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Structure Based Sequence Dependent Stiffness Scale for Trinucleotides: A Direct Method

机译:基于结构的三核苷酸序列依赖性刚度量表:一种直接方法

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摘要

A new set of stiffness parameters for all the 32trinucleotide units has been set up directly from thethree dimensional structures of DNA molecules. It wasobserved that GAC/GTC is the stiffest trinucleotideand ACC/GGT is the most flexible one. The averagestiffness values computed for a set of operatorsequences using the new parameters correlate very wellwith the protein-DNA binding specificity and bindingfree energy change of 434 repressor and Cro repressor,respectively. The new structure based stiffness scalecan explain the protein-DNA binding specificity to thelevel of 0.92.
机译:直接从DNA分子的三维结构建立了所有32个三核苷酸单元的一组新的刚度参数。观察到GAC / GTC是最硬的三核苷酸,而ACC / GGT是最灵活的三核苷酸。使用新参数为一组算子序列计算的平均刚度值分别与434阻遏物和Cro阻遏物的蛋白质-DNA结合特异性和自由结合能变化非常相关。基于新结构的刚度标度可以解释蛋白质-DNA结合特异性至0.92的水平。

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