丙型肝炎病毒2a型E2区基因cDNA的变异分析

摘要

目的了解丙型肝炎病毒2a型基因组E2区序列的一级结构及变异特征,为进一步研究HCV包膜蛋白的生物学功能打下基础.方法用逆转录套式多聚酶链反应(RT-nPCR)法从1例NANB型肝炎患者血清中扩增出一条约1100bp的片段,以限制性内切酶EcoRI、HindⅢ双酶切后连入pUC19载体中,转化感受态细胞,经限制性内切酶长度多态性分析(RFLP)和PCR法证实为阳性克隆后,用全自动序列分析仪测序.结果测得约1100bp的核苷酸序列,其核苷酸序列及其编码的氨基酸序列分别与HCV-1、HC-C2、HCV-BK、HC-J6、HC-J8相应序列作比较,显示分离株HCV在核苷酸水平上与以上分离株的同源性分别为63.1%、64.2%、64.1%、86.9%、69.3%,在氨基酸水平上的同源性分别为69.6%、70.7%、69.6%、86.2%、83.1%.结论分离株(HCV-JF)与HC-J6同属2a型.