分支杆菌临床分离株的16S rRNA基因序列分析

摘要

目的建立分支杆菌的16SrDNA序列分析的方法,采用该方法鉴定临床结核分支杆菌分离株.方法用PCR从重庆某医院的肺部感染病人的痰标本中分得的29株分支杆菌菌株中扩增16S rRNA 基因(16S rDNA)的5′端片段(～500bp),并测定所得到片段的DNA序列.用DNA分析软件将所获得的序列与GenBank的分支杆菌序列相比较,计算种间相似性,并用序列构建分支杆菌菌株的系统发育树,对分离株进行分类与鉴定.结果有14株的16S rDNA序列分别与已知结核分支杆菌复合群(Mycobacteria tuberculosis complex, MTC)、戈登分支杆菌、新金色分支杆菌、氯酚红分支杆菌、龟分支杆菌或脓肿分支杆菌的序列完全相同.依据完全一致的序列可以准确鉴定这些临床分离株为相应的种;部分分离株的16S rDNA在GenBank序列检索中无完全一致的匹配序列.用临床分离株的16S rDNA序列与已知的分支杆菌16S rDNA序列构建的系统发育树,结果提示某些菌株可能是与已知分支杆菌密切相关的新种或是它们的亚种.结论 16S rDNA序列分析鉴定分支杆菌是一种快速、可靠、成本较低的方法;重庆地区非结核分支杆菌感染的种类与其它地区的报告有明显不同.