兔出血症病毒(RHDV)WHNRH株的分离鉴定及基因组全序列的测定与分析

摘要

从发病长毛兔中分离鉴定了兔病毒性出血症病毒WHNRH株.参考GenBank中已登录的RHDV毒株序列对RHDV WHNRH分离株进行了全基因组序列测定与分析.设计5对扩增区段相互重叠的RHDV特异性引物,扩增除5′和3′末端以外的序列,采用设计锚引物的5′RACE方法以及针对RHDV 3′末端的polyA结构设计引物获得了RHDV WHNRH株的5′和3′末端序列.胶回收各PCR产物,连接pMD 18-T克隆载体,测得RHDV WHNRH分离株的基因组全长为7437nt(不包括polyA),与GenBank公布的全部共6株RHDV全基因序列进行同源性比较分析,同源性在89.0%～97.1%之间,ORF1同源性为89.0%～97.1%,编码氨基酸序列的同源性为95.2%～98.7%;ORF2的核酸苷序列同源性为92.1%～97.7%,编码氨基酸序列的同源性为94.1%～96.6%.