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寡核苷酸序列分析

寡核苷酸序列分析的相关文献在2002年到2021年内共计421篇,主要集中在肿瘤学、基础医学、内科学 等领域,其中期刊论文420篇、会议论文1篇、专利文献318156篇;相关期刊110种,包括中国防痨杂志、中国病理生理杂志、中华病理学杂志等; 相关会议1种,包括第二届慢性乙型肝炎抗病毒治疗难点和热点学术会议等;寡核苷酸序列分析的相关文献由1971位作者贡献,包括赵建龙、孙建方、李健等。

寡核苷酸序列分析—发文量

期刊论文>

论文:420 占比:0.13%

会议论文>

论文:1 占比:0.00%

专利文献>

论文:318156 占比:99.87%

总计:318577篇

寡核苷酸序列分析—发文趋势图

寡核苷酸序列分析

-研究学者

  • 赵建龙
  • 孙建方
  • 李健
  • 尚世强
  • 李强
  • 赵雁林
  • 郑文岭
  • 郜恒骏
  • 陈刚
  • 马文丽
  • 期刊论文
  • 会议论文
  • 专利文献

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排序:

年份

    • 朱蒙燕; 黎钊; 王佳琦; 马阳阳; 张小燕; 王平
    • 摘要: 目的 揭示黑素瘤中可能与泛素结合酶2S(UBE2S)存在相互作用的基因,探讨UBE2S参与调控黑素瘤细胞生物学行为的分子机制.方法 将A375黑素瘤细胞分为基因敲降组和阴性对照组,分别用含LV-UBE2S-RNAi(14011-1)的慢病毒和CON053慢病毒转染细胞构建UBE2S敲降细胞株和阴性对照细胞株.提取两组细胞株RNA,并将其纯化及片段化,与芯片探针杂交洗染获取芯片数据.采用Ingenuity路径分析软件对获得的差异表达基因的芯片数据进行进一步解析,鉴定可能与UBE2S存在相互作用的基因,应用免疫印迹法对UBE2S调控的下游分子进行验证.采用双尾t检验筛选差异基因.结果 在基因敲降组与阴性对照组之间共筛选出差异倍数绝对值>2且P<0.05的差异基因512个,其中上调基因247个,下调基因265个.差异基因信息的Ingenuity路径分析结果证实,干扰素信号和肝X受体/视网膜X受体活化通路显著激活,真核起始因子2和核因子κB信号通路则被抑制.预测上游调控因子中IFNA2为强烈激活,核因子κB(复合物)被抑制.综合以上生物信息学分析结果,推测黑素瘤细胞UBE2S基因可通过调节IFITM1、STAT1、ISG15和TNFRSF11B基因的表达发挥功能.免疫印迹显示,A375细胞UBE2S基因敲降前后,IFITM1蛋白均未表达,敲降后ISG15蛋白表达上调19.94倍,STAT1蛋白表达上调1.47倍,TNFRSF11B蛋白表达下调79.1%.结论 UBE2S可能通过与STAT1、ISG15和TNFRSF11B的相互作用,共同调控黑素瘤肿瘤细胞生物学行为.
    • 张桂仙; 高丽; 李正伦; 张米; 谢祺
    • 摘要: 目的 利用基因芯片技术检测非结核分枝杆菌(NTM),以此了解该院人类免疫缺陷病毒(HIV)合并N T M感染患者的菌种分布和免疫学特征.方法 分析该院2012年9月至2019年12月从90例HIV感染者标本中分离到的90株NTM的分布情况,并分析患者的CD4+T淋巴细胞检测结果.结果 90例HIV合并N T M感染患者中共检出鸟分枝杆菌73株(81.11%),堪萨斯分枝杆菌6株(6.67%),龟脓分枝杆菌4株(4.44%),戈登分枝杆菌2株(2.22%),瘰疬分枝杆菌2株(2.22%),偶然分枝杆菌2株(2.22%),浅黄分枝杆菌1株(1.11%).CD4+T淋巴细胞<50个/μL的患者多为鸟分枝杆菌感染(42.22%);其次为堪萨斯分枝杆菌(4.44%),CD4+T淋巴细胞为50~200个/μL的患者感染鸟分枝杆菌也居多(28.89%).结论 鸟分枝杆菌是HIV合并NTM感染的主要菌种,基因芯片检测技术能够快速对NTM进行鉴定,并能用于多种类型标本检测,是值得推广的检测NTM感染的方法.
    • 弭苗苗; 姜慧慧; 魏晓楠; 刘杰; 辛钰; 孙成铭
