柠檬苦素抑制乳腺癌细胞转移相关基因芯片分析

摘要

目的 通过基因芯片技术检测不同浓度柠檬苦素抑制乳腺癌细胞转移过程中表达差异的基因,寻找柠檬苦素抑制乳腺癌细胞转移可能的相关基因及通路.方法 选取乳腺癌MDA-MB-231细胞株,分别用两种不同浓度柠檬苦素(0、40和60μM)进行处理,将收集的细胞分为对照组C(未经柠檬苦素处理C1、C2、C3)及实验组T(经40μM柠檬苦素处理T1-T3,经60μM柠檬苦素处理T4-T6)并进行RNA的提纯;将RNA通过Affymetrix Gen-eChip PrimeView人类基因表达阵列进行分析,利用R语言limma包筛选出未经柠檬苦素处理和不同浓度柠檬苦素处理的MDA-MB-231中异常表达的基因;进而结合GO分析和KEGG分析,对差异基因的功能进行研究.结果 根据基因芯片的数据进行分析,发现差异表达基因(DEGs)共438个,其中81个基因的表达上调,63个基因的表达下调(差异均在2倍以上).通过基因库、Pubmed文献搜索各基因功能并结合GO分析、KEGG通路分析,从差异基因中筛选出柠檬苦素抑制乳腺癌转移相关的4个基因,分别是:人类1型胰岛素样生长因子受体(the human type 1 insulin-like growth factor receptor,IGF-1R)、胰岛素样生长因2(insulin-like growth factor-2,IGF2)、环磷酸腺苷反应元件结合蛋白1(cyclic AMP response element-binding protein 1,CREB1)和真核细胞翻译起始因子4E(eukaryotic translation initiation factor 4E,EIF4E).结论 基因芯片技术能快速有效地反映柠檬苦素抑制乳腺癌中相关基因改变,为乳腺癌靶向治疗提供参考.