5株广东省猪繁殖与呼吸综合征流行毒株主要结构蛋白基因的变异分析

摘要

根据GenBank中猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的美洲株ATCCVR-2332的基因序列分别设计并合成针对PRRSVORF3、ORF5和ORF6基因的引物,通过RT-PCR方法从广东潮州(GDCZ1、GDCZ2)、广东东莞(GDDG1)、广东惠州(GDHZ1)、广东增城(GDZC1)等地送检的可疑病料中扩增得到大小约787bp、630bp、550bpcDNA片段,将扩增的cDNA片段经T-A连接克隆入pMD18-T载体并进行测序.应用DNAStar软件分析所测的序列,并与国内外已发表的CH-1a、HB-1(sh)、BJ-4、ATCCVR-2332、SP、疫苗株(RespPRRS/Repro、RespPRRSMLV)、LV4.2.1等毒株的序列进行比较,结果表明:广东省的这5个毒株的ORF3、ORF5、ORF6基因与CH-la、HB-1(sh)、BJ-4、ATCCVR-2332、疫苗株(RespPRRS/Repro、RespPRRSMLV)等毒株的核苷酸同源性分别为87.2％～98.7％、85.4％～96.8％、91.8％～98.9％,推导的氨基酸同源性分别为84.6％～97.6％、84.5％～95.5％、94.8％～98.9％;这5株毒株的ORF3、ORF5、ORF6基因与LV4.2.1的核苷酸同源性分别为56.1％～58.3％、54.4％～57.0％、62.2％～64.4％,推导的氨基酸同源性分别为53.9％～56.7％、54.0％～57.0％、78.0％～80.3％.说明广东省流行毒株与HB-1(sh)、ATCCVR-2332和CH-1a等的同源性较高,而与LV毒株的同源性很低.广东省的这5个毒株间的ORF3、ORF5、ORF6基因核苷酸同源性分别为88.1％～97.8％、94.4.％～99.3％、941％～98.5％,推导的氨基酸同源性分别为87.4％～96.5％、89.5％～98.0％、96.6％～98.3％.本研究构建的基因系统发育树分析表明:广东流行的PRRSV与HB-1(sh)株的亲缘关系比较密切。