独活对巨噬细胞迁移抑制因子抑制作用的有效成分虚拟筛选研究

摘要

目的 筛选独活对巨噬细胞迁移抑制因子(MIF)抑制作用的有效成分,为独活治疗炎症和免疫介导疾病的作用机制研究及MIF抑制剂研发提供参考.方法 以中国台湾中医药资料库中独活有效成分小分子化合物为对接配体库、MIF晶体结构为对接受体进行分子对接,筛选结合能高于原配体的小分子.对结合后的复合物构像进行相互作用分析,选取最佳配体小分子与大分子复合物进行10 ns的动力学模拟,分析均方根偏差(RMSD)值.操作平台为Linux系统,采用OpenBabelGUI2.4.1进行小分子修饰,Pyrx0.8进行虚拟筛选,NAMD2.13进行分子动力学模拟,VMD1.9.3、Discovery studio4.5及Ligplot+1.4.5进行对接结果 及动力学模拟结果分析.结果筛选出优于原配体的独活有效成分4种,分子相互作用分析提示主要作用残基8个,主要作用力为氢键及疏水作用,动力学模拟结果表明最佳配体小分子与受体结合较稳定.结论 本研究提示独活抗炎作用机理可能与抑制MIF活性有关,其抑制作用有效成分主要有4种,可为研究和设计MIF抑制剂提供参考.