水牛miR-16b过表达腺病毒载体构建及生物信息学分析

摘要

试验旨在对水牛pri-miR-16b基因进行克隆并构建腺病毒表达载体,且对水牛miR-16b及其预测靶基因进行生物信息学分析,为研究其在水牛卵母细胞成熟过程中的作用奠定基础.利用RT-PCR技术从水牛卵巢基因组中扩增pri-miR-16b基因,采用同源重组的方法构建pDC316-mCMV-EGFP-pri-miR-16b质粒;利用BLAST程序进行同源性分析,Mega 7.0构建系统进化树,ViennaRNA Web Services预测pre-miR-16b的二级结构.对腺病毒质粒与腺病毒骨架质粒pBHGloxdelE13cre进行包装,经过3次扩增获得含有pri-miR-16b的腺病毒颗粒,将获得的病毒颗粒命名为Ad-miR-16b,并进行病毒滴度测定;利用Ad-miR-16b感染水牛卵丘细胞,实时荧光定量PCR检测miR-16b在卵丘细胞中的表达情况.利用TargetScan对miR-16b进行靶基因预测,对预测的靶基因进行KEGG通路富集.结果 显示,试验成功克隆水牛pri-miR-16b序列,通过比对发现与牛的序列相似性分别为100％,与其他物种同源性较高,和黄牛的亲缘关系最近.ViennaRNA Web Services预测结果显示,pre-miR-16b的二级结构具有典型的单一茎环结构.试验成功获得Ad-miR-16b腺病毒颗粒,病毒滴度为3.367×1010 GFU/mL,感染卵丘细胞后,实时荧光定量PCR检测发现miR-16b的表达量极显著升高(P＜0.01).对miR-16b预测的1 394个靶基因进行KEGG通路富集分析,发现miR-16b可能主要通过调控卵丘细胞中MAPK、TGF-β及PI3K/AKT等74条信号通路进而在卵母细胞成熟过程中发挥作用.