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作为具有HCV抗病毒活性与降低的高胆红素血症副作用的MIR-122抑制剂的GALNAC缀合的经修饰的寡核苷酸

摘要

本文描述了用于抑制miR‑122活性的组合物和方法。所述组合物具有产生强效miR‑122活性抑制剂的某些核苷修饰并且包含帮助递送至肝脏的部分。所述组合物可施用至感染丙型肝炎病毒的受试者,作为丙型肝炎病毒和相关疾患的治疗。

著录项

  • 公开/公告号CN112400020A

    专利类型发明专利

  • 公开/公告日2021-02-23

    原文格式PDF

  • 申请/专利权人 莱古路斯治疗法股份有限公司;

    申请/专利号CN201980044398.X

  • 发明设计人 C·R·阿勒顿;S·S·尼本;T·瑞顿;

    申请日2019-05-07

  • 分类号C12N15/113(20060101);A61K31/7125(20060101);A61P31/14(20060101);

  • 代理机构11494 北京坤瑞律师事务所;

  • 代理人封新琴

  • 地址 美国加利福尼亚州

  • 入库时间 2023-06-19 09:57:26

说明书

技术领域

本文提供了用于调节miR-122的活性的化合物和方法。此类方法包括治疗与miR-122活性相关的疾病,如HCV感染。

背景技术

微小RNA(MicroRNA或microRNA)也称为“成熟微小RNA”,是在植物和动物的基因组中编码的小型(长度为大约18-24个核苷酸)非编码RNA分子。在某些情况下,高度保守的、内源性表达的微小RNA通过结合至特定mRNA的3′-非翻译区(3′-UTR)来调控基因的表达。已在植物和动物中鉴定了多于1000种不同的微小RNA。某些成熟微小RNA似乎起源于长的内源性初级微小RNA转录物(也称为pri-微小RNA、pri-mir、pri-miR或pri-pre-微小RNA),所述长的内源性初级微小RNA转录物长度通常为数百个核苷酸((Lee等人,EMBO J.,2002,21(17),4663-4670)。

miR-122(一种在肝脏中丰富并特异性表达的微小RNA)是丙型肝炎病毒累积的关键宿主因子(Jopling等人,Science.2005,309(5740):1577-81)。miR-122通过结合至HCV基因组的5’非编码区中的两个紧密间隔的种子序列位点而与HCV相互作用,从而引起HCV基因组的稳定化,支持复制和翻译(Jangra等人,J Virol.,2010,84:6615-6625;Machlin等人,2011)。重要的是,miR-122结合位点在所有基因型和亚型的HCV基因组中是完全保守的(Wilson等人,J.Virol.,2011,85:2342-2350)。用抗miR抑制miR-122引起小鼠和食蟹猴体内的总循环胆固醇水平降低以及参与胆固醇体内平衡、脂肪酸和脂质代谢的基因的表达变化(Esau等人,2006,Cell Metabolism,3:87-98)。在未经治疗的慢性HCV感染受试者中,米雷韦森(一种LNA修饰的抗miR-122寡核苷酸)导致血清HCV RNA减少(Janssen等人,N EnglJ Med.,2013,368:1685-1694)。RG-101(一种肝细胞靶向抗miR-122化合物)的单次施用耐受性良好,并引起HCV感染受试者中的病毒载量显著降低(van der Ree等人,2017,Lancet,389(10070):709-717)。

尽管当前直接作用型抗病毒药物正在实现高比例的持续病毒应答,但仍有缺医少药的HCV感染受试者群体对当前治疗无应答或在成功治疗后复发。对抗病毒疗法的抗性是与HCV高突变率相关的主要问题,并且甚至在药物组合的情况下仍能观察到。此外,受试者对需要至少每天一次施用口服剂持续较长时间(例如对于

发明内容

实施方案1.一种具有以下结构的化合物:

