凡纳滨对虾SNP标记开发与家系亲缘关系验证分析

摘要

本研究基于转录组序列开发了37个SNP标记,并对22个凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)家系进行了遗传多样性、家系聚类和亲子鉴定分析,探讨SNP标记在对虾家系选择育种中的应用途径.结果 显示,37个SNP位点在凡纳滨对虾22个家系中的平均期望杂合度(He)和平均观测杂合度(Ho)分别为0.38和0.34;平均多态信息含量(PIC)为0.30,属于中度多态性(0.25＜PIC＜0.5).对家系进行遗传距离计算和聚类分析,半同胞家系F11和F17间的遗传距离最小(0.04),最先聚在一起.亲子鉴定结果表明,在双亲性别已知情况下,亲子间的累积排除率(CPE)为99.99％,子代的实际鉴定率为77.27％.研究表明,在凡纳滨对虾性状测试和系谱追踪过程中,利用高质量的SNP标记代替物理标记来识别家系是一种准确可行的方法.