SNP标记

摘要： 由国际玉米小麦改良中心(CIMMYT)培育的春小麦高代选系C271对小麦条锈病保持抗性近40年.为明确C271的抗条锈病遗传组分,利用感病品种晋麦79与C271杂交构建含有229个F2:3家系的遗传群体,并于2019年在陕西杨凌和四川江油进行成株期病害调查.运用集群分离分析(BSA)结合高密度660K芯片策略在3B染色体短臂上快速挖掘出大量的与抗病关联的SNP,利用等位基因特异的定量PCR标记(AQP)进行验证并作图,成功检测到一个效应值较大的QTL,可解释表型变异为22.7％～30.8％,暂命名为YrC271,位于标记AX-109001377和AX-111087256之间,约1.9 cM,对应的物理距离1.9 Mb.利用已公布的小麦基因组信息对该区间进行比较基因组分析,结果表明,与中国春基因组相比,不同材料间存在小片段的插入以及倒位现象,但总体共线性良好.同时利用1484份小麦660K分型数据对该区间进行单倍型分析,总体可分为5种区间单倍型,其中C271所在的单倍型组的抗性优于其他组.虽然C271不含有Yr30和Yr58连锁标记的阳性片段,但从相对遗传位置、条锈病抗性表现以及育种系谱看,YrC271与Yr30和Yr58都很类似,其关系需要进一步确认.对主效QTL定位来讲,芯片结合BSA策略可快速锁定目标QTL区域,再应用AQP技术既提高了作图效率,也降低了标记分析的成本,为高通量基因/QTL定位工作提供了借鉴.

摘要： 亚洲栽培稻(Oryza sativa L.)分为籼、粳2个亚种,随着杂交水稻的发展、种间杂种优势的利用,籼粳之间的界限变得越来越模糊.本研究利用3000份水稻种质资源信息,通过计算约2000万个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点的SNP-index值,进行籼粳特异SNP位点筛选,最终得到4084个籼粳特异SNP位点(4k-SNP);同时确定以籼粳指数作为水稻品种籼粳鉴定的指标.研究进一步采用大规模简单随机取样等统计分析方法对籼粳特异位点进行数据降维处理,将4k-SNP精简至40个SNP位点(40-SNP),用于水稻籼粳鉴定.为了验证40-SNP的籼粳鉴定效果,本研究一方面利用水稻生产上推广的82份选育品种,对40-SNP籼粳鉴定结果与4k-SNP鉴定结果进行比较,结果发现40-SNP与4k-SNP得出的粳型指数非常接近,相关系数为0.99;另一方面利用全球6类型(indica、aus、rayada、aromatic、tropical japonica、temperate japonica)水稻品种共49份材料,对40-SNP籼粳鉴定结果与4k-SNP及程氏指数法籼粳鉴定结果进行比较,发现40-SNP与4k-SNP及程氏指数法籼粳鉴定结果的相关系数分别在0.98和0.86以上.这些结果证实了40-SNP对水稻品种籼粳鉴定的有效性及准确性.另外发现40-SNP对水稻6种亚群类型也有很好鉴别效果,其中indica的粳型指数0.90,temperate japonica粳型指数最高,基本为1.00.本研究为研究水稻籼粳分化、杂种优势利用以及水稻种子管理条例制定等方面提供了数据支撑及理论基础.

摘要： 基于全基因组重测序技术开发的SNP标记,对香樟及近缘种的亲缘关系进行分析,结果表明,通过对16个香樟无性系和2个近缘种进行重测序分析,共获得209 Gb原始数据,平均有效测序深度16×.共获得约209308831个高质量SNP,纯合SNP共165814908个,杂合SNP共43493923个.由系统进化树可知11份芳樟无性系聚在一起,3份芳樟无性系与油樟聚在一起,然后与龙脑樟聚在一起,沉水樟和肉桂先被分离出来;通过主成分分析将16份香樟无性系分为3类,分别为芳樟类群、龙脑樟和油樟类群;芳樟、龙脑樟和油樟精油成分存在差异,为不同的化学利用类型.

