兔出血症病毒(RHDV)全基因组克隆与分子流行病学分析

摘要

根据GenBank已发表的多株RHDV全基因组序列,设计3对扩增RHDV CD株的特异性引物,扩增了RHDV CD株包含全序列的3个片段,并分别克隆到pMD18-T载体上.根据引物上唯一的交叉酶切位点,把三个克隆片段同时克隆到pUC18载体上,获得了RHDV CD株全基因组克隆,测定了全基因组序列(GenBank accession number AY523410).进行了CD株全序列与GenBank上已发布的其他6株全序列比较及基因进化树分析.发现除CD株外,其余6株(西班牙AST-89株、法国SD株、意大利BS89株、德国分离1株、德国分离2株、澳大利亚Czech V351株)之间的同源性均很高,在93.9%～100%之间,而CD株与其他6株之间的同源性均较低,在89.0%～89.6%之间.德国的2个分离株序列完全相同,应为同一毒株.进化树分析表明,此7株病毒可形成2个明显的分支,中国CD株形成一个分支,其余欧洲、澳大利亚分离株开成一个分支,具有明显地域差异特征.