乳腺癌生存期相关长非编码MAPT-AS1及其共表达基因筛选与验证

摘要

【目的】筛选乳腺癌患者生存期相关差异表达长链非编码RNA(lncRNA)及其共表达基因,并验证其乳腺癌细胞中的表达情况。【方法】通过TCGA数据库筛选943例RNA-seq数据信息:(837例乳腺癌患者+106例正常对照),发现长非编码MAPT-AS1高表达,乳腺癌患者生存期更长。构建长非编码MAPT-AS1过表达和干扰质粒,将构建好的质粒转染乳腺癌细胞株T47D,并用嘌呤霉素筛选出稳定表达的T47D细胞株,通过RT-qPCR验证长非编码MAPT-AS1及其共表达基因的表达情况。【结果】荧光显微镜观察及RT-qPCR验证,成功构建长非编码MAPT-AS1过表达及干扰稳定转染乳腺癌细胞株T47D,并筛选出干扰效率最高的长非编码MAPT-AS1干扰片段shRNA3。验证其共表达基因得到MAPT、MAPT-IT1和NXNL2在转染了干扰片段shRNA3后表达量降低,与长非编码MAPT-AS1的表达趋势一致。【结论】成功构建长非编码MAPT-AS1过表达及干扰稳定转染乳腺癌细胞株T47D,验证其和共表达基因表达情况与数据库一致,为进一步研究长非编码MAPT-AS1基因在乳腺癌中的作用机制奠定基础。