土壤微生物16S rDNA的Ion Torrent PGM高通量检测方法构建与应用

摘要

采用Ion Torrent Personal Genome Machine (PGM)测序平台,以16S rRNA基因V4-V5区为标靶,沼泽土壤和草坪土壤为材料,建立土壤微生物16S rDNA检测方法.结果表明,当测序序列数达到15 000条左右,两种土壤样品的Shannon曲线趋于平稳,而且沼泽土壤的多样性指数明显高于草坪土壤.在沼泽土壤和草坪土壤中分别检测到7 615和8 072个OTUs,分属于30门、53纲、93目、130科、182属和29门、52纲、88目、125科、183属.方差分析表明两类土壤存在着丰度差异显著的微生物类群和OTUs.根据样品间相似度分析,所有测试样本可明显分成两组,而且3个重复各自归为一组.可见,该试验所建立的Ion Torrent PGM土壤微生物16S rDNA检测法具有高通量、高灵敏度等优点,能够较为全面和准确的反映土壤微生物群落结构,从而可为土壤微生物群落结构研究提供强有力的检测工具.