基于生物信息学分析黑素瘤中hTERT共表达基因及基因调控网络

摘要

目的 通过生物信息学的方法对hTERT基因网络及其相互作用的基因进行解密,研究hTERT共表达基因潜在的预后价值.方法 使用LinkedOmics数据库鉴定黑素瘤中hTERT共表达基因,使用GSEA对激酶-靶标富集、miRNA-靶标富集和转录因子-靶标富集进行分析.DAVID在线数据库对180个共表达基因进行GO和KEGG分析.STRING数据库、Cytoscape软件用于构建180个共表达基因的PPI网络图,并识别PPI网络中最重要的模块化基因.c-BioPortal分析模块化核心基因的生存分析结果,Oncomine数据库分析核心基因在黑素瘤组织和正常组织中的差异表达.结果 LinkedOmics数据库挖掘结果提示hTERT与几种肿瘤相关的激酶(如ATR)和转录因子(E2F家族)特异相关,这些激酶和转录因子调节基因组稳定性、有丝分裂和细胞周期.hTERT表达与癌症通路相关的功能网络有关.筛选出共表达基因180个,网络节度分析得到了8个核心基因,依次为TERT、ANLN、CDC25B、CDK4、CEP55、E2F7、KIF23、OIP5.蛋白-蛋白网络互作图(PPI)显示,hTERT与CDK4在蛋白互作关系上是直接关联.CDK4基因突变与扩增是黑素瘤患者DFS、OS的独立预后因素(P=0.0163、6.843E-3).结论 数据挖掘结果提示hTERT在黑素瘤中潜在的调控网络信息,与hTERT共表达的CDK4基因可能是黑素瘤预后标志物,为进一步研究hTERT在黑素瘤发生、发展中的作用奠定了基础.