    • 摘要: 目的基于生物信息学技术,筛选与雌激素受体(ER)阳性乳癌相关的长链非编码RNA(lncRNA),并初步探讨其与病人预后的关系。方法通过基因芯片技术,对4对手术切除的ER阳性乳癌组织及其癌旁正常组织进行lncRNA和mRNA的表达谱分析,并对差异表达的mRNA进行GO功能注释、KEGG通路富集分析及疾病富集分析;应用qRT-PCR方法对差异表达的lncRNA在40对ER阳性乳癌组织及癌旁组织中进行验证,同时在ER阳性乳癌细胞株MCF-7及正常乳腺上皮细胞MCF-10A做进一步验证;最后通过TCGA数据库对lncRNA在ER阳性乳癌组织中的表达水平进行分组,使用Kaplan-Meier生存曲线分析其表达量与预后的关系。结果基因芯片技术分析显示,在ER阳性乳癌组织及其癌旁正常组织共筛选出具有差异性表达的mRNA 3 949个、lncRNA 4 050个。选取其中差异表达最显著的7个lncRNA在组织中做进一步验证,发现LINC01614(t=10.380,P<0.01)、AC044784.1(t=3.490,P<0.01)、CTD-2510F5.4(t=3.235,P<0.01)在乳癌组织高表达;细胞学验证结果显示,LINC01614(t=3.714,P<0.05)、AC044784.1(t=5.827,P<0.01)、CTD-2510F5.4(t=4.415,P<0.05)在乳癌细胞株中同样高表达。TCGA数据库预后分析显示,纳入的791例ER阳性乳癌病人中,LINC01614高表达者预后相对更差(χ^(2)=7.50,P<0.01)。结论 LINC01614在ER阳性乳癌中高表达可能与乳癌的发生、发展及预后相关,可能成为乳癌治疗新的作用靶点。
    • 杨开颖; 代诗懿; 邱桐; 周江元; 陈思源; 吉毅
    • 摘要: 目的 研究增殖期与消退期婴儿血管瘤(IH)长链非编码RNA(lncRNA)与mRNA的差异表达情况.方法 2019年1-3月在四川大学华西医院小儿外科收集行手术切除治疗的8例IH组织(增殖期与消退期各4例),运用基因芯片技术筛选差异表达(P< 0.05,差异倍数≥1.5)lncRNA和mRNA,并用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术对芯片结果进行验证.同时,应用生物信息学方法,对差异基因进行GO功能和KEGG通路分析,并构建lncRNA-mRNA共表达网络,预测差异lncRNA的顺式作用靶基因.结果 通过基因芯片技术共筛选出405条差异lncRNA(108条下调,297条上调)与772条差异mRNA(107条下调,665条上调).qRT-PCR验证4条lncRNA (n335248、ENST00000450864、n333319和n335185)与4条mRNA(EDNRA、IFI6、HK2与ITGA1)的表达,结果与基因芯片检测结果一致.GO与KEGG富集分析发现,差异mRNA主要参与血管凝固、轴突导向、血管生成和细胞黏附等生物过程,差异mRNA主要富集在代谢通路、细胞局部黏附、肌动蛋白细胞骨架调控、白细胞跨内皮迁移、磷脂酰肌醇-3-激酶/丝苏氨酸蛋白激酶等信号通路.lncRNA-mRNA共表达网络由度值≥15的23条mRNA和58条lncRNA共同构建组成.结论 增殖期与消退期IH组织中存在大量差异表达的lncRNA和mRNA,这些lncRNA可能通过调控相应的靶mRNA参与IH发生发展.
    • 梁小烟; 林玫; 梁大斌; 蓝如束; 覃慧芳; 叶婧; 黄莉雯
    • 摘要: 目的 了解广西壮族自治区(简称“广西”)耐多药结核分枝杆菌(MDR-MTB)的耐药情况、基因型构成及基因型与耐药的相关性,为耐多药结核病的防控提供理论依据.方法 采用连续监测的方法,选取位于广西境内东、西、南、北、中的贵港、百色、崇左、桂林和防城港5个市为监测点,采用随机数字表法抽取5个市中的21个县(市、区),纳入于2016 2017年在当地结核病防治(简称“结防”)机构登记治疗且培养阳性的MTB菌株共1514株,使用WHO推荐的比例法对异烟肼(INH)、利福平(RFP)、乙胺丁醇(EMB)、链霉素(Sm)、氧氟沙星(Ofx)和卡那霉素(Km)进行耐药性检测,最终有51株确定为MDR-MTB菌株.运用熔解曲线间隔区寡核苷酸分型法(McSpoligotyping)对MDR-MTB菌株进行基因分型,将分型结果与SpolDB4.0数据库进行比对.结果 51株MDR-MTB菌株对EMB、Sm、Ofx和Km的耐药率分别为41.18%(21/51)、31.37%(16/51)、9.80%(5/51)和1.96%(1/51).北京基因型菌株占56.86%(29/51),非北京基因型菌株占43.14%(22/51).对EMB耐药的菌株中,北京基因型14株,占66.67%(14/21),非北京基因型7株,占33.33%(7/21),差异无统计学意义(x2=1.399,P=0.237);对Sm耐药的菌株中,北京基因型11株,占68.75%(11/16),非北京基因型5株,占31.25%(5/16),差异无统计学意义(x2 =1.343,P=0.246);对Ofx耐药的菌株中,北京基因型9株,占60.00%(9/15),非北京基因型6株,占40.00%(6/15),差异无统计学意义(x2=0.085,P=0.770);对Km耐药的菌株中,北京基因型1株,占100.00%(1/1),非北京基因型0株,占0.00%(0/1),差异无统计学意义(P=1.000).结论 应重视广西MDR-MTB菌株对EMB、Sm、Ofx和Km的耐药情况;MDR-MTB菌株主要为北京基因型;北京和非北京基因型对EMB、Sm、Ofx和Km的耐药率未见差异.
