OrthoANI联合MALDI-TOF MS在胎儿弯曲菌鉴定与分型中的应用

摘要

目的 建立新型弯曲菌—"胎儿弯曲菌龟亚种(C.fetus subsp.testudinum)"质谱超级图谱库,为临床提供新的检测平台.方法 对收集的建库菌株采用Illumina二代测序平台2000/miSeq进行高通量全基因组测序,JAVA 8运行环境,进行直系同源基因的全基因组平均核苷酸一致性(average nucleotide identity,OrthoANI)分析;对收集的实验菌株、标准菌株及对照菌株进行质谱分析,建立"C.fetus subsp.testudinum"的超级图谱并验证.结果 OrthoANI分析得出:建库菌株与模式菌株C.fetus subsp.testudinum03-427的OrthoANI值为:99.30%~99.96%,而其与C.fetus subsp.venerealisNCTC10354、C.fetus subsp.fetus82-40的OrthoANI值在91.05%~92.26%.参考OrthoANI≥95%作为同一菌种的判定依据,故将建库菌株最终鉴定为"胎儿弯曲菌龟亚种".新建的超级图谱库鉴定准确率100%(与基因测序一致),可信度区间为:82.3%~99.9%,同一菌株鉴定重复性100%.结论 基于高通量测序及全基因组学分析的微生物分类新"金标准"为实验室质谱自建库提供了理想的参考价值,而建立准确、客观的"C.fetus subsp.testudinum"质谱超级参考图谱,为临床快速诊断胎儿弯曲菌感染提供了新的平台.