或其药学上可接受的盐。

实施方案2.如实施方案1的化合物,所述化合物是具有所述结构的药学上可接受的盐。

实施方案3.如实施方案2的化合物,所述化合物是具有所述结构的钠盐。

实施方案4.一种药物组合物,所述药物组合物包含实施方案1至3中任一项的化合物和药学上可接受的稀释剂。

实施方案5.如实施方案4的药物组合物,其中所述药学上可接受的稀释剂是水溶液。

实施方案6.如实施方案5的药物组合物,其中所述水溶液是盐水溶液。

实施方案7.一种包含实施方案1至3中任一项的化合物的药物组合物,所述药物组合物是冻干组合物。

实施方案8.一种药物组合物,所述药物组合物基本上由盐水溶液中的如实施方案1至3中任一项的化合物组成。

实施方案9.一种抑制细胞中的miR-122的活性的方法,所述方法包括使细胞与如实施方案1至3中任一项的化合物接触。

实施方案10.如实施方案9的方法,其中所述细胞是在体内。

实施方案11.如实施方案9的方法,其中所述细胞是在体外。

实施方案12.一种治疗HCV感染的方法,所述方法包括向HCV感染受试者施用至少一个剂量的如实施方案1至3中任一项的化合物或如实施方案4至8中任一项的药物组合物。

实施方案13.一种治疗丙型肝炎病毒(HCV)感染的方法,所述方法包括在治疗期间向HCV感染受试者施用至少一个剂量的如实施方案1至3中任一项的化合物或如实施方案4至8中任一项的药物组合物和至少一种直接作用型抗病毒药物(DAA),其中所述治疗期的持续时间是12周或更短,并且其中在治疗期开始时施用所述化合物或药物组合物的起始剂量并且在治疗期结束时施用所述化合物或药物组合物的终止剂量。

实施方案14.如实施方案13的方法,其中所述起始剂量和所述终止剂量是在治疗期间施用的化合物或药物组合物的唯一剂量。

实施方案15.一种治疗丙型肝炎病毒(HCV)感染的方法,所述方法包括在治疗期间向HCV感染受试者施用至少一个剂量的如实施方案1至3中任一项的化合物或如实施方案4至8中任一项的药物组合物和至少一种直接作用型抗病毒药物(DAA),其中治疗期的持续时间是12周或更短,并且其中在治疗期开始时施用所述化合物或药物组合物的起始剂量,并且所述起始剂量是在治疗期间施用的化合物或药物组合物的唯一剂量。

实施方案16.一种治疗丙型肝炎病毒(HCV)感染的方法,所述方法包括在治疗期间向HCV感染受试者施用至少一个剂量的如实施方案1至3中任一项的化合物或如实施方案4至8中任一项的药物组合物和至少一种直接作用型抗病毒药物(DAA),其中治疗期的持续时间是12周或更短,并且其中在治疗期结束时施用所述化合物或药物组合物的终止剂量,并且所述终止剂量是在治疗期间施用的化合物或药物组合物的唯一剂量。

