长白山野杂猪和东北民猪背最长肌的mRNA转录组比较分析

摘要

本研究通过RNA-seq技术对3个长白山野杂猪与3个东北民猪背最长肌样本进行了mRNA测序和差异分析,从而为筛选长白山野杂猪肉质性状功能基因奠定基础.结果 显示:在长白山野杂猪与东北民猪中均有100％以上的序列能完全比对到猪的基因组上,而所转录的基因占总基因的比例在3头长白山野杂猪中平均为59.67％,3头东北民猪为58.73％,而在不同个体间SNP位点数为14299～19671;在2个品种猪背最长肌中共表达基因有15842个,仅在长白山野杂猪中表达的基因有619个,仅在东北民猪中表达的基因有710个;在2个品种猪背最长肌中共获得显著差异表达的基因153个,其中在长白山野杂猪中上调表达的基因有55个,下调表达的基因有98个;GO分析显示,153个差异表达基因被注释到33条GO条目中,其中11条被注释到生物学过程中,11条被注释到细胞组分,11条被注释到分子功能;KEGG分析显示,这些差异表达基因被富集到130条通路中,其中主要与脂肪代谢相关的信号通路有关.结果 表明,长白山野杂猪与东北民猪背最长肌中mRNA表达存在差异,这些差异表达基因将是将来研究2个品种猪间肉质差异的主要靶标之一.