    • 洪创跃; 杨婷婷; 李金莉; 李霜君; 吴利凯; 杨争; 谭卫国
    • 摘要: 目的 利用全基因组序列分析方法研究深圳市耐多药结核分枝杆菌(MDR-MTB)的耐药基因突变类型特点,为耐药结核病的快速分子检测提供依据.方法 对2013-2017年深圳市慢性病防治中心及各区慢性病防治院门诊收集的所有449株MDR-MTB临床分离株进行全基因组测序,经与结核分枝杆菌标准菌株(H37Rv)基因组模板序列比对后获得447株满足分析要求的全基因组测序菌株.每株菌株经单核苷酸多态性(SNP)鉴定后与H37Rv各基因型和亚型的特异性突变和对11种抗结核药品已知的耐药基因突变进行比对,获得各菌株独属的基因型或亚型和耐药基因突变,并分析不同药品耐药基因中的主要耐药突变类型不同基因型或亚型间的相关性.结果 447株MDR-MTB中全基因组测序结果显示,432株(96.6%)发生基因突变,MTB对11种药品主要的耐药突变类型分别为katG-315-S/T[INH,81.7% (353/432)]、rpoB-450-S/L[RFP,59.7% (258/432)]、rpsL-4 3-K/R[Sm,66.0% (198/300)]、embB-306-M/V[EMB,35.5% (94/265)]、pncA启动子-11-T/C[PZA,8.9% (11/123)]、gyrA-90-A/V[Ofx,31.5% (39/124)]、rrs-1401-A/G[Am,48.1% (25/52)]、rrs-1401-A/G[Cm,100.0% (27/27)]、rrs-1401-A/G [Km,84.4% (27/32)]、inhA-15-C/T[Eto,84.2% (48/57)]、thyA-75-H/N[PAS,31.3% (10/32)],且发现存在2种及2种以上联合突变者有对INH、RFP、EMB和Sm耐药的菌株.深圳市MDR-MTB菌株的3个基因型为L1[0.4%(2/447)]、L2[84.6% (378/447)]和L4[15.0%(67/447)]型,其中L2型又分为3个亚型[L2.1型:1.9%(7/378)、L2.2型:37.0%(140/378)、L2.3型:61.1%(231/378)].突变类型为katG-315-S/T、rpsL-43-K/R和embB-306-M/V在L2型菌株中的突变率[分别为79.6%(301/378)、50.5%(191/378)、23.0%(87/378)]明显高于L4型菌株[分别为61.2%(41/67)、10.4%(7/67)、10.4% (7/67)](x2值分别为10.874、37.021、5.396,P值分别为0.001、0.000、0.020),且PAS耐药突变类型folC-43-I/T和thyA-75-H/N仅出现在L2型菌株中;其中katG-315-S/T在L2.2型菌株中突变频率[88.6%(124/140)]高于L2.3型[74.5%(172/231)](x2=10.764,P=0.000),而inhA-15-C/T (INH)、rpoB-450-S/L、rpsL-43-K/R和inhA-15-C/T (Eto)在L2.3型菌株中的突变频率[分别为8.2% (19/231)、61.9%(143/231)、59.3% (137/231)、15.6% (36/231)]明显高于L2.2型[分别为2.9% (4/140)、49.3% (69/140)、37.9% (53/140)、3.6% (5/140);x2值分别为4.319、5.668、16.053、12.797,P值分别为0.038、0.017、0.000、0.000)].结论 深圳市MDR-MTB菌株中11种药品耐药基因主要突变类型分别为katG-315-S/T、rpoB-450-S/L、rpsL-43-K/R、embB-306-M/V、pncA启动子-11-T/C、gyrA-90-A/V、rrs-1401-A/G、inhA-15-C/T、thyA-75-H/N;基因型为L1、L2和L4型,以L2.2型、L2.3型和L4型为主.