摘要： 解析小麦耐旱遗传机制,发掘耐旱基因,选育耐旱品种,是减少干旱对中国粮食生产安全威胁最为经济、高效的方式。周8425B是中国黄淮麦区重要的小麦骨干亲本,农艺性状优良,其衍生品种具有较好的耐旱特性。本研究基于68份来自于河南、山东等地的周8425B衍生品种,利用50K SNP芯片对耐旱相关性状进行全基因组关联分析(genome-wide association analysis,GWAS)。结果表明,共检测到252个显著关联的SNP标记,分布于37个位点上,可解释7.9%~21.5%的表型变异。其中,16个位点与已报道的位点位置部分重叠或一致,其余21个为新的位点。周麦16、矮抗58、郑农21、淮麦28、周麦21、郑麦379、浏虎98和偃展4110共8份品种具有较好的耐旱性,且含有较多的优异等位基因,可应用于下一步遗传育种中。本研究对解析小麦耐旱遗传机制,选育耐旱品种具有参考价值。

摘要： 从辽宁、山东、河南和四川等地采集养殖黄河鲤(Cyprinus carpio)、荷包红鲤(Cyprinus carpio Red var wuyuanensis)、福瑞鲤、松浦镜鲤(Cyprinus carpio songpu mirror carp)、建鲤(Cyprinus carpiovar Jian)和丰鲤(Cyprinus carpio)6个鲤品种,采用基于Carpbase数据库和已报道的与鲤体色、生长性状相关的数量性状基因挑选SNP标记,群体验证后选择位点,研究SNP标记和鉴定黄河鲤的方法。结果共获得候选位点27个,理论上选择其中12个特异性最好的标记组合,可满足黄河鲤在我国80%以上鲤主产区的鉴定,黄河鲤鉴定错误率小于6×10-5。本实验使用12个标记组合对40个验证样本鉴别,结果显示,市场上存在黄河鲤虚假销售的情况。利用DNA标记进行黄河鲤溯源研究,可以准确鉴定来源,有利于维护消费者合法权益,保护黄河鲤相关产业经营。

摘要： 利用4550个SNP位点对80份玉米自交系进行遗传分析,质控后剩余79份自交系用于后续分析;多态性信息含量(PIC)平均值为0.39;79 份自交系间的遗传相似度变化范围为 24.9%~99.9%,平均遗传相似度为51.2%。根据遗传距离信息,利用NJ聚类法将79份玉米自交系划分为两大类、7个亚群。一类包含瑞德、黄改、P群和Lancaster;一类包含Iodent、迪卡选系和先锋改良群。其中系谱来源不清晰的玉米自交系均被划分至不同类群中,明确了其优势类群。

摘要： 为了对漳州南部茶树种质资源进行有效地标识和保护,利用SNP分子标记技术对该地区茶树种质资源的指纹图谱和分子身份证进行构建。以福建省漳州市云霄县、诏安县的74份茶树种质为材料,利用SNP分子标记技术对茶树种质资源进行基因分型,再用筛选出的24个最佳位点进行茶树品种资源分子身份证的构建。本研究构建了74份茶树种质的DNA指纹图谱;以“4位数字的茶树基本信息+24个基因型”为身份证编码标准,构建茶树品种资源的分子身份证,进而生成相应的条形码和二维码信息,可以快速进行扫码识别。本研究构建了漳州南部茶树种质资源的分子身份证,使得每一个茶树种质具有唯一的分子身份证,对于地方特色茶树种质资源的鉴定、保护和推广具有重要意义。

摘要： 鉴定小麦耐盐种质对于充分利用盐碱地和保障粮食安全具有重要意义。CH7034是本实验室自育的1份小麦耐盐品系,为了明确其耐盐性遗传规律和控制位点,利用CH7034与盐敏感品种SY95-71的重组自交系群体进行QTL分析。基于SNP芯片数据和盐害指数(salt injury index),在2A、2D、4B和5A染色体上共检测出6个QTL,分别为QSI.sxau_2A、QSI.sxau_2D、QSI.sxau_4B.1、QSI.sxau_4B.2、QSI.sxau_5A.1和QSI.sxau_5A.2。其中,QSI.sxau_5A.1在3次盐胁迫试验中均能被检测到,具有最高的表型变异解释率(15.73%~20.18%),且不同于5AL染色体上已报道的其他耐盐位点。在QSI.sxau_5A.1区间开发并整合了7个SSR标记,将LOD峰值进一步确定在SSR-D1处。基于转录组数据库,从QSI.sxau_5A.1区段内筛选了12个响应盐胁迫的高置信基因。研究结果为CH7034耐盐位点的精细定位乃至克隆奠定了基础,也为小麦耐盐品种选育提供了新种质和分子标记。

摘要： 旨在筛选可用于滩羊亲子鉴定的部分SNP标记,对羊群的保种和繁衍具有重要意义。本试验以宁夏盐池地区的159只滩羊为研究对象,利用600K基因芯片进行SNP测定,通过主成分分析了解样本的遗传背景,依据系统进化树划分家系,最后进行亲子鉴定研究。结果显示,大多数滩羊之间遗传背景相近,系统进化树将其划分为5大家系;亲子鉴定筛选到了211个高质量SNPs,单亲累积排除概率超过99.99%,具有很高的准确性和可靠性;父权鉴定结果表明,在95%置信水平下,观测鉴定率为79%,80%置信度下,观测鉴定率达到87%。在有结果的子代中,大部分真实亲本在疑似父本中找到,即非系谱记录的父本,说明场内应加强系谱管理,尽量避免错误的发生。

