高通量核苷酸序列分析

摘要： 目的探讨二代测序技术检测血浆循环肿瘤DNA(ctDNA)中表皮生长因子受体(EGFR)突变状态在内蒙古地区晚期肺腺癌病人中的应用价值。方法分析内蒙古自治区人民医院2016年11月至2017年12月符合条件的50例晚期肺腺癌病人,采用突变阻滞扩增系统PCR(ARMS-PCR)法检测组织样本、二代测序技术检测血浆ctDNA中EGFR突变情况,比较两种检测方法的一致性,并以组织检测作为金标准,评价二代测序技术的有效性。结果以组织检测结果为金标准,血浆ctDNA中EGFR突变检测的灵敏度为96%,特异度为68%,一致率为84%。结论基于二代测序的血浆EGFR突变检测与组织样本检测具有较好的一致性(Kappa=0.66,P=0.001),可以通过二代测序技术来反映晚期肺腺癌病人的EGFR突变情况。

摘要： 目的基于高通量测序技术检测健康产妇与妊娠期高血压产妇子代胎盘组织中长非编码RNA(lncRNA)的差异表达情况,以探讨妊娠期高血压早期潜在生物学标志物及发病机制。方法选取在武警特色医学中心妇产科2018年1—6月收治的健康产妇(C组)及妊娠期高血压产妇(M组)。提取2组胎盘组织总RNA行高通量测序,数据评估与质控后,以差异倍数|Fold Change|>2且Q值40个的通路共有41条,包括12条代谢相关通路、10条有机体系统相关通路、8条人类疾病相关通路、4条细胞过程相关通路、4条遗传信息通路、3条环境信息相关通路。处于网络核心位置的基因主要包括PSMF1、DDX6、RPS27A、PSMB10、CASP10、GNB2L1、RELA、EIF4G1等。临床验证结果显示,妊娠期高血压产妇子代胎盘组织中ENST00000492363表达水平显著高于正常妊娠产妇子代胎盘组织(P<0.05)。结论胎盘组织中lncRNA的差异表达与妊娠期高血压相关,其中ENST00000492363表达上调且差异倍数最大;lncRNA靶基因可能主要通过调节物质代谢通路发挥作用,同时PSMF1、DDX6、RPS27A、PSMB10、CASP10、GNB2L1、RELA、EIF4G1等基因处于网络调控中心,可能与妊娠期高血压发生发展具有相关性。

摘要： 目的:分析复发性流产(recurrent spontaneous abortion,RSA)患者阴道菌群特征。方法:采集2020年12月—2021年9月就诊于山西省妇幼保健院的20例不明原因RSA患者(RSA组)和20例正常早孕人工流产患者(对照组)的阴道分泌物,采用16S rRNA高通量测序技术分析2组患者阴道菌群的差异。结果:α多样性分析显示,2组Chao1指数、Shannon指数、Observed_OTU指数比较,差异无统计学意义(均P>0.05)。β多样性分析显示,2组阴道细菌群落结构显著不同(P<0.05)。分类学分析显示,在门、科、属水平,2组共同的优势菌为假单胞菌(变形菌门),假单胞菌在RSA组中门、科、属水平的丰度分别为22.8%、21.9%、21.9%,在对照组中的丰度分别为17.9%、17.3%、17.3%,RSA组假单胞菌的丰度明显增加。结论:RSA患者存在阴道菌群失衡,特定菌属(如假单胞菌)可能与RSA发生、发展有关。

