基于转录组学的不明原因复发性流产关键基因及机制分析

摘要

目的研究不明原因复发性流产(URSA)患者蜕膜组织与正常蜕膜组织转录组的差异基因表达,探究其发病涉及的主要基因和关键通路。方法应用转录组测序技术(RNA-Seq)检测URSA组和对照组蜕膜组织的差异基因表达情况,通过GO、KEGG、GSEA、PPI网络分析等方法找到其关键差异基因及通路。采用单核苷酸多态性(SNP)芯片技术对关键差异基因单核苷酸多态性位点(SNP)的多态性进行检测。结果共筛到1057个差异表达基因(DEGs),上调基因469个,下调基因588个。GO分析显示,DEGs主要参与T细胞活化、分化和免疫应答过程的负调控等生物学过程。KEGG分析显示,DEGs主要富集到Toll样受体信号通路、抗原加工和递呈、同种异体移植排斥反应等信号通路。基因集富集分析(GSEA)与蛋白相互作用网络(PPI网络)分析筛选出的关键节点基因主要与JAK-STAT、MAPK等信号通路及Treg细胞活化及抑制功能相关;其中DUSP1、MAFB、TIGIT、HLA-DPA1、白细胞介素-2受体α(IL-2RA)等可能是影响URSA发生发展的关键基因。SNP芯片筛选出HLA-DPA1 rs1042866、HLA-DPA1 rs2567279及IL-2RA rs2025346等基因位点在两组间分布的差异具有显著性(PT)可能降低了URSA的发病风险(PC)及IL-2RA rs2025346的多态性变异(G>A)则可能提高了URSA的发病风险(P<0.05)。结论URSA患者蜕膜组织与正常蜕膜组织转录组的基因表达的差异具有显著性,DUSP1、MAFB、TIGIT、HLA-DPA1、IL-2RA等可能是影响URSA发生发展的关键基因,主要与免疫调节功能相关。HLA-DPA1 rs1042866、rs2567279及IL-2RA rs2025346基因位点多态性变异可能与URSA的发病风险有关。