实施方案17.如实施方案13至16中任一项的方法,其中所述治疗期的持续时间是2至10周、4至8周、2至6周或1至4周。

实施方案18.如实施方案13至16中任一项的方法,其中所述治疗期的持续时间是11周、10周、9周、8周、7周、6周、5周、4周、3周、2周或1周。

实施方案19.如实施方案13至16中任一项的方法,其中所述治疗期的持续时间是26、27、28、29或30天。

实施方案20.如实施方案13至16中任一项的方法,其中所述治疗期的持续时间是28或29天。

实施方案21.如实施方案13至16中任一项的方法,其中所述治疗期的持续时间是18、19、20、21或22天。

实施方案22.如实施方案13至16中任一项的方法,其中所述治疗期的持续时间是21或22天。

实施方案23.如实施方案13至16中任一项的方法,其中所述治疗期的持续时间是12、13、14、15或16天。

实施方案24.如实施方案13至16中任一项的方法,其中所述治疗期的持续时间是14或15天。

实施方案25.如实施方案13至16中任一项的方法,其中所述治疗期的持续时间是6、7、8或9天。

实施方案26.如实施方案13至16中任一项的方法,其中所述治疗期的持续时间是7或8天。

实施方案27.如实施方案13至15或17至26中任一项的方法,其中所述化合物或药物组合物的起始剂量和所述DAA的第一剂量彼此在7天内施用。

实施方案28.如实施方案13至15或17至26中任一项的方法,其中所述化合物或药物组合物的起始剂量在所述DAA的第一剂量之前一天施用。

实施方案29.如实施方案13至15或17至26中任一项的方法,其中所述化合物或药物组合物的起始剂量与所述DAA的第一剂量在同一天施用。

实施方案30.如实施方案13至15或17至26中任一项的方法,其中所述化合物或药物组合物的起始剂量在所述DAA的第一剂量之后一天施用。

实施方案31.如实施方案13、14或16至26中任一项的方法,其中所述化合物或药物组合物的终止剂量和所述DAA的末次剂量彼此在7天内施用。

实施方案32.如实施方案13、14或16至26中任一项的方法,其中所述化合物或药物组合物的终止剂量在所述DAA的末次剂量之前1天施用。

实施方案33.如实施方案13、14或16至26中任一项的方法,其中所述化合物或药物组合物的终止剂量与所述DAA的末次剂量在同一天施用。

实施方案34.如实施方案13、14或16至26中任一项的方法,其中所述化合物或药物组合物的终止剂量在所述DAA的末次剂量之后1天施用。

实施方案35.如实施方案12至34中任一项的方法,其中所述HCV感染受试者感染基因型1。

实施方案36.如实施方案35的方法,其中所述HCV感染受试者感染基因型1a。

实施方案37.如实施方案35的方法,其中所述HCV感染受试者感染基因型1b。

实施方案38.如实施方案12至34中任一项的方法,其中所述HCV感染受试者感染基因型2。

实施方案39.如实施方案12至34中任一项的方法,其中所述HCV感染受试者感染基因型3。

实施方案40.如实施方案12至34中任一项的方法,其中所述HCV感染受试者感染基因型4。

实施方案41.如实施方案12至34中任一项的方法,其中所述HCV感染受试者感染基因型5。

实施方案42.如实施方案12至34中任一项的方法,其中所述HCV感染受试者感染基因型6。

实施方案43.如实施方案12至42中任一项的方法,其中所述HCV感染受试者被确定为感染了具有一种或多种抗性相关多态性的HCV。

实施方案44.如实施方案12至43中任一项的方法,其中所述HCV感染受试者是未经治疗的受试者。

实施方案45.如实施方案12至44中任一项的方法,其中所述HCV感染受试者患有HCV相关性疾病。

实施方案46.如实施方案45的方法,其中所述HCV相关性疾病是肝硬化、肝纤维化、脂肪性肝炎、脂肪变性或肝细胞癌。

实施方案47.如实施方案12至46中任一项的方法,其中所述HCV感染受试者是患有肾损害的HCV感染受试者。

实施方案48.如实施方案12至47中任一项的方法,其中所述HCV感染受试者是HCV/HIV共感染受试者。

实施方案49.如实施方案12至48中任一项的方法,其中所述施用实现持续病毒应答。

实施方案50.如实施方案13至49中任一项的方法,其中在所述治疗期结束时或在所述治疗期结束后的时间点,HCV RNA水平低于定量下限(LLOQ)。

实施方案51.如实施方案50的方法,其中在所述治疗期结束后4周时,所述HCV RNA水平低于LLOQ。

实施方案52.如实施方案50或实施方案51的方法,其中在所述治疗期结束后8周时,所述HCV RNA水平低于LLOQ。

实施方案53.如实施方案50至52中任一项的方法,其中在所述治疗期结束后12周时,所述HCV RNA水平低于LLOQ。

