利用宏基因组学鉴定藏猪腹泻粪便病毒种群

摘要

cqvip:为进一步了解藏猪腹泻粪便中病毒种群,从青藏高原地区16个藏猪场采集腹泻粪便样本146份,将样本混合成一个pool样,提取RNA反转录成cDNA,建库后利用TruSeq Illumina测序,对测序的序列进行整理分析及相关病毒的分子特征进行研究。数据分析结果表明:藏猪腹泻粪便样本病毒种群包括11个病毒科的19种病毒,主要以线性和环状的小DNA病毒为主,如猪粪相关环状病毒7型、猪腺病毒和猪博卡病毒(PBoV)等;与腹泻相关的病原有猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪圆环病毒2型(PCV-2)和牛病毒性腹泻病毒1型(BVDV-1)3种;与腹泻相关的新发病原有porcine bufavirus、rabovirus和pasivirus 3种。利用SOAP软件组装出猪细小病毒6型(PPV-6)、PCV-2、PBoV-2完整或接近全长的基因组和戊型肝炎病毒(HEV)完整的ORF 2基因序列,系统发育结果显示PPV-6和PCV-2与参考毒株有较近的遗传进化关系,PBoV-2与参考毒株有较远的遗传进化关系,单独聚为一簇,可能是一个全新的基因型。为进一步调查PCV-2在藏猪腹泻粪便中的检出率,对采集146份样本进行检测,检出率为10.96%(16/146,95%CI:6.4%~17.2%),且与四川地区PCV-2流行株有较近的亲缘关系。本研究发现藏猪腹泻粪便中病毒种类复杂多样,且可能存在与其他动物和人交叉感染情况,具有重要的公共卫生学意义,也为藏猪腹泻病防控提供一定的理论依据。