江苏宜兴地区丙型肝炎病毒基因型分布和包膜区变异研究

摘要

本课题以江苏省宜兴市为研究现场，从病原学角度开展了以人群为基础的丙型肝炎分子流行病学研究。 第一部分：江苏宜兴地区丙型肝炎病毒 基因型分布研究 HCV基因组的核苷酸序列具有高度的变异性，目前主要分为六个基因型，即1～6型。不同基因型存在明显的地区分布差异，而且HCV的基因型对判断丙型肝炎治疗的难易程度及其预后具有重要的意义，故了解本地区HCV基因型分布特征作为进一步深入研究丙型肝炎慢性化的基础资料有其必要性。本研究采用Simmonds基因分型方法，依据HCV的保守区段5'非编码区(5'NCR)设计1、2、3和1b型特异性引物，逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)方法扩增分型，并对不同基因型在人群中的分布作统计描述。主要结果如下：1.HCVRNA阳性检测和基因分型研究 检测158份抗HCV阳性血清，其中95份HCVRNA阳性，阳性率为60.1﹪，基因分型结果1b型80例(84.2﹪)，2a型5例(5.3﹪)，1b/2a型混合感染5例(5.3﹪)，分型不明确者5例(5.3﹪)。2.HCV基因型在不同性别人群中的分布研究 男性丙型肝炎患者中HCV基因型以1b为主，占88.2﹪，其余为2型以及1b与2型的混合感染，分别占7.9﹪和1.5﹪；女性丙型肝炎患者中1b型占74.0﹪，未检测到2型，而1b和2型的混合感染发现4例，占14.8﹪。 3.HCV基因型在急、慢性丙型肝炎和肝硬化患者中的分布研究 在HCVRNA阳性的患者中，急性丙型肝炎的HCV基因型均为1b型，慢性轻度丙型肝炎患者(ALT≤200U/L)中1b和1b/2a型共占89.8﹪，慢性重度丙型肝炎患者(ALT＞200U/L)中为88.4﹪，肝硬化患者中为84.6﹪。 4.HCV基因型在有输血史及无明确输血史患者中的分布研究 有明确输血史的丙型肝炎患者组与无明确输血史患者组，基因型分布差异无统计学意义(P=0.414)。 5对分型产物的测序验证工作 本研究基因分型结果为1b型的样本测得5'NCR区扩增片段序列与GENBANK上HC-J4株相应序列同源性为99.2﹪；分型结果为2型的样本测得与GENBANK上HC-J6株相应序列同源性为97.7﹪。 第二部分：丙型肝炎病毒准种复杂性与临床关系的研究 准种变异在丙型肝炎的慢性化中起到的作用需要深入研究和探讨。本研究采用单链构象多态性(SSCP)方法，对44例未经干扰素治疗的慢性丙型肝炎和肝硬化患者的HCV进行准种检测。分析准种复杂性与临床肝损害指标之间的关系，主要结果如下： 1.不同临床情况的丙型肝炎患者准种复杂性比较 ALT(≤45U/L)正常的患者组准种条带数为2.54±1.05，ALT异常(＞45U/L)组，准种条带数为4.48±2.14，两组的准种条带数比较差异有统计学意义(P=0.003)，说明准种在ALT异常的患者中复杂性较高。 2.影响肝损害程度的多因素Logistic回归分析 将ALT按照正常与否作为二分类结局变量，年龄、性别、基因型、肝硬化程度、准种复杂与否纳入Logistic回归模型，分析结果显示，准种的复杂与否对ALT有显著影响，OR值为12.884，可信区间为2.390～69.463，说明准种的复杂性是肝脏损害程度的独立影响因素。 第三部分：1b型丙型肝炎病毒包膜区变异进化研究 本研究从1b型HCV包膜区的核苷酸序列和高变区的氨基酸序列变异入手，采用生物信息学方法构建遗传进化树，研究HCV的生物学特点。主要结果如下： 1.HCVE2区的核苷酸序列和HR-1的氨基酸序列变异研究 测序获得的10株HCVE2区序列经分析比对后，发现不同患者来源的E2区核苷酸差异较大，变异度最大的区域集中在HR-1(1491-1573nt)，但从序列的比对结果中可发现很多位点具有保守性，保守碱基占64.8﹪(204/315)；而HR-1的氨基酸序列比对发现，不同患者来源的HCV株在此区域多个固定的氨基酸位点同样具有很好的保守性，保守的氨基酸位点占22.2﹪(6/27)。 2.系统进化树分析 虽然E2区为HCV核苷酸序列变异最大的区域，但以此区域和不同来源的HCV株E2区序列构建系统进化树，仍可以发现亲缘关系最近的病毒株是中国东南部城市以及日本所研究的HCV1b株，进一步证实了E区的变异并非随机，仍较好的保持了地区和型别的特征，并再次验证了本地区HCV的主要基因型为1b型。

目录

摘要

前言

第一部分：江苏宜兴地区丙型肝炎病毒基因型分布研究

第二部分：丙型肝炎病毒准种复杂性与临床关系的研究

第三部分1b型丙型肝炎病毒包膜区变异进化研究

结论

参考文献

附录一论文缩写词汇表

附录二发表论文与综述

致谢

丙肝病毒E2包膜糖蛋白研究进展

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