摘要： 目的探讨外周血中环状RNAs(circRNAs)在新疆维吾尔族2型糖尿病(T2DM)分子生物学发病机制的意义。方法采用高通量核苷酸测序,从维吾尔族正常对照者(NC组)和维吾尔族T2DM患者各5例(T2DM组)的外周血单核细胞中筛选出差异表达的circRNAs;扩大样本量(NC组20例、T2DM组22例)利用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)进一步验证差异表达的circRNAs。结果高通量核苷酸测序共筛选出134个差异表达的circRNAs,其中87个上调,47个下调;挑选表达明显上调hsa-circ-0139634、has-circ-0005414及明显下调hsa-circ-0032491、hsa-circ-0002922。通过RT-qPCR在两组维吾尔族人群外周血中进一步验证,hsa-circ-0139634、hsa-circ-0032491及hsa-circ-0002922在外周血样本中的差异表达有统计学意义,与测序结果一致;hsa-circ-0139634的ROC曲线下面积是0.926[95%CI(0.839~1.000),P<0.001],约登指数为0.833,敏感性为1.000,特异性为0.833,截断值为0.169;has-circ-0005414的ROC曲线下面积是0.575[95%CI(0.370~0.779),P=0.910],约登指数为0.278,敏感性为0.412,特异性为0.867,截断值为5.749;hsa-circ-0032491的ROC曲线下面积是0.316[95%CI(0.086~0.440),P=0.017],约登指数为0.056,敏感性为1.000,特异性为0.056,截断值为0.230;hsa-circ-0002922的ROC曲线下面积是0.263[95%CI(0.078~0.428),P=0.014],约登指数为0.080,敏感性为0.955,特异性为0.125,截断值为0.011。结论维吾尔族T2DM患者与NC人群存在差异表达的circRNAs谱;hsa-circ-0139634在维吾尔族T2DM分子生物学发病机制方面有潜在价值。

摘要： 目的探究染色体异常类型与年龄、妊娠方式及既往流产次数之间的关系。方法回顾性分析2018年8月至2019年8月西北妇女儿童医院因稽留流产行高通量测序技术检测绒毛染色体的病人235例,对其结果进行细分比较、统计分析。结果235例稽留流产病人绒毛染色体中,异常染色体有165例(70.21%),其中染色体数目异常占50.2%(118/235),并以三体为主占46.7%(77/118),且16-三体最为高发;染色体结构异常中,已知致病性的基因拷贝数高于未知致病及多态性。染色体正常组年龄(30.19±3.62)较异常组年龄(32.08±4.52)偏低(t=-3.11,P0.05)。结论早期流产的病因以染色体异常为主,年龄是影响胚胎染色体的重要因素,而妊娠方式及既往流产次数并未见明显影响作用。高通量基因测序技术染色体检测方法可明显增加染色体的异常检出率,更加准确地为明确稽留流产病因提供理论依据,继而可更好地指导下一次优良妊娠。

摘要： 目的探讨结肠癌患者肠黏膜组织定植菌群结构变化及其临床意义。方法选择97例结肠癌患者为病例组,97例结肠腺瘤患者为对照组,采用Illumina Miseq测序技术对细菌16S rRNA基因V4区进行测序,分析2组患者肠黏膜组织定植菌群结构差异,分析不同临床分期、淋巴结转移结肠癌患者肠黏膜组织定植菌群结构差异,采用spearman相关性分析结肠癌患者肠黏膜组织定植菌与临床分期、淋巴结转移的相关性。结果病例组患者肠黏膜组织中厚壁菌门、真杆菌属丰度显著低于对照组(P<0.05),病例组患者肠黏膜组织中变形菌门、梭杆菌属丰度显著高于对照组(P<0.05)。临床分期、淋巴结转移情况不同的结肠癌患者厚壁菌门、真杆菌属、变形菌门、梭杆菌属丰度差异具有统计学意义(P<0.05),结肠癌患者肠黏膜组织中变形菌门、梭杆菌属丰度与临床分期、淋巴结转移呈正相关(P<0.05);结肠癌患者肠黏膜组织中厚壁菌门、真杆菌属丰度与临床分期、淋巴结转移呈负相关(P<0.05)。结论结肠癌患者肠黏膜组织定植菌群结构发生了明显改变,出现了有益菌减少、有害菌增加的肠道定植菌群结构失调现象,且这种失调现象随着结肠癌病情程度的增加而加重,肠道黏膜菌群结构鉴定有望成为结肠癌高风险人群筛查的途径之一,调节肠道菌群有望成为防治结肠癌的新方法。

