使用短读段的长片段从头组装

摘要

本技术实施从头组装。该组装可使用指示核酸分子起源的标签。例如，可以使用从与种子重叠的初始读段鉴定的标签的代表性组。可以使用配偶对信息。与重叠群的末端联配的序列读段可引起使用配偶对的其他序列读段，且其他序列读段可用于确定哪个分支用于延伸，在例如外部云或辅助重叠群中。k聚体索引可包括指示每个核酸分子的起源的标签，其包含每种k聚体，对应于索引中每个k聚体的读段的存储器地址，和包含k聚体的每个配偶对中的位置。单倍体种子也可使用在群体中鉴定的多态性基因座确定。