摘要： 本研究旨对云上黑山羊3个核心群的遗传多样性及遗传关系进行研究分析。选取云上黑山羊弥勒(HM)、寻甸(HX)和团结乡(HY)3个群体共668只母羊,基于MassARRY核酸质谱分析系统对25个SNP位点进行检测分型,应用GenAlex6.5、CERVUS 3.0、MEGA 4、Structure V2.3.3、Plink v1.07等软件计算遗传多样性信息,分析群体遗传多样性、遗传距离、群体遗传结构等。结果显示:实验共检出16 700个基因型数据,平均检出率93.04%;3个群体PIC值在0.210~0.227;观测杂合度Ho(0.210~0.240)均小于期望杂合度He(0.260~0.276);Shannon指数在0.372~0.432之间,均小于1;Fst值为0.015~0.030,处于较低程度分化状态;Fis值在0.099~0.188之间,3个群体存在不同程度的自交。PCA主成分分析和Structure遗传结构分析结果显示3个山羊群体分类为一个群体,亲缘关系较近。UPGMA聚类分析显示弥勒群体和寻甸群体有较近的遗传关系,先聚为一支,再与团结乡群体聚为一支。研究结果为云上黑山羊差异化品系培育提供了科学依据。

摘要： 柞蚕(Antheraea pernyi)是鳞翅目大蚕蛾科绢丝昆虫,具有经济价值和食用价值.目前,在柞蚕基因组研究中仍没有SNP标记开发及遗传图谱构建的相关报道.以高通量测序为基础的简化基因组测序技术(RAD-seq),以其流程简单,不受有无参考基因组的限制,可简化基因组的复杂性,减少费用等特点,适用于柞蚕的基因组学研究,通过一次测序就可获得海量的SNP标记.RAD-seq技术在许多物种中,已成功用于超高密度遗传图谱的构建、重要性状的精细定位等工作.本文主要介绍RAD-seq技术及其在基因组学研究中的应用,为促进该技术在柞蚕遗传标记开发和遗传图谱构建中的应用,为推动柞蚕育种工作的快速发展奠定理论基础.

摘要： 柞蚕(Antheraea pernyi)是鳞翅目大蚕蛾科绢丝昆虫,具有经济价值和食用价值.目前,在柞蚕基因组研究中仍没有SNP标记开发及遗传图谱构建的相关报道.以高通量测序为基础的简化基因组测序技术(RAD-seq),以其流程简单,不受有无参考基因组的限制,可简化基因组的复杂性,减少费用等特点,适用于柞蚕的基因组学研究,通过一次测序就可获得海量的SNP标记.RAD-seq技术在许多物种中,已成功用于超高密度遗传图谱的构建、重要性状的精细定位等工作.本文主要介绍RAD-seq技术及其在基因组学研究中的应用,为促进该技术在柞蚕遗传标记开发和遗传图谱构建中的应用,为推动柞蚕育种工作的快速发展奠定理论基础.

摘要： 柞蚕(Antheraea pernyi)是鳞翅目大蚕蛾科绢丝昆虫,具有经济价值和食用价值.目前,在柞蚕基因组研究中仍没有SNP标记开发及遗传图谱构建的相关报道.以高通量测序为基础的简化基因组测序技术(RAD-seq),以其流程简单,不受有无参考基因组的限制,可简化基因组的复杂性,减少费用等特点,适用于柞蚕的基因组学研究,通过一次测序就可获得海量的SNP标记.RAD-seq技术在许多物种中,已成功用于超高密度遗传图谱的构建、重要性状的精细定位等工作.本文主要介绍RAD-seq技术及其在基因组学研究中的应用,为促进该技术在柞蚕遗传标记开发和遗传图谱构建中的应用,为推动柞蚕育种工作的快速发展奠定理论基础.

摘要： 柞蚕(Antheraea pernyi)是鳞翅目大蚕蛾科绢丝昆虫,具有经济价值和食用价值.目前,在柞蚕基因组研究中仍没有SNP标记开发及遗传图谱构建的相关报道.以高通量测序为基础的简化基因组测序技术(RAD-seq),以其流程简单,不受有无参考基因组的限制,可简化基因组的复杂性,减少费用等特点,适用于柞蚕的基因组学研究,通过一次测序就可获得海量的SNP标记.RAD-seq技术在许多物种中,已成功用于超高密度遗传图谱的构建、重要性状的精细定位等工作.本文主要介绍RAD-seq技术及其在基因组学研究中的应用,为促进该技术在柞蚕遗传标记开发和遗传图谱构建中的应用,为推动柞蚕育种工作的快速发展奠定理论基础.

