对基因芯片中筛选与骨肉瘤相关长链非编码RNA的初步验证

摘要

目的：
　　 骨肉瘤是一种恶性程度极高的恶性肿瘤，预后是很差的，骨肉瘤发展迅速，如果未经正规的处理，一年内就会发生肺肿瘤转移，导致患者生存率很低，截肢后3～5年存活率仅为5～15％。同其他恶性肿瘤一样，骨肉瘤严重影响着人们健康。但是骨肉瘤的特点与其他肿瘤不同，骨肉瘤特别好发于一类人群，那就是青少年群体。近年来越来越多的长链非编码RNA(lncRNAs)被发现，这些lncRNA被发现与很多疾病的发生发展有着密切的关系，包括肿瘤。在这篇论文中，我们首先分析lncRNAs的结构、功能、机制，然后通过基因芯片的结果结合文献找出最有研究价值的lncRNAs，接着应用realtimePCR技术验证基因芯片的结果，最后我们分析结果，找出lncRNAs在骨肉瘤治疗中的潜在性的作用以及对预后预测的分子靶点。
　　 方法：
　　 本研究采用本科室已有的上海康成生物芯片公司基于8例骨肉瘤标本的芯片结果，初步获得了骨肉瘤异常表达的基因，结合文献进一步分析在骨肉瘤发生发展中可能起着重要作用的基因，从而筛选出11个表达上调的LncRNA，12个表达下调的LncRNA，进一步利用分子生物学实验real-timePCR验证筛选出骨肉瘤中异常表达的LncRNA.
　　 结果：
　　 1、以骨肉瘤基因芯片结果为基础，在骨肉瘤组织中获得了251个异常表达的基因，其中表达上调的有68个，表达下调的有183个。
　　 2、结合文献分析，找出23个具有研究价值的LncRNA，其中表达上调的有11个，表达下调的有12个，它们分别为:ASLNC21868、ASLNC23518、ASLNC24291、ASLNC23844、exon4713、AW606502、ASLNC21888、DQ786309、BQ183547、BU617029、D20368、ASLNC17568、BF995651、AK026910、ASLNC18376、AK131233、BX649136、ASLNC03769、ASLNC13744、ASLNC19675、ASLNC01877、ASLNC11197、ASLNC21134、BM720600
　　 3、通过实时荧光定量PCR(real-timequantitativePCR)技术对ASLNC01877这个基因在骨肉瘤组织中的表达进行检测，发现ASLNC01877这个基因在骨肉瘤中的表达确实比在癌旁组织中低，这与基因芯片的方向一致。
　　 结论：
　　 1、利用基因芯片发现骨肉瘤组织中确实存在大量表达上调或者下调的lncRNA
　　 2、利用real-timePCR技术对其中的一个LncRNA进行验证，该结果与基因芯片结果具有同方向性。为进一步研究骨肉瘤提供了线索。

目录

声明

摘要

第一章 前言

1．1 研究背景和意义

1．2 IncRNA研究现状

1．3 本论文研究目标

第二章 材料和方法

2．1 材料

2．11 标本的采集

2．12 标本的保存

2．13 主要的试剂盒试剂盒

2．1．4 其他常用试剂

2．1．5 实验仪器

2．2 实验方法

2．2．1 从骨肉瘤组织及癌旁组织中提取RNA

2．2．2 RNA中痕量gDNA的去除

2．2．3 逆转录

2．2．4 相关基因引物

2．2．5 实时荧光定量PCR(Real-Time PCR)

第三章 结果

3．1 骨肉瘤中ASLNC01877基因表达检测结果

3．2 记录CT值并计算ΔΔCt的均值，如下表所示

3．3 小结

第四章 讨论

第五章 结论

参考文献

综述

致谢