    • 何剑戈; 夏群; 吴凯楠; 杨凯锐; 贾栋; 李明昊
    • 摘要: 目的 筛选银屑病性关节炎(PsA)的致病基因,并对致病基因进行生物信息学分析.方法 选取美国生物信息技术中心(NCBI)的公共基因芯片数据(编号为GSE61281),通过R编程语言分析PsA患者外周血样本和对照组外周血样本的芯片数据,筛选差异表达基因,使用GLAD4U数据库与ToppGene数据库对差异表达基因进行优化和补充,筛选出PsA的致病基因.用DAVID和KOBAS3.0在线工具对致病基因进行富集分析,String数据库构建PsA致病基因的PPI网络,筛选PsA发病过程中的重点基因、主要生物过程及信号通路.结果 得到了与PsA发病密切相关的基因,差异表达基因中与PsA高度相关(得分较高且差异显著)的基因为CXCL10、LYN、JAK1、CARD11、ANXA1.GO富集分析结果显示,在免疫反应、炎症反应、固有免疫反应、信号转导、对脂多糖的应答等生物过程中富集的基因较多且较显著.KEGG分析显示,PsA致病基因主要富集的通路是细胞因子与细胞因子受体相互作用、炎症性肠病等.筛选的PsA致病基因与TNF、IL1B、IL13、IL17A、CCL2、IL23R基因之间存在相互作用关系.结论 筛选出与PsA发病高度相关的基因为CXCL10、LYN、JAK1、CARD11、ANXA1,这些致病基因参与免疫反应、炎症反应、固有免疫反应、信号转导、对脂多糖的应答等生物过程,可能通过影响细胞因子与细胞因子受体相互作用、炎症性肠病等通路来发挥作用,并与TNF、IL1B、IL13、IL17A、CCL2、IL23R基因之间存在相互作用关系.
    • LUN Yongzhi; SUN Jie
    • 摘要: 目的:通过筛选肝细胞癌(HCC)患者外周血单个核细胞(PBMC)诊断候选基因并分析其上游互作微小RNA(miRNA)、长链非编码RNA(lncRNA)、环状(circRNA)和参与的通路,探讨HCC发生、发展过程中的调控机制并寻找可用于临床诊疗的分子靶点.方法:利用GEO数据库筛选HCC患者PBMC中的差异表达基因集,分别进行功能富集及互作分析,继而利用网络模块划分方法寻找差异表达基因中的诊断候选基因,再利用mirDIP、starBase在线工具对诊断候选基因的上游miRNA、lncRNA、circRNA进行预测.结果:获得高可信度的差异表达基因265个,差异表达基因主要富集于增殖调控、代谢调节、细胞通信、炎症疾病等功能,基因本体及KEGG通路富集结果相互关联.筛选获得4个诊断候选基因,包括RNA结合蛋白FUS、C-X-C基序趋化因子配体8、卡林蛋白和RNA聚合酶Ⅱ亚单位H.预测到10个miRNA、1个lncRNA和38个circRNA符合筛选标准,最后构建出一个lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA-通路调控网络.结论:本研究基于数据挖掘方法筛选获得HCC患者PBMC中的诊断候选基因及其调控网络,为HCC的早期诊断和合理治疗提供了理论依据,有助于寻找新的肿瘤标志物.
    • 潘建华; 石国民; 马小华; 向延根
    • 摘要: 目的 了解长沙某医院结核分枝杆菌(MTB)耐药基因的分布情况.方法 分析长沙市中心医院2014年7月至2017年3月分离的1981株MTB耐药基因ropB、KatG和inhA的分布情况.结果 1981例M TB感染患者中共检出ropB基因突变型335株,突变率为16.91%(335/1981).ropB基因位点突变率由高至低依次为531[50.75%(170/335)]、516[21.19%(71/335)]、526[17.0%(157/335)]、511[14.33%(48/335)]、513[2.69%(9/335)]、533[2.39%(8/335)];检出KatG突变株310株,突变率为15.65%(310/1981);inhA突变型68株,突变率为3.43%(68/1981),合计耐异烟肼基因突变率为18.6%(369/1981).其中KatG AGC→ACC突变型占79.95%(295/369).结论 ropB基因531、516、526和511位点突变和KatG AGC→ACC突变是导致长沙某院结核病利福平和异烟肼耐药的主要因素,基因芯片技术可作为该院M TB耐药基因的快速筛选方法.
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