东北肉羊LPL基因多态性与肉质性状的关联分析

摘要

本试验以脂蛋白脂肪酶(Lipoprotein Lipase,LPL)作为东北肉羊肉质性状的候选基因，研究其外显子上的单核甘酸多态性(single nucleotide polymorphisms, SNPs)位点及其与肉质性状的关联，为改善肉羊肉质及其遗传育种提供分子生物学基础。
　　本试验以48头成年健康的东北肉羊肌肉组织样本为材料，提取总 RNA与基因组 DNA，采用 RT-PCR和 TA克隆方法成功克隆了东北肉羊的 LPL基因cDNA序列并对其进行生物信息学分析；将 LPL基因作为肉质性状的候选基因，应用直接测序和PCR-RFLP相结合的方法对LPL基因部分外显子进行SNPs筛选，并通过一般线性模型分析研究了 LPL基因多态性与肉质性状的关联。主要试验结果如下：
　　1.提取了总 RNA，通过 RT-PCR的方法，克隆了东北肉羊 LPL基因的完整编码序列，并对其进行了序列测定。对东北肉羊 LPL基因完整编码序列进行生物信息学分析，结果表明，东北肉羊 LPL基因 ORF（开放阅读框）长1437 bp，共编码了478个氨基酸。
　　2.通过直接测序及 PCR-RFLP技术，对东北肉羊 LPL基因第3、4、5和6外显子进行序列测定与多态性分析，发现LPL基因第3和4外显子上存在SNPs位点，而第5和6外显子则未发现SNPs位点。这些SNPs位点分别是：第3外显子46 bp处 T/C(T304C)，第3外显子126 bp处 A/T(A384T)，第4外显子24 bp处T/C(T462C)。这3个SNP位点都没有引起氨基酸变异，属于同义突变。
　　3.对东北肉羊第3外显子 A384T突变位点进行酶切与基因分型，并统计基因频率、基因型频率、χ2-Hardy-Weinberg平衡状态、基因纯合度(Ho)、基因杂合度(He)、有效等位基因数(Ne)、多态信息含量(PIC)等数据。结果表明，东北肉羊群体在该位点的遗传变异为低度多态(PIC＜0.25)，并处于 Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05)。
　　4.对第3外显子 A384T突变位点各基因型与肉质性状进行关联性分析，结果表明该位点 TT型滴水损失极显著高于 TA型和 AA型(P＜0.01)；TT型 pH1值显著高于TA型(P＜0.05)，与AA型则差异不显著(P＞0.05)；压榨损失、熟肉率和剪切力性状在各基因型间差异不显著(P＞0.05)。TT型肉豆蔻酸含量显著低于TA型和AA型(P＜0.05)；TT型棕榈酸含量显著低于TA型(P＜0.05)，与AA型则差异不显著(P＞0.05)；其余脂肪酸含量在各基因型间差异不显著(P＞0.05)。TT型甘氨酸含量显著高于 TA型(P＜0.05)，与 AA型差异不显著(P＞0.05)；TT型精氨酸含量显著高于 TA型和 AA型(P＜0.05)；其余氨基酸含量在各基因型间差异不显著(P＞0.05)。

目录

声明

第1章 综述

1.1 引言

1.2 东北肉毛兼用和多胎型肉羊新品种选育

1.3 生物信息学研究

1.4 关于SNPs的研究

1.5 LPL基因的研究现状

1.6 试验内容、目的与意义

第2章 材料与方法

2.1 试验材料

2.2 试验方法与步骤

第3章 结果与分析

3.1 东北肉羊LPL基因的克隆、鉴定与生物信息学分析

3.2 LPL基因的多态性及其与肉质性状的关联性分析

第4章 讨论

4.1 关于LPL基因ORF的生物信息学分析

4.2 关于SNPs位点的筛查

4.3 关于LPL基因多态性分析

4.4 关于SNP与肉质性状的关联分析

4.5 关于肌肉组织的采集与保存

4.6 关于肉羊肌肉组织内总RNA的提取

4.7 关于PCR引物的设计

4.8 关于RT-PCR与梯度PCR

4.9 关于PCR产物的克隆

第5章 结论

参考文献

致谢

攻读学位期间的研究成果