不同地区自然发酵乳中乳酸乳球菌多位点序列分型研究

摘要

本研究以分离自内蒙古赤峰市、巴彦淖尔市、呼伦贝尔市、锡林郭勒盟和鄂尔多斯市，西藏自治区、青海省、云南省、四川省、甘肃省和蒙古国的204株乳酸乳球菌为研究对象，应用多位点序列分型技术，通过双向测序技术获得dnaA、pyrG、rpoB、groEL、recA、clpX、carB、murC、pepN、pepX、murE和pheS12个持家基因的序列，将其拼接、核对后用BioNumerics v6.0构建等位基因图谱并确立序列型(STs)，进而对204株乳酸乳球菌进行分型，系统分析菌株间的系统发育进化关系。结果表明：
　　(1)204株乳酸乳球菌共分为75个STs，分离自相同地区的乳酸乳球菌分离株大多有着相同的STs。75个STs经过eBURST分析后，共形成13个分型组，28个独特型。13个分型组中有7个克隆复合体。其中CC26包含乳酸乳球菌分离株最多，被认为是较为原始的CC。
　　(2)通过最小生成树分析，结果表明204株乳酸乳球菌之间的进化关系，大部分与分离地之间的距离远近呈现正相关性，分离自不同地区的菌株可能大部分是由分离自赤峰市的菌株进化而来。另外最小生成树分析还发现了两株被16SrDNA序列分析方法鉴定为Lactococcus lactis subsp. lactis的菌株亲缘关系与Lactococcus lactis subsp. cremoris更近。
　　(3)系统发育分析结果表明，分离自相同地区发酵乳中的乳酸乳球菌的STs大部分聚集在同一类群。分离自内蒙古赤峰市的菌株群体分化时间较长，说明分离自不同地区的204株乳酸乳球菌可能由同一祖先进化而来，而这一祖先菌株可能来源于内蒙古赤峰市。
　　本研究对不同地区的204株乳酸乳球菌进行多位点序列分型研究，初步建立了一种新的乳酸乳球菌的分型方法，为乳酸乳球菌的MLST数据库提供了丰富的数据资料。通过比较各个菌株等位基因序列的差异，初步了解菌株基因序列的进化关系，并分析不同地区的乳酸乳球菌的遗传背景，从而推演乳酸乳球菌的进化历程，为世界范围内乳酸乳球菌的群体结构和遗传进化研究、以及优质发酵剂的筛选奠定基础。

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插图和附表清单

1 引言

1.1 乳酸菌

1.2 乳酸乳球菌

1.3 多位点序列分型技术

1.4 研究基础、目的及意义

2 材料与方法

2.1 试验材料

2.2 试验方法

3 结果与分析

3.1 DNA检测结果

3.2 持家基因扩增结果

3.3 12个持家基因的测序结果

3.4 生物信息学分析结果

4 结论

致谢

参考文献

作 者 简 介