整合调控网络分析筛选骨髓增生异常综合征ABAT基因相关长链非编码RNA SET2-1及其对细胞增殖和凋亡的影响

摘要

目的 构建具有骨髓增生异常综合征(myelodysplastic syndromes,MDS)特征的整合调控网络,从中筛选出调控ABAT(4-aminobutyrate aminotransferase)基因的长链非编码RNA(long non-coding RNA,LncRNA),并初步探讨其在MDS中的表达和功能.方法 采用甲基化芯片和全基因组表达谱基因芯片对MDS患者和对照者的骨髓标本进行差异基因筛选,将筛选出的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)、差异甲基化基因(differentially methylated genes,DEMs)、差异表达LncRNA(differentially expressed LncRNAs,DELs)进行整合分析,构建共表达调控网络,从中筛选出与ABAT基因具有相关性的LncRNA-SET2-1.采用qRT-PCR检测MDS患者和对照者骨髓标本中LncRNA-SET2-1和ABAT的表达水平,并在MDS转白细胞系SKM-1、急性白血病细胞系THP-1,以及对照细胞系HEK-293T中检测LncRNA-SET2-1的表达水平.建立稳定过表达LncRNA-SET2-1的SKM-1、THP-1细胞系,qRT-PCR检测ABAT表达变化、CCK-8法检测细胞增殖活力变化、流式细胞术检测细胞凋亡变化.并在ABAT敲减的SKM-1、THP-1细胞中检测LncRNA-SET2-1表达变化.结果 通过共表达调控网络分析,筛选得到LncRNA-SET2-1与ABAT的相关性最高.MDS患者及SKM-1、THP-1细胞中LncRNA-SET2-1和ABAT的表达水平均显著下调(P<0.0001).LncRNA-SET2-1过表达后,ABAT的表达量显著上调(P<0.01),而ABAT敲减后,LncRNA-SET2-1的表达量未发生显著变化.LncRNA-SET2-1过表达后,SKM-1、THP-1细胞的增殖活力显著下降,而凋亡细胞比例显著升高.结论 LncRNA-SET2-1可能为ABAT的上游调控分子.LncRNA-SET2-1在MDS患者和MDS转白细胞系中均异常低表达,具有抑制MDS转白细胞增殖活力及促进细胞凋亡的功能.