基于高通量测序技术分析患乳腺炎水牛生乳中的细菌多样性

摘要

研究了尼里-拉菲水牛乳腺炎生牛乳中微生物多样性.试验选取尼里-拉菲健康奶水牛和乳腺炎奶水牛各5头作为试验动物,通过无菌操作获得奶样,测定电阻率后送回实验室测定体细胞数、提取总DNA.并对16S rRNA进行扩增,利用Illumina MiSeq测序平台进行高通量测序,进行Alpha多样性分析.结果表明:(1)乳腺炎组shannon指数均显著高于健康组,simpson指数显著低于健康组(P0.05).覆盖度(coverage％)所有样品均超过99％.(2)在门(Phylum)、目(Order)、属(Genus)和种(Species)水平上,占主导地位的变形菌门(proteobacteria)、β变形菌目(Betaproteobacteriales)、代尔夫特菌属(Delftia)和代尔夫特菌(Delftia_tsuruhatensis)乳腺炎组(R)显著高于健康组(C).(3)属(Genus)水平金黄杆菌(Chryseobacterium)、棒状杆菌属(Corynebacteri-um_1)乳腺炎组显著高于健康组(P<0.05),且链球菌属(Streptococcus)、葡萄球菌属(Staphylococcus)仅在乳腺炎组(R)中检测到.因此认为乳腺炎会对奶水牛乳中细菌多样性造成改变,显著降低奶水牛乳中细菌主要门(Phylum)、目(Order)、属(Genus)和种(Species)丰度,且金黄杆菌(Chryseobacterium)、棒状杆菌属(Corynebacterium_1)、链球菌属(Streptococcus)和葡萄球菌属(Staphylococcus)与奶水牛乳腺炎发生相关.