3206,3243,3290,3316,3394,3593,3426,12026,12258,14577,14693,14709,16189,16223)的野生型和突变型探针,通过Packard芯片点样仪点样于醛基修饰的基片上,室温保湿过夜固定.采用该基因芯片对52份已知和52份未知突变位点的2型糖尿病标本进行检测,每份样本平行测3次,Axon GenePix 4000B芯片扫描仪阅读芯片,GenePix Pro 4.0版芯片图像分析软件分析结果.结果 芯片样点分布均匀、清晰、规整度好、无漏点和连点;片内平行点之间的荧光强度变异系数为0.62%～9.64%,芯片间相同位点之间为1.00%～13.46%;背景信号低(突变型探针和野生型探针的背景荧光强度分别为43.25±2.10,44.56±2.63);减去背景信号的阳性探针荧光强度明显高于阴性探针(t=8.6,P=0.000),易于判断结果;初步设定筛选和诊断实验的突变型cut-off值;按此标准判断实验结果,筛选实验的假阳性率为11.11%,假阴性率为0.53%;诊断试验的假阳性率为2.22%,假阴性率为6.41%;除16189位点外,验证其他已知突变位点,并在未知突变样本中检出了A12026G突变和C16223T多态性,结果与测序结果一致.结论 该芯片可用于糖尿病线粒体DNA 15个常见易感基因位点的快速筛查和检验诊断.