辣椒炭疽zf-C2H2基因家族的生物信息学分析

摘要

C2H2型锌指(zinc finger,zf)蛋白具有识别与结合特异性DNA片段等功能,参与基因表达的调控.编码zf-C2H2蛋白的基因以基因家族的形式存在.本研究通过比对已开发的辣椒炭疽基因组数据查找到19个zf-C2H2基因家族成员,对其理化性质、亚细胞定位、系统进化、蛋白质的二级结构、蛋白质的三级结构、保守基序进行分析.通过理化性质分析,发现辣椒炭疽zf-C2H2蛋白多为碱性蛋白,氨基酸数目在386-985aa,蛋白质等电点在6.05-10.04,分子量在42002.8-109661.9KD,亚细胞定位表明zf-C2H2蛋白全部定位于细胞核中.根据系统进化关系可分为7个亚族,第4亚族和第7亚族基因的数量为2,其余的为3.通过对辣椒炭疽zf-C2H2蛋白的二级和三级结构分析,发现zf-C2H2蛋白主要以无规卷曲为主,各个成员的二级结构组成的排列顺序为无规卷曲＞α-螺旋＞延伸链＞β-折叠.根据保守基序分析,发现辣椒炭疽zf-C2H2蛋白的序列共含有8个保守基序,其中motifl在19条序列中都存在.研究结果为后续辣椒炭疽zf-C2H2蛋白的深入分析提供一定的科学依据.