摘要： 目的探讨5型巴尔得-别德尔综合征(Bardet-Biedl syndrome,BBS)患者的临床特征,尤其是其表型和基因型,以提高临床对该病的认识。方法收集1例BBS成年患者的临床资料,对先证者提取基因组DNA进行全外显子捕获和测序,采用Sanger法对其父母高通量测序检出的致病基因位点进行验证,并进行家系突变分析和文献复习。结果患者,男,31岁,生后发现多指(趾)畸形;自幼肥胖、多尿、多饮伴夜尿;7岁时发现视力低下,20岁时发现肾功能异常。入院进一步检查发现双眼黄斑区视网膜全层萎缩、双肾萎缩伴囊肿性改变,慢性肾脏病5期。基因检测结果显示,BBS 5基因有2个复合杂合变异:c.1A>G(p.Met1?)以及1~5号外显子的大片段缺失变异c.(?-60)(386+1_387-1)del,均为严重致病性变异。结论报道了我国1例BBS 5基因变异的BBS患者,首次发现5型BBS患者有严重的肾脏表型。新发现了2种BBS 5致病性的变异,丰富了人类BBS的基因突变谱。

摘要： 目的探讨绒毛染色体异常与复发性自然流产(RSA)相关因素间的关系以及高通量基因测序(NGS)技术在RSA绒毛染色体检测方面的应用。[HTH]方法[HTSS]收集29例RSA患者绒毛组织,应用NGS进行绒毛染色体检测,并分析染色体异常与RSA相关因素(原发、继发、产妇年龄、孕周、流产次数)间的关系。[HTH]结果[HTSS]29例RSA绒毛样本均检测成功,成功率为100%,其中22例(75.9%)绒毛组织染色体异常,7例(24.1%)染色体检查未发现异常;22例中染色体数目异常21例(95.5%),结构异常1例(4.5%);染色体数目异常以三倍体最多(77.3%),尤其是16号染色体(22.7%);绒毛染色体异常与患者是否原发、继发RSA及其年龄、孕周、流产次数等因素无关(P>0.05),但继发性RSA、高龄、早期流产及流产次数多者绒毛染色体异常率较高。[HTH]结论[HTSS]胚胎绒毛染色体异常是RSA的主要原因,以染色体数目异常为主,高龄产妇且有继发性RSA、早期多次流产史者孕期应引起临床工作者的密切关注;NGS技术能够在基因水平上检测胚胎染色体,成功率高,尤其适用于流产组织的染色体检测。

摘要： 良好的子宫内膜容受性是胚胎植入的关键因素,容受期子宫内膜组织的基因表达与容受性密切相关.通过高通量转录组测序技术可以获得月经不同时期子宫内膜基因表达图谱以及调控基因表达的微小RNA(miRNA)和长链非编码RNA(lncRNA)序列,结合生物信息学分析,可以更好地了解容受期子宫内膜特异基因表达,并为其调控机制的研究提供技术支持,对于不孕症患者以及反复植入失败患者的诊治具有非常重要的临床应用价值.对高通量转录组测序在子宫内膜容受性及胚胎植入方面的相关研究进行了综述.