摘要： 本研究利用香菇135菌株46个single-spore-isolates作为作图群体，通过Solexa高通量测序技术对135菌株的2个原生质体单核体135A和135B及作图群体基因组DNA进行测序，利用筛选的2253个SNP标记和2个交配型位点构建了一张包含14条连锁群的香菇遗传连锁图普。这将是首张基于全基因组序列的香菇遗传图谱，对于后续的香菇QTL定位、分子标记辅助选择等研究具有重大意义。

摘要： 本研究利用香菇135菌株46个single-spore-isolates作为作图群体，通过Solexa高通量测序技术对135菌株的2个原生质体单核体135A和135B及作图群体基因组DNA进行测序，利用筛选的2253个SNP标记和2个交配型位点构建了一张包含14条连锁群的香菇遗传连锁图普。这将是首张基于全基因组序列的香菇遗传图谱，对于后续的香菇QTL定位、分子标记辅助选择等研究具有重大意义。

摘要： 本研究利用香菇135菌株46个single-spore-isolates作为作图群体，通过Solexa高通量测序技术对135菌株的2个原生质体单核体135A和135B及作图群体基因组DNA进行测序，利用筛选的2253个SNP标记和2个交配型位点构建了一张包含14条连锁群的香菇遗传连锁图普。这将是首张基于全基因组序列的香菇遗传图谱，对于后续的香菇QTL定位、分子标记辅助选择等研究具有重大意义。

摘要： 本研究利用香菇135菌株46个single-spore-isolates作为作图群体，通过Solexa高通量测序技术对135菌株的2个原生质体单核体135A和135B及作图群体基因组DNA进行测序，利用筛选的2253个SNP标记和2个交配型位点构建了一张包含14条连锁群的香菇遗传连锁图普。这将是首张基于全基因组序列的香菇遗传图谱，对于后续的香菇QTL定位、分子标记辅助选择等研究具有重大意义。

摘要： 本研究拟尝试两种不同的全基因组关联分析方法，对猪第一胎次产仔数和产活仔数的基因进行关联分析，比较不同方法所得结果，以获得一批与上述繁殖性状相关的SNP标记或候选基因。

摘要： 本研究拟尝试两种不同的全基因组关联分析方法，对猪第一胎次产仔数和产活仔数的基因进行关联分析，比较不同方法所得结果，以获得一批与上述繁殖性状相关的SNP标记或候选基因。

摘要： 本发明涉及农业分子检测领域，具体涉及用于小麦品种鉴定的SNP分子标记组合以及SNP分子标记检测方法。本发明的96个SNP位点组合在我国1463份审定小麦品种中共检出192个等位变异，对小麦品种具有较高的分辨率，96个SNP引物及其引物组合均能稳定、重复、特异性扩增，便于推广应用。

摘要： 本发明提供了一种用于鉴定山鸡椒性别的SNP标记及该SNP标记的筛选方法，涉及分子生物学技术领域，本发明提供了山鸡椒基因组中SNP位点在鉴定所述山鸡椒性别中的应用，通过检测SNP位点Lcu 266763能够快速准确地鉴定山鸡椒的性别。本发明提供的用于检测山鸡椒性别的SNP位点的筛选方法，通过RAD测序技术对待测山鸡椒样品进行测序分析，寻找到了一个只存在于雄性山鸡椒或雌性山鸡椒中的功能性SNP分子标记，通过该SNP标记，实现对山鸡椒性别的准确鉴定。

摘要： 本发明提供的是一种从多个SNP标记中选择优化的SNP标记组的方法。该方法包括使用组-关联性从多个SNP标记中选出具有高关联性的SNP标记组，通过对包含于所选SNP标记组中的标记的任意组合进行区别分析选出具有高关联性的SNP标记，以及通过使用所选SNP标记任意组合的接收机工作特性(ROC)曲线分析选出满足预定选择标准的优化的SNP标记组合。

