刺参(Apostichopus japonicus)重要经济性状相关SNP标记的验证分析

摘要

本研究在前期构建的刺参(Apostichopus japonicus)高密度遗传连锁图谱和QTL分析的基础上,筛选出26个与体长、体重、体宽、棘刺总数、抗病力相关的SNP位点,设计出可用于HRM检测的SNP扩增引物13对.在扩大群体中利用HRM小片段法对这13个刺参重要经济性状相关的候选SNP位点进行分型和多态性检测,并结合扩大群体的相关性状数据进行了QTL位点验证.多态性结果显示,13个位点中有3个单态性位点,其余10个多态性位点中有3个位点为低等位多态性,7个位点为中等位多态性.10个多态性位点的最小等位基因频率(MAF)介于0.016(SNP 113)～0.332(SNP160)之间,平均值为0.173;各位点的观测杂合度(Ho)介于0.031 (SNP113)～0.818(SNP9)之间,平均值为0.433;期望杂合度(He)介于0.03 1(SNP 113)～0.834(SNP9)之间,平均值为0.402;多态信息含量(PIC)介于0.030(SNP113)～0.393(SNP160)之间,平均为0.248,有6个位点偏离Hardy-Weinberg平衡.QTL验证结果表明,SNP40和SNP160位点为与生长(体长、体重、体宽)相关的位点,各位点的优势基因型分别为SNP40(CC)和SNP160(AA);SNP88、SNP112和SNP 126这3个位点为与抗病力相关的位点,各位点的优势基因型为SNP88(CC)、SNP 112(AA)和SNP126(TT).基于这5个位点构建生长和抗病二倍型,发现二倍型K1(CC AA TT)抗病力最强,S1(CC AA)、S3(CCAC)在生长方面优势显著,相关研究结果可为分子标记辅助育种在生产中应用提供基础数据.