摘要： 目的 探讨高通量测序(high-throughput sequencing,HTS)技术在脊柱感染病原体检测中的应用价值.方法 2019年1月至2020年5月收治疑似脊柱感染患者41例,男31例,女10例,年龄(59.7±11.9)岁(范围29～75岁).有局部疼痛症状者37例、发热(≥38°C)15例、神经功能障18例.感染部位:颈椎4例,胸椎8例,腰椎29例.36例行病灶清除植骨融合内固定,5例行保守治疗(3例药物治疗,2例化疗).开放手术获取的病灶组织送病理学检查和HTS检查.保守治疗的2例采用CT引导经皮穿刺获取组织块,1例采用B超引导经皮穿刺获取脓液,1例采集静脉血,1例行腰椎穿刺采集脑脊液.组织块送病理学检查和HTS检查,液体标本送细菌培养和HTS检查.以病理检查结果为"金标准",计算HTS检查的敏感度和特异度.以HTS结果为依据,结合临床表现、影像学检查和病理学检查结果,术后选择针对性的抗生素或抗结核药物治疗.细菌性感染患者术后抗感染治疗3个月;结核患者采用"四联"(异烟肼+利福平+吡嗪酰胺+乙胺丁醇)抗结核治疗1年.观察治疗前后血液炎症指标变化,监测病情进展及疗效.结果 HTS病原体检测结果均在48 h内获得.初期的5例行一代测序验证,符合率为100％.41例中,26例结果阳性,阳性率63.4％,其中结核分枝杆菌13例(占31.7％)、葡萄球菌6例(占14.6％)、真菌和布鲁杆菌各2例(分别占4.9％).15例检测结果为阴性,包括肿瘤或肿瘤样病变2例.38例行病理学检查,结果提示化脓性感染7例、结核12例、肿瘤或肿瘤样病变2例,其余17例为炎症性病变.HTS的敏感度为80.0％(16/20),特异度为55.6％(10/18),阳性预测值及阴性预测值分别为66.7％(16/24)和71.4％(10/14).所有患者均随访3个月以上,治疗后3个月白细胞计数由入院时的(7.50±3.26)×109/L降至(6.22±2.53)×109/L,差异无统计学意义(t=1.082,P=0.290);C反应蛋白由(32.2±34.1)mg/L降至(4.5±10.5)mg/L,红细胞沉降率由(44.2±26.5)mm/1 h降至(18.6±12.1)mm/1 h,差异有统计学意义(t=8.963,P＜0.001;t=5.421,P＜0.001).结论 高通量测序技术在脊柱感染病原体检测中具有较高的阳性率及敏感度,具有一定的诊断价值.

摘要： 本发明公开了一种基于高通量测序分析寡核苷酸序列杂质的方法及应用。本发明的方法包括如下步骤：构建用于寡核苷酸序列杂质分析的高通量测序文库；将所述高通量测序文库进行高通量测序，并根据测序结果对寡核苷酸序列组分进行分析；所述构建高通量测序文库中所使用的延伸引物序列依次由序列2第1‑22位所示的DNA分子和N个碱基A或碱基T或碱基C或碱基G组成；所述N为大于等于6的整数。通过实验证明：本发明的基于高通量测序分析寡核苷酸序列杂质的方法可以快速、准确和全面的对寡聚核苷酸序列中各组分纯度和含量进行分析。

摘要： 本发明提供对检测靶核苷酸序列有用的检测靶结构的制造方法。提供由靶核酸(1)制造检测靶结构的方法。靶核酸(1)在其一部分含有靶核苷酸序列2(图1A)。按照本发明的方法，可以制造靶核酸(1)的靶核苷酸序列2以外的部分可形成双链，使用引物进行核酸的延伸的检测靶结构4(图1B)。还给出了通过本发明制造的检测用靶结构、使用该靶结构的靶核苷酸序列检测方法、检测靶结构制造用试剂盒、以及靶核苷酸序列检测用分析试剂盒。

摘要： 提供用于与参考多核苷酸序列相比标注样本多核苷酸序列中的变异的实施方案。实施方案的各方面包括：在至少一个计算机上执行定位参考多核苷酸序列中的局部区域的应用，该局部区域中存在样本多核苷酸序列的一个或多个碱基从参考多核苷酸序列中的对应碱基变化的似然，其中至少部分基于样本多核苷酸序列的映射配合读出确定该似然；对每个局部区域生成至少一个序列假设，并且对局部区域的至少部分优化该至少一个序列假设，以对局部区域得到高概率的一个或多个优化序列假设；以及分析优化序列假设以鉴定样本多核苷酸序列中的一系列变异标注。

摘要： 本发明公开了一种基于高通量测序分析寡核苷酸序列杂质的方法及应用。本发明的方法包括如下步骤：构建用于寡核苷酸序列杂质分析的高通量测序文库；将所述高通量测序文库进行高通量测序，并根据测序结果对寡核苷酸序列组分进行分析；所述构建高通量测序文库中所使用的延伸引物序列依次由序列2第1‑22位所示的DNA分子和N个碱基A或碱基T或碱基C或碱基G组成；所述N为大于等于6的整数。通过实验证明：本发明的基于高通量测序分析寡核苷酸序列杂质的方法可以快速、准确和全面的对寡聚核苷酸序列中各组分纯度和含量进行分析。

