湖北地区人类免疫缺陷病毒-1主要流行株外膜蛋白基因V3-V4区序列变异分析

摘要

目的分析湖北地区HIV-1主要流行株外膜蛋白V3-V4区序列特征,了解其流行特点和变异规律。方法对湖北地区HIV-1主要流行区域进行流行病学调查,应用套式PCR对102例HIV-1感染者的env基因V3-V4区进行扩增,对阳性扩增样本进行基因测序和序列分析。比较基因距离的差异用卡方检验;基因距离的变异性分析使用描述性分析法。结果湖北地区共发现4种HIV亚型和重组亚型,其中B′亚型占82.69%,B′/C重组毒株、CRF01AE重组毒株各占7.69%,C亚型占1.92%。湖北地区HIV-1B′亚型与来源于云南和河南等地的HIV-1B′亚型代表株之间的基因距离分别为7.08±2.19和7.88±2.28,其流行时间约为10年;氨基酸序列变异分析显示,HIV-1B′亚型毒株env基因V3、C3、V4区域均发生不同程度变异,其中以V4区的变异程度最大,V3环顶端四肽表现为GPGR、GPGK、GPGQ和GQGR,分别占46.5%、30.2%、13.6%和9.3%;V3环辅助受体预测显示,其中16.28%为CCR5型,13.95%为CXCR4型,69.77%无法预测;糖基化位点分析显示,湖北地区HIV-1主要流行株env V3-V4区9个糖基化位点有8个存在不同程度丢失。结论B′亚型仍是湖北地区HIV优势流行株,与来源于云南和河南等地的毒株有较高同源性。