液质联用蛋白质组学鉴定方法的建立及其在正常人尿蛋白质组鉴定中的应用

摘要

本文对应用液质联用方法分离鉴定蛋白质组的多肽洗脱条件及鉴定的多肽性质进行了系统的分析研究。利用牛血清白蛋白酶切后产生的多肽混合物，应用反相液相色谱和电喷雾离子阱质谱联用的方法进行鉴定，确定多肽适宜的色谱洗脱条件，用马细胞色素C的酶切肽段对洗脱条件进行进一步验证，并确定液质联用方法的灵敏度。同时，本文对被鉴定的多肽性质进行了系统的分析。本实验表明胰酶酶切多肽的适宜乙腈洗脱梯度为5-30％，应用液质联用方法其鉴定灵敏度可以达到50fmol。对相应多肽性质分析表明，较长(长度在10个氨基酸以上)及带两个正电荷的多肽更易于被鉴定。本研究中所鉴定的多肽呈现出三种类型的重复鉴定即冗余性：鉴定冗余、电荷冗余和序列冗余。

目录

论文说明：资助

序言

第一部分液质联用蛋白质组学鉴定方法的建立

第一章应用液质联用方法鉴定蛋白质

前言

材料与方法

结果与讨论

结论

参考文献

第二章蛋白质组鉴定中蛋白质丰度抑制的研究

前言

材料与方法

结果

讨论

结论

参考文献

第二部分蛋白质组数据库检索结果分析方法的评价及其改进

第三章评价SEQUEST检索结果筛选参数—Xcorr和Unified Score

前言

材料与方法

结果

讨论

结论

参考文献

附表

第四章应用手工验证规则自动验证SEQUEST检索结果质量

前言

材料与方法

结果

讨论

结论

参考文献

第三部分蛋白质组学技术的应用

第五章应用三种分离方法对尿蛋白质组进行分析

前言

材料与方法

结果和讨论

结论

参考文献

附表

文献综述蛋白质组学研究进展

在读期间发表文章

在读期间参加会议

致谢

AMASS:Software for Automatically Validating the Quality of MS/MS Spectrum from SEQUEST Results

Rscore:a peptide randomicity score for evaluating tandem mass spectra