基于癌症基因组图谱构建胃癌预后评估模型

摘要

目的 采用生物信息学方法,对癌症基因组图谱(TCGA)数据库中胃癌转录组数据进行分析,构建胃癌预后评估模型,筛选影响胃癌发生及预后的生物标志物.方法 从TCGA数据库下载胃癌转录组数据及临床病理资料(胃癌样本375例,癌旁正常样本32例)并合并成矩阵,采用R"edgeR"包筛选差异表达基因(DEGs),采用R"Survival"包对DEGs进行Cox单因素、多因素回归分析,构建胃癌预后评估模型.结合临床病理特征,验证该模型在预后评估中的有效性.结果 基于"edgeR"包共筛选出4332个DEGs,纳入Cox单因素分析,结果显示710个DEGs与胃癌预后相关(P<0.01),取P<0.001的25个DEGs纳入Cox多因素分析,得到包含8个DEGs(BCHE、INPP5J、VCAN、IGFBP1、CGB5、HP、PSG9、AFF2)胃癌预后评估模型,基于模型风险评分将样本分为高、低风险组,Kaplan-Meier生存曲线结果显示高、低风险组5年总生存率(OS)分别为56.20％、17.27％(P<0.001),ROC曲线证实该预测模型有一定的准确性(AUC=0.758).将临床病理特征纳入Cox回归分析,结果显示,高龄和风险评估模型评分为高风险是影响TCGA胃癌患者预后的独立危险因素.结论 基于生物信息学方法构建的胃癌预后评估模型可成为胃癌预后判断的新指标.