重金属暴露铜锈环棱螺全组织均一化cDNA文库构建及表达序列标签特征分析

摘要

构建cDNA文库是寻找生物新功能基因的有效手段.采用SM ART技术构建了重金属铜和镉暴露铜锈环棱螺全组织均一化cDNA文库,文库库容为1.78×106克隆,重组率大于99%.从初始文库中随机挑取6000个克隆进行测序,获得5 473个高质量表达序列标签(ESTs)序列.经聚类分析得到3 961个Unigene(平均长度为815 bp),其中包含897条重叠群(Contigs),3 604条单拷贝EST序列(Singlets),冗余度为27.63%.对ESTs序列进行相似性功能分类(COG)、标准基因词汇体系(GO)功能分类和基因与基因组(KEEG)代谢途径的生物信息学分析.结果表明此文库含有大量的生长发育、细胞信号传导机制和生物防御机制等相关基因,为进一步筛选铜锈环棱螺功能基因奠定了生物信息学基础,也为发展铜锈环棱螺毒理效应研究提供了丰富的信息资源.