实施方案54.如实施方案50至53中任一项的方法,其中在所述治疗期结束后24周时,所述HCV RNA水平低于LLOQ。

实施方案55.如实施方案50至54中任一项的方法,其中在所述治疗期结束后36周时,所述HCV RNA水平低于LLOQ。

实施方案56.如实施方案50至55中任一项的方法,其中在所述治疗期结束后48周时,所述HCV RNA水平低于LLOQ。

实施方案57.如实施方案50至56中任一项的方法,其中所述LLOQ是25IU/mL。

实施方案58.如实施方案50至56中任一项的方法,其中所述LLOQ是15IU/mL。

实施方案59.如实施方案50至56中任一项的方法,其中所述LLOQ是12IU/mL。

实施方案60.如实施方案50至59中任一项的方法,其中使用基于实时聚合酶链式反应的测定来量化所述HCV RNA水平。

实施方案61.如实施方案13至60中任一项的方法,其中每日施用所述DAA。

实施方案62.如实施方案13至61中任一项的方法,其中所述DAA选自蛋白酶抑制剂、核苷聚合酶抑制剂、核苷酸聚合酶抑制剂、非核苷聚合酶抑制剂、NS3B抑制剂、NS3/4A抑制剂、NS4A抑制剂、NS5A抑制剂、NS5B抑制剂和亲环素抑制剂。

实施方案63.如实施方案13至62中任一项的方法,其中所述DAA选自以下中的一者或多者:索非布韦(sofosbuvir)、雷迪帕韦(ledipasvir)、奥比他韦(ombitasvir)、达萨布韦(dasabuvir)、格来普韦(glecaprevir)、匹布他韦(pibrentasvir)、依巴司韦(elbasvir)、格拉瑞韦(grazoprevir)、利巴韦林(ribavirin)、奥比他韦、帕利瑞韦(paritaprevir)、利托那韦(ritonavir)、波普瑞韦(boceprevir)、伐尼瑞韦(vaniprevir)、阿舒瑞韦(asunaprevir)、达卡他韦(daclatasvir)、西咪匹韦(simeprevir)、美西他滨(mericitabine)、特戈布韦(tegobuvir)、达诺瑞韦(danoprevir)、索伐瑞韦(sovaprevir)、伏西瑞韦(voxilaprevir)、维帕他韦(velpatasvir)和GSK2878175。

实施方案64.如实施方案13至63中任一项的方法,其中所述至少一种DAA包含索非布韦。

实施方案65.如实施方案13至64中任一项的方法,其中所述至少一种DAA包含雷迪帕韦和索非布韦。

实施方案66.如实施方案12至65中任一项的方法,其中所述化合物的剂量小于或等于4.0mg/kg、小于或等于3.5mg/kg、小于或等于3.0mg/kg、小于或等于2.5mg/kg、小于或等于2.0mg/kg、小于或等于1.5mg/kg、小于或等于1.0mg/kg,或小于或等于0.5mg/kg。

实施方案67.如实施方案1至3中任一项的化合物或如实施方案4至8中任一项的药物组合物,所述化合物或所述药物组合物用于疗法中。

实施方案68.如实施方案1至3中任一项的化合物或如实施方案4至8中任一项的药物组合物,所述化合物或所述药物组合物用于治疗HCV感染受试者。

附图说明

图1.用PBS、RG-101或RG6650处理后,HCV感染的小鼠模型的血清中的HCV RNA减少。

具体实施方式

除非另外定义,否则本文使用的所有技术和科学术语具有与本发明所属领域的普通技术人员通常理解相同的含义。除非提供了具体定义,否则与本文阐述的分析化学、合成有机化学以及医学和药物化学结合使用的术语以及其程序和技术是本领域中熟知并通常使用的。在本文的术语存在多个定义的情况下,以此部分中的定义为准。标准技术可用于化学合成、化学分析、药物制备、配制和递送以及受试者的治疗。某些此类技术和程序可参见例如“Carbohydrate Modifications in Antisense Research”,Sangvi和Cook编辑,American Chemical Society,Washington D.C.,1994;和“Remington′s PharmaceuticalSciences”,Mack Publishing Co.,Easton,Pa.,第18版,1990;并且出于任何目的,所述参考文献以引用的方式并入本文中。在允许的情况下,除非另外指出,否则贯穿本文的整个公开内容所提及的所有专利、专利申请、公布的申请和出版物、GENBANK序列、网站以及其他公开的材料都以引用的方式整体并入本文中。应当理解,在提及URL或其他此类识别符或地址的情况下,此类识别符可变化,并且因特网上的具体信息也会变化,但是等效信息可通过搜索因特网来找到。如此提及证明了这种信息的可用性和公众传播。

