基于环介导等温核酸扩增技术分型检测多房/细粒棘球蚴方法的建立

摘要

cqvip:目的本研究拟建立用于分型检测多房棘球蚴与细粒棘球蚴的分子生物学方法。方法采用生物信息学软件Primerexplorer针对多房棘球蚴(Echinococcusmultilocularis,E.m.)和细粒棘球蚴(Echinococcusgranulosus,E.g.)线粒体基因组ND2基因,设计用于区分多房棘球蚴和细粒棘球蚴DNA样本的LAMP引物,并行筛选、验证后进一步对扩增温度、Mg^2+扩增浓度、dNTP Mix扩增浓度进行考察以优化其反应体系。结果通过生物信息学方法Primerexplorer,针对多房/细粒棘球蚴线粒体基因ND2的差异序列位点设计、获得了两对可用于多房/细粒棘球蚴分型检测的引物ND2A(E.m.)、ND2A(E.g.);ND2B(E.m.)、ND2B(E.g.)。进一步通过LAMP反应扩增后经琼脂糖电泳及可视化探针筛选发现ND2A(E.m.)、ND2A(E.g.)引物可以成功区分多房棘球蚴和细粒棘球蚴线粒体DNA序列,而ND2B(E.m.)、ND2B(E.g.)引物无法区分。进而通过优化反应条件发现,ND2A(E.m.)、ND2A(E.g.)的最适反应温度分别为64℃和61℃;ND2A(E.m.)、ND2A(E.g.)的最适Mg^2+反应浓度分别为1.5×10^-4mM和1.7×10^-4mM;ND2A(E.m.)、ND2A(E.g.)的最适dNTP Mix反应浓度为3.5×10^-5mM和3.4×10^-5mM。结论通过设计、验证、筛选获得了用于区分多房/细粒棘球蚴线粒体DNA的LAMP引物,并通过优化反应条件成功建立了一种基于LAMP技术用于多房/细粒棘球蚴分型检测的分子生物学方法。