摘要：为了解江西省猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)的遗传变异情况,本研究设计了3对引物,扩增得到11株江西株S1全基因序列,并对其同源性及遗传进化进行了分析.结果表明:11株江西分离株与疫苗株CV777核苷酸序列的同源性为92.3％～92.8％,氨基酸序列同源性为90.9％～91.2％;江西株各毒株间S1基因核苷酸同源性为97.6％～99.8％,氨基酸同源性为97％～99.6％;与CV777相比,所有江西株在核苷酸及氨基酸序列上均存在突变,包括插入和缺失现象,并且插入及缺失位点与韩国株KNU-0905相似.通过构建PEDV S1基因遗传进化树发现,PEDV S1基因遗传关系上分为2个大的群组,11个地方流行株全部都集中在G1组的G1-1亚组群中,而疫苗毒株CV777的S1序列属于G2亚群.对S1基因抗原表位域(COE)与抗原表位(S1D5,S1D6)分析表明:11株江西株的COE序列没有氨基酸缺失和插入,但是均存在氨基酸点突变,突变数目为7-9个不等;S1D5表位、S1D6袁位除少数毒株存在突变外其余均保守.序列分析表明,江西地方流行毒株之间S1基因存在不同程度的遗传变异,与疫苗毒株CV777存在较大的变异.推测,这些存在于S1基因间的变异,特别是在抗原表位区域COE与S1D5、S1D6的不同程度的变异,或许会影响现今使用的基于早期欧洲毒株CV777的疫苗对当前的流行毒株所造成的腹泻的作用效果.
