猪传染性胃肠炎病毒S蛋白的二级结构和B细胞抗原表位的预测

摘要

以TGEV(猪传染性胃肠炎病毒)基因组序列为基础,运用Gamier-Robson、Chou-Fasman和Karplus-Schulz方法预测其S蛋白的二级结构,运用Kyte-Doolittle方法对S蛋白的亲水性进行分析,并分别运用Jameson-wolf方法和Kmlrd方法预测了其抗原指数和表面可及性,最后结合吴玉章的方法综合分析预测了其B细胞抗原表位.结果显示,а螺旋数量少且分散,p折叠占据面积较大,柔性区域主要集中在N端第22～30、45～76、100～172、239～301、348～419、451～519、541～633、645～720、746～796、822～887、921～986、1052～1201、1239～1384、1434～1445区段.S蛋白可能的B细胞抗原位点是N端第20～32、44～54、69～78、97～106、635～655、781～803、949～994、1307～1 328、1 346～1 362、1 432～1 448区段,这些区段内部或附近都有柔性区域存在,可作为S蛋白的抗原优势表位.