Lactobacillus helveticus H9(LABCC IMAU60208)和Lactobacillus helveticus H10（LABCC IMAU60227）是由内蒙古农业大学乳品生物技术与工程教育部重点实验室从中国西藏采集样品中分离鉴定得到，于乳品生物技术与工程教育部重点实验室菌种库保藏。经筛选及实验验证Lactobacillus helveticus H9是一株蛋白水解活性较强，可发酵脱脂乳产生具有潜在降血压活性肽类物质的菌株；Lactobacillus helveticus H10也是一株蛋白水解活性较强，但是在发酵乳的过程中不产生具有降血压活性的肽类物质。 为了探寻了解Lactobacillus helveticus H9发酵乳可以产生具有ACE抑制活性的物质的途径和机理，本研究采用全基因组测序和蛋白质组学研究相结合的方法进行研究分析。 采用Roche454和Illumina Solexa两种高通量测序技术测定了菌株H9和对照菌株H10的全基因组序列，并且进行了比较基因组学研究，重点分析了乳酸菌蛋白水解系统的相关信息。基因组测序结果表明Lactobacillus helveticus H9和Lactobacillus helveticus H10染色体基因组均为闭合环状分子，染色体长度分别为1,871,119bp和2,145,899bp，通过序列预测分析分别得到1815和2049个开放阅读框。通过 COG功能分类和KEGG数据库对Lactobacillus helveticus H9糖代谢、氨基酸代谢、蛋白水解系统、核酸代谢进行了分析，同时分析了菌株产胞外多糖的能力、CRISPR基因簇、插入序列等。利用比较基因组学研究对菌株H9、H10和DPC4571的蛋白水解系统进行了详尽的分析，通过分析表明细胞壁蛋白水解酶PrtH、胞内肽酶PepN、PepO和PepX是菌株产ACE抑制肽的关键酶。 采用蛋白质组学研究技术和方法，构建了Lactobacillus helveticus H9在乳中发酵不同生长时期的蛋白质组参考图谱，分析菌株在不同生长时期的蛋白质表达情况，重点对在后两个时期表达的乳酸菌蛋白水解系统的相关蛋白进行了分析。通过二维凝胶电泳图谱得到菌株在三个生长时期的蛋白斑点数，分别为729（发酵初期）、1020（对数生长期）和925个（稳定期）。利用质谱鉴定其中差异蛋白点275个，其中233个鉴定成功，对鉴定成功的蛋白点进行了COG功能分类，主要是与翻译、核糖体结构和合成相关蛋白；核酸转运及代谢相关蛋白；碳水化合物转运及代谢相关蛋白；氨基酸转运及代谢相关蛋白等。其中与蛋白水解系统相关的蛋白PepN、PepE、PepO2以及OppC是在对数生长期和稳定期都表达的蛋白，这与发酵试验中在这两个时期可以检测到ACE抑制活性的结果相一致，所以我们初步推测Opp转运系统是菌株在乳中生长利用乳蛋白所必须的，PepN、PepO2以及PepE可能与菌株在发酵乳的过程中产ACE抑制肽具有相关性。 采用实时荧光定量PCR技术全面分析了Lactobacillus helveticus H9在乳中生长的三个阶段蛋白水解系统相关酶基因的表达变化情况，同时还对蛋白质组学研究中出现的部分蛋白点进行了基因表达验证。 该研究项目的实施和完成，使我们全面认识了Lactobacillus helveticus H9的全基因组信息，有助于我们对该菌株及瑞士乳杆菌的蛋白水解系统进一步的了解，同时掌握了该菌株在乳中发酵生长过程中蛋白质的组成以及表达规律，进而为探索乳酸菌产生ACE抑制肽的机制提供参考，对乳品工业的长远发展具有重要的意义。
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