婴儿血管瘤长链非编码RNA与mRNA表达谱分析

摘要

目的 研究增殖期与消退期婴儿血管瘤(IH)长链非编码RNA(lncRNA)与mRNA的差异表达情况.方法 2019年1-3月在四川大学华西医院小儿外科收集行手术切除治疗的8例IH组织(增殖期与消退期各4例),运用基因芯片技术筛选差异表达(P＜ 0.05,差异倍数≥1.5)lncRNA和mRNA,并用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术对芯片结果进行验证.同时,应用生物信息学方法,对差异基因进行GO功能和KEGG通路分析,并构建lncRNA-mRNA共表达网络,预测差异lncRNA的顺式作用靶基因.结果 通过基因芯片技术共筛选出405条差异lncRNA(108条下调,297条上调)与772条差异mRNA(107条下调,665条上调).qRT-PCR验证4条lncRNA (n335248、ENST00000450864、n333319和n335185)与4条mRNA(EDNRA、IFI6、HK2与ITGA1)的表达,结果与基因芯片检测结果一致.GO与KEGG富集分析发现,差异mRNA主要参与血管凝固、轴突导向、血管生成和细胞黏附等生物过程,差异mRNA主要富集在代谢通路、细胞局部黏附、肌动蛋白细胞骨架调控、白细胞跨内皮迁移、磷脂酰肌醇-3-激酶/丝苏氨酸蛋白激酶等信号通路.lncRNA-mRNA共表达网络由度值≥15的23条mRNA和58条lncRNA共同构建组成.结论 增殖期与消退期IH组织中存在大量差异表达的lncRNA和mRNA,这些lncRNA可能通过调控相应的靶mRNA参与IH发生发展.