辣椒超氧化物歧化酶基因家族的生物信息学分析

摘要

超氧化物歧化酶(SOD)在植物生长和发育过程中具有关键作用,为明确SOD基因在辣椒生长发育等中的作用,本文借助生物信息学手段,通过HMMER3.0、NCBI-CDD、ProtParam tool、GSDS、MEME、MEGA5.0、TBtools、SOPMA、SWISS-MODEL等软件对辣椒SOD基因家族的结构域、蛋白理化性质、基因结构、保守基序、系统进化、热图表达、蛋白高级结构等进行分析,共鉴定出15条SOD家族成员,其氨基酸数目在55~326之间,分子量介于5753.35~34557.55,理论等电点在4.80~9.84之间,大多数为酸性稳定的亲水性蛋白;内含子数目在1~9之间;同一亚族的SOD基因具有相似的保守基序。系统进化树分析显示,SOD基因家族可分为GroupⅠ、GroupⅡ两个亚族,同一亚族含有相同的保守基序以及相似的基因结构。辣椒SOD基因在不同组织和发育阶段的表达水平差异显著。α-螺旋和无规则卷曲是该基因家族主要的二级结构,三级结构中都含有螺旋-转角-螺旋结构。