口蹄疫病毒分型诊断芯片探针设计初报

摘要

为建立口蹄疫病毒(Foot-and-mouth disease virus,FMDV)不同血清型与基因型的基因芯片检测方法,设计针对O型8个基因型、A型3个基因型和亚洲1型的特异性探针.从美国GenBank与英国世界口蹄疫参考实验室基因库下载了O型、A型和亚洲1型FMDV的VP1基因序列547条.对每一血清型序列用DNA Star软件ClastalW程序进行多重比对,做系统发育分析并进行基因分型.用生物学软件Bio Sun 2.0建立基因型数据库,设计每一基因型的特异性探针.共设计出104条候选探针,通过芯片试验筛选出12条特异性探针.以各型特异性探针所对应的靶序列模板做10倍系列稀释进行PCR扩增,扩增产物与探针杂交,验证各探针的灵敏度.对O型SEA、Euro-SA、ME-SA、WA 4个基因型的各条探针的灵敏度进行了检验,结果这些探针能够检测到102数量级拷贝数的阳性靶标.