摘要： 本发明涉及一种利用SNP开发与SNP紧密连锁的SNP-SSR分子标记的方法，步骤如下：(1)根据待开发样品的已知SNP分子标记在遗传图谱上的位置，查找获得SNP标记延伸序列；(2)将SNP标记延伸序列在待开发样品的基因组测序数据库进行比对，选取序列片段；(3)以重复序列长度≥20bp，对完全型、不完全型、复合型三种SSR进行查找，获得SSR位点；(4)根据SSR位点的侧翼区域设计引物，经PCR扩增和测序，选取带型稳定清晰的，获得待验证分子标记；(5)利用待验证分子标记的引物，制得SNP-SSR分子标记。本发明所述方法能够快速大量的筛选与SNP紧密连锁的SNP-SSR分子标记。

摘要： 本发明涉及一种与黄瓜黄色果肉紧密连锁的一个SNP标记、检测SNP标记的dCAPS引物对及其应用，SNP标记是yfSNP01，位于黄瓜基因组第4号染色体4964651处，yfSNP01处碱基为C的黄瓜为白色果肉品种，yfSNP01处碱基为T的黄瓜为白色果肉品种。一组用于检测权利要求1所述的与黄瓜黄色果肉紧密连锁的一个SNP标记的dCAPS引物对，引物对包括yfSNP01的正向引物5′‑TCGTCTTTTCCGAATATCGAAAGTCA‑3′和yfSNP01的反向引物5′‑GTTCAATCATGGGATGGACA‑3′。所述的dCAPS引物对在黄瓜果肉颜色分子标记辅助育种中的应用。通过本发明，本发明具有如下有益效果：本发明利用基因组学和群体遗传学筛选到与黄瓜果肉颜色紧密连锁的SNP标记，通过测序和转化为dCAPS标记的方法鉴定黄瓜基因型，且这个SNP标记为共显性标记，可以区分纯合体和杂合体，可以加速黄瓜果肉分子育种进程。

摘要： 本发明涉及SNP分子标记技术领域，特别是涉及多态SNP分子标记的筛选方法，包括：通过对比重测序和参考基因组数据，获得候选SNP位点；步骤二、竞争性等位基因特异性PCR扩增、荧光分型，确定具有多态的分型清晰的SNP分子标记。多态SNP分子标记及引物对包括第一SNP标记~第十九SNP标记中的至少一种。本发明解决多态SNP分子标记筛选过程中费时费力的问题。上述筛选方法得到的大熊猫通用的多态SNP分子标记，提供了19个有效的SNP分子标记，补充了大熊猫SNP分子标记的文库。

摘要： 本发明涉及农业分子检测领域，具体涉及用于小麦品种鉴定的SNP分子标记组合以及SNP分子标记检测方法。本发明的96个SNP位点组合在我国1463份审定小麦品种中共检出192个等位变异，对小麦品种具有较高的分辨率，96个SNP引物及其引物组合均能稳定、重复、特异性扩增，便于推广应用。

摘要： 本发明提供了一种用于鉴定山鸡椒性别的SNP标记及该SNP标记的筛选方法，涉及分子生物学技术领域，本发明提供了山鸡椒基因组中SNP位点在鉴定所述山鸡椒性别中的应用，通过检测SNP位点Lcu 266763能够快速准确地鉴定山鸡椒的性别。本发明提供的用于检测山鸡椒性别的SNP位点的筛选方法，通过RAD测序技术对待测山鸡椒样品进行测序分析，寻找到了一个只存在于雄性山鸡椒或雌性山鸡椒中的功能性SNP分子标记，通过该SNP标记，实现对山鸡椒性别的准确鉴定。

摘要： 本发明涉及一种监测家禽保种效果的高密度SNP分子标记筛选方法及其在鸡种保种上的应用、以及SNP分子标记的鉴定方法。选取若干同类家禽品种，每个家禽品种选取若干个体，按照以下方法筛选SNP：1）所有家禽品种共有，各SNP位点在任一品种中至少存在两个等位基因；2）在基因组上分布相对集中，SNP位点数量在基因组1M 区间内 >90个；3）遗传多样性较为丰富，各SNP位点在任一品种中的最小等位基因频率 >0.1；筛选得到满足上述1）、2）、3）要求的SNP位点。本发明提供一种利用简化基因组RAD‑seq测序技术对不同地方鸡种进行测序，通过序列比对，鉴定出在不同鸡种基因组上集中分布、遗传多样性较为丰富的一致性SNP位点。

摘要： 本发明提供的是一种从多个SNP标记中选择优化的SNP标记组的方法。该方法包括使用组－关联性从多个SNP标记中选出具有高关联性的SNP标记组，通过对包含于所选SNP标记组中的标记的任意组合进行区别分析选出具有高关联性的SNP标记，以及通过使用所选SNP标记任意组合的接收机工作特性(ROC)曲线分析选出满足预定选择标准的优化的SNP标记组合。