在公开和描述本发明组合物和方法之前,应当理解本文使用的术语仅出于描述具体实施方案的目的而不意图具有限制性。必须指出,除非上下文另外清楚地指明,否则如在说明书和所附权利要求书中所使用,单数形式“一个/种(a/an)”和“所述(the)”包括多个指示物。

定义

“HCV感染”意指感染丙型肝炎病毒的一种或多种基因型。

“HCV感染的受试者”意指已感染丙型肝炎病毒的一种或多种基因型的受试者。HCV感染的受试者可能或可能不表现出HCV感染的症状。HCV感染的受试者包括已感染HCV的一种或多种基因型的受试者,但是所述受试者的血液中的HCV RNA在可检测水平以下。

“未经治疗的HCV感染的受试者”意指尚未接受先前HCV感染治疗的HCV感染的受试者。

“HCV相关性疾病”意指由HCV感染所介导的病理性过程。HCV相关性疾病包括但不限于肝硬化、肝纤维化、脂肪性肝炎以及肝细胞癌。

“血液HCV RNA”意指存在于HCV感染的受试者血液中的丙型肝炎病毒RNA。血液包括全血和血清。

“血液”意指全血和血液部分,如血清和血浆。

“血清HCV RNA回升”意指在先前HCV RNA水平降低之后的HCV RNA水平增加。

“HCV RNA水平”意指在给定体积的受试者血液中的HCV RNA的量。HCV RNA水平可表示为每毫升的RNA拷贝数。“HCV RNA水平”也可称为“HCV病毒载量”或“HCV RNA效价”。HCVRNA水平可使用体外逆转录聚合酶链式反应测定来测量。

“持续病毒应答”意指在治疗的整个过程结束时和在另外12周后受试者血液中的丙型肝炎病毒RNA不可检测。在某些实施方案中,HCV RNA在每毫升血液40个拷贝以下视为不可检测。

“SVRX”(其中X是治疗期结束后的周数)意指在治疗期结束后的所述时间点的持续病毒应答。例如,SVR8是治疗期结束后8周的持续病毒应答。

“无应答者”意指已接受治疗但是没有经历疾病标志物或症状的临床上可接受的改善的受试者。

“干扰素无应答者”意指已接受用干扰素治疗但是没有经历HCV RNA水平的临床上可接受的降低的HCV感染的受试者。

“直接作用型抗病毒剂”或“DAA”意指通过与HCV基因组所编码的蛋白质直接相互作用来抑制HCV活性的药剂。DAA可以是NS3/4A蛋白酶、NS5A非结构蛋白或NS5B聚合酶的抑制剂。DAA可以是核苷化合物或非核苷化合物。

“直接作用型抗病毒药物无应答者”意指已接受用直接作用型抗病毒剂治疗但是没有经历HCV RNA水平的临床上可接受的降低的HCV感染的受试者。在某些实施方案中,病毒已发展出对所述直接作用型抗病毒剂的抗性。

“肾损害”意指肾脏不能自血液充分过滤废物的疾患。肾损害可通过估计的肾小球滤过率或测量的肾小球滤过率来确定。肾损害也可通过肌酐清除率来确定。

“miR-122相关性疾患”意指可通过调节miR-122来治疗、预防或改善的任何疾病、病症或疾患。miR-122相关性疾病不需要特征在于过量的miR-122。miR-122相关性疾病包括但不限于HCV感染、胆固醇升高和铁超负荷病症。