摘要： 本发明提供对检测靶核苷酸序列有用的检测靶结构的制造方法。提供由靶核酸(1)制造检测靶结构的方法。靶核酸(1)在其一部分含有靶核苷酸序列2(图1A)。按照本发明的方法，可以制造靶核酸(1)的靶核苷酸序列2以外的部分可形成双链，使用引物进行核酸的延伸的检测靶结构4(图1B)。还给出了通过本发明制造的检测用靶结构、使用该靶结构的靶核苷酸序列检测方法、检测靶结构制造用试剂盒、以及靶核苷酸序列检测用分析试剂盒。

摘要： 本发明本提供了一种肝素酶III及其编码核苷酸序列、包括该核苷酸序列的重组载体和宿主细胞以及应用，属于基因工程和发酵工程领域。所述肝素酶III包括如Seq ID No.2或Seq ID No.3所示的氨基酸序列，相对于原始的肝素酶III，改造后的肝素酶III的酶活没有下降，稳定性得到增强。

摘要： 本发明提供了一种突变型肝素酶Ⅰ及其编码核苷酸序列、包括该核苷酸序列的重组载体和宿主细胞以及应用，涉及分子生物学技术领域。该突变型肝素酶Ⅰ通过对现有肝素酶Ⅰ氨基酸序列可能影响肝素酶I稳定性的蛋白酶酶切位点进行突变，具体地，将现有肝素酶I的氨基酸序列第2位的Gln定点突变为His，第78位Glu定点突变为Met。经过上述突变后得到的突变型肝素酶Ⅰ在不影响肝素酶I的活性的条件下，相对于现有肝素酶I具有更好的稳定性。

摘要： 本发明公开了一种世纬苣苔的核苷酸序列鉴定方法及核苷酸序列的应用，包括以下步骤：S1：获取植物组织样本并提取样本DNA；S2：采用ITS引物和/或对样本DNA进行PCR扩增，电泳检测PCR扩增产物后，对PCR扩增产物进行测序。S3：将3次测序得到的序列通过DNAMAN软件进行比对，剪去两端不一致的不可信序列，得到植物组织样本的ITS序列和trnL‑F序列，用于鉴定该植物组织样本是否为世纬苣苔。本鉴定方法从分子水平分析分析世纬苣苔的遗传物质，进而能够快速准确的鉴定植物世纬苣苔，为世纬苣苔的保护和药用价值研究奠定基础。

摘要： 提供用于与参考多核苷酸序列相比标注样本多核苷酸序列中的变异的实施方案。实施方案的各方面包括：在至少一个计算机上执行定位参考多核苷酸序列中的局部区域的应用，该局部区域中存在样本多核苷酸序列的一个或多个碱基从参考多核苷酸序列中的对应碱基变化的似然，其中至少部分基于样本多核苷酸序列的映射配对读出确定该似然；对每个局部区域生成至少一个序列假设，并且对局部区域的至少部分优化该至少一个序列假设，以对局部区域得到高概率的一个或多个优化序列假设；以及分析优化序列假设以鉴定样本多核苷酸序列中的一系列变异标注。

摘要： 一种核苷酸序列，所述核苷酸序列中的每个核苷酸为修饰或未修饰的核苷酸，其中，该核苷酸序列包含核苷酸序列I，所述核苷酸序列I是核苷酸序列A中按照5'端‑3'端方向的第2位至第8位核苷酸中至少一个核苷酸被无环脱碱基基团所替代而形成的核苷酸序列，所述核苷酸序列A具有16‑30个核苷酸，并且所述核苷酸序列A与靶mRNA中的一段核苷酸序列至少有14个核苷酸反向互补，所述无环脱碱基基团具有如式(101)所示的结构。所述核苷酸序列、含有所述核苷酸序列作为反义链的双链寡核苷酸，含有该双链寡核苷酸的药物组合物和siRNA缀合物能够有效减少脱靶效应，达到降低毒性的目的。