一种用于检测靶基因是否发生融合突变的方法、引物组合、试剂盒及其应用

摘要

本发明涉及一种设计用于检测靶基因是否发生融合突变的引物组合的方法、引物组合、试剂盒及其应用。本发明所述引物设计方法沿可能的基因融合发生方向依次设计多条引物，组成引物组合，所述引物组合的引物沿基因融合发生的方向延伸，能够对发生未知融合的靶基因进行定向富集，克服现有扩增子测序方法无法靶向富集未知融合基因的缺点，有利于基因未知融合类型的发现和检测；同时，相邻两个引物之间的间隔为约0～130bp，对高度片段化的样本(如cfDNA、FFPE样本)的富集效果好。本发明还针对肺癌基因融合突变(包括ALK基因、NTRK1基因、RET基因、ROS1基因、FGFR3基因和NTRK3基因的融合突变)的检测设计引物组合，并对引物序列进行多轮检测和优化，最终获得对测序数据覆盖的均一性达85％以上，捕获效率达92％以上的引物组合，成功实现对多种肺癌基因未知融合突变的有效检测。