“铁超负荷病症”意指特征在于身体内的铁过量的任何疾病、病症或疾患。

“受试者”意指选择用于治疗或疗法的人。

“有需要的受试者”意指鉴定为有疗法或治疗需要的受试者。

“疑似患有......的受试者”意指表现出疾病的一个或多个临床指标的受试者。

“施用”意指向受试者提供药剂或组合物,并且包括但不限于由医学专家施用和自我施用。

“胃肠外施用”意指通过注射或输注施用。胃肠外施用包括但不限于皮下施用、静脉内施用和肌肉内施用。

“皮下施用”意指在皮肤下方施用。

“静脉内施用”意指施用至静脉中。

“同时施用”是指以任何方式向受试者共同施用两种或更多种剂,其中每种剂的药理学作用都存在于受试者体内。同时施用不要求以单一的药物组合物、以相同剂型或通过相同的施用途径来施用两种剂。两种剂的作用不需要同时存在。所述作用仅需要一段时间重叠并且不需要共延。

“持续时间”意指活性或事件持续的时间段。在某些实施方案中,治疗持续时间是施用多个剂量的药剂或药物组合物的时间段。

“疗法”意指疾病治疗方法。在某些实施方案中,疗法包括但不限于化学疗法、放射疗法或施用药剂。

“治疗”意指施加用于治愈或改善疾病的一种或多种特定程序。在某些实施方案中,所述特定程序是施用一种或多种药剂。

“改善”意指降低疾患或疾病的至少一个指标的严重程度。在某些实施方案中,改善包括延迟或减慢疾患或疾病的一个或多个指标的进展。可通过本领域技术人员已知的主观测量或客观测量来确定指标的严重程度。

“处于发展......的风险”意指受试者易于发展疾患或疾病的状态。在某些实施方案中,处于发展疾患或疾病的风险的受试者表现出所述疾患或疾病的一种或多种症状,但是没有表现出诊断患有所述疾患或疾病的足够数量的症状。在某些实施方案中,处于发展疾患或疾病的风险的受试者表现出所述疾患或疾病的一种或多种症状,但达到诊断所述疾患或疾病所要求的更小程度。

“预防......的发作”意指在处于发展所述疾病或疾患的风险的受试者中预防疾患或疾病的发展。在某些实施方案中,处于发展所述疾病或疾患的风险的受试者接受与已经患有所述疾病或疾患的受试者所接受的治疗类似的治疗。

“延迟发作”意指在处于发展所述疾病或疾患的风险的受试者中延迟疾患或疾病的发展。在某些实施方案中,处于发展所述疾病或疾患的风险的受试者接受与已经患有所述疾病或疾患的受试者所接受的治疗类似的治疗。

“治疗剂”意指用于治愈、改善或预防疾病的药剂。

“剂量”意指在单次施用中提供的药剂的指定量。在某些实施方案中,剂量可两个或更多个大丸剂、片剂或注射剂形式施用。例如,在某些实施方案中,在需要皮下施用的情况下,所需的剂量要求不为通过单次注射容易地提供的体积。在此类实施方案中,可使用两次或更多次注射达到所需的剂量。在某些实施方案中,剂量可以两次或更多次注射施用以使受试者体内的注射部位反应最小化。在某些实施方案中,剂量通过缓慢输注施用。

“剂量单位”意指提供药剂的形式。在某些实施方案中,剂量单位是含有冻干寡核苷酸的小瓶。在某些实施方案中,剂量单位是含有复原寡核苷酸的小瓶。

“治疗有效量”是指对动物提供治疗益处的药剂的量。

“药物组合物”意指包含药剂的适合用于向受试者施用的物质的混合物。例如,药物组合物可包含无菌水溶液。

“药剂”意指当向受试者施用时提供治疗作用的物质。

“活性药物成分”意指药物组合物中提供所需作用的物质。

“药学上可接受的盐”意指本文提供的化合物的生理学和药学上可接受的盐,即,当施用至受试者时,保持化合物的所需生物活性并且不具有不期望的毒性效应的盐。本文提供的化合物的非限制性示例性药学上可接受的盐包括钠盐和钾盐形式。除非另外明确指示,否则如本文使用的术语“化合物”、“寡核苷酸”和“经修饰的寡核苷酸”包括其药学上可接受的盐。

“盐水溶液”意指氯化钠于水中的溶液。

“改善的器官功能”意指趋向于正常限制的器官功能变化。在某些实施方案中,通过测量存在于受试者的血液或尿液中的分子来评价器官功能。例如,在某些实施方案中,通过血液肝转氨酶水平降低来测量改善的肝功能。在某些实施方案中,通过血液尿素氮减少、蛋白尿减少、白蛋白尿减少等来测量改善的肾功能。

“可接受的安全性特征”意指处于临床上可接受的限制的内的副作用的型态。

“副作用”意指除所需的作用以外的可归因于治疗的生理应答。在某些实施方案中,副作用包括但不限于:注射部位反应、肝功能测试异常、肾功能异常、肝毒性、肾毒性、中枢神经系统异常以及肌病。此类副作用可直接或间接检测。例如,血清中的转氨酶水平增加可表明肝毒性或肝功能异常。例如,胆红素增加可表明肝毒性或肝功能异常。

“注射部位反应”意指在个体注射部位处的皮肤的炎症或异常发红。

“受试者依从性”意指受试者对建议或规定的疗法的顺从性。

“遵从”意指受试者对建议的疗法顺从。

“建议的疗法”意指医学专家建议的治疗、改善、延迟或预防疾病的治疗。

“miR-122”意指具有核碱基序列UGGAGUGUGACAAUGGUGUUUG(SEQ ID NO:1)的微小RNA。

“寡核苷酸”意指包含多个相互独立的连接核苷的化合物,每个核苷可经修饰或未经修饰。

“经修饰的寡核苷酸”意指相对于天然存在的末端、糖、核碱基和/或核苷间键联具有一种或多种修饰的单链寡核苷酸。经修饰的寡核苷酸可包含未经修饰的核苷。

“抗miR”意指具有与微小RNA互补的核碱基序列的经修饰的寡核苷酸。

“抗miR-122”意指具有与miR-122互补的核碱基序列的经修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中,抗miR-122与miR-122完全互补(即,100%互补)。在某些实施方案中,抗miR-122是至少90%、至少93%、至少94%、至少95%或100%互补。

“靶向”意指将与靶核酸杂交的核碱基序列的设计和选择过程。

“对......靶向”意指具有将允许与靶核酸杂交的核碱基序列。

“调节”意指干扰功能、量或活性。在某些实施方案中,调节意指功能、量或活性增加。在某些实施方案中,调节意指功能、量或活性减少。

“表达”意指基因的编码信息转换成存在于细胞中并在细胞中起作用的结构所借助的任何功能和步骤。

“核碱基序列”意指独立于任何糖、键联和/或核碱基修饰,通常以5’至3’方向列出的低聚化合物或核酸中的连续核碱基的顺序。

“连续核碱基”意指在核酸中彼此紧邻的核碱基。

“核碱基互补性”意指两个核碱基经由氢键合非共价配对的能力。

“互补”意指一种核酸能够与另一种核酸或寡核苷酸杂交。在某些实施方案中,互补是指寡核苷酸能够与靶核酸杂交。

“完全互补”意指寡核苷酸的每个核碱基能够与靶核酸中的每个对应位置上的核碱基配对。在某些实施方案中,寡核苷酸与微小RNA完全互补(也称为100%互补),即,所述寡核苷酸的每个核碱基与所述微小RNA中的对应位置上的核碱基互补。经修饰的寡核苷酸可与微小RNA完全互补,并且具有许多长度小于微小RNA的连接的核苷。例如,具有10个连接核苷的寡核苷酸(其中寡核苷酸的每个核碱基与微小RNA中相应位置的核碱基互补)与微小RNA完全互补。

“互补性百分比”意指寡核苷酸中与靶核酸的等长部分互补的核碱基百分比。通过将所述寡核苷酸中与所述靶核酸中的对应位置上的核碱基互补的核碱基数除以所述寡核苷酸中的核碱基总数来计算互补性百分比。

“同一性百分比”意指第一核酸中与第二核酸中的对应位置上的核碱基相同的核碱基数除以所述第一核酸中的核碱基总数。在某些实施方案中,所述第一核酸是微小RNA并所述第二核酸是微小RNA。在某些实施方案中,所述第一核酸是寡核苷酸并所述第二核酸是寡核苷酸。

“杂交”意指通过核碱基互补性发生的互补核酸的退火。

“错配”意指第一核酸中不能够与第二核酸的对应位置上的核碱基发生沃森-克里克(Watson-Crick)配对的碱基。

在核碱基序列背景下的“相同”意指独立于糖、键联和/或核碱基修饰和独立于存在的任何嘧啶的甲基状态,具有相同核碱基序列。

“微小RNA”意指长度介于18与25个之间的核碱基的内源性非编码RNA,所述内源性非编码RNA是由酶Dicer裂解pre-微小RNA的产物。成熟的微小RNA的实例可在称为miRBase(http://microrna.sanger.ac.uk/)的微小RNA数据库中找到。在某些实施方案中,微小RNA缩写为“微小RNA”或“miR”。

“微小RNA调控的转录物”意指受微小RNA调控的转录物。

“种子序列”意指包含成熟微小RNA序列的5’-端的核碱基2至7的核碱基序列。

“种子匹配序列”意指与种子序列互补并长度与所述种子序列相同的核碱基序列。

“天然存在的核苷间键联”意指核苷之间的3’至5’磷酸二酯键联。

“天然糖”意指在DNA(2’-H)或RNA(2’-OH)中发现的糖。

“核苷间键联”意指相邻核苷之间的共价键联。

“连接的核苷”意指通过共价键联连接的核苷。

“核碱基”意指能够与另一个核碱基非共价配对的杂环部分。

“核苷”意指连接至糖部分的核碱基。

“核苷酸”意指具有共价连接至核苷的糖部分的磷酸酯基团的核苷。

“包含由许多连接的核苷组成的经修饰的寡核苷酸的化合物”意指包含具有指定数目的连接的核苷的经修饰的寡核苷酸的化合物。因此,所述化合物可包含另外的取代基或缀合物。除非另外指明,否则所述化合物不包含超出所述经修饰的寡核苷酸的核苷的任何另外的核苷。

“经修饰的核苷”意指与天然存在的核苷相比具有任何变化的核苷。经修饰的核苷可具有经修饰的糖和未经修饰的核碱基。经修饰的核苷可具有经修饰的糖和经修饰的核碱基。经修饰的核苷可具有天然糖和经修饰的核碱基。在某些实施方案中,经修饰的核苷是双环核苷。在某些实施方案中,经修饰的核苷是非双环核苷。

“2’-修饰的核苷”意指当位置在2-脱氧核糖或核糖中编号时,包含在等效于呋喃糖基环的2’位置的位置处具有任何经修饰的糖的核苷。应当理解,2’-修饰的核苷包括但不限于包含双环糖部分的核苷。

“经修饰的核苷间键联”意指与天然存在的核苷间键联相比的任何变化。

“硫代磷酸酯核苷间键联”意指其中非桥接原子之一是硫原子的核苷之间的键联,即OP(O)(S)O-。为免生疑问,硫原子可经质子化或与抗衡离子(例如Na

“磷酸二酯键联”意指具有-OP(O)

“未经修饰的核碱基”意指RNA或DNA的天然存在的杂环碱基:嘌呤碱基腺嘌呤(A)和鸟嘌呤(G);以及嘧啶碱基胸腺嘧啶(T)、胞嘧啶(C)(包括5-甲基胞嘧啶)和尿嘧啶(U)。

“5-甲基胞嘧啶”意指包含连接至胞嘧啶环的5位置上的甲基的胞嘧啶。

“非甲基化胞嘧啶”意指不具有连接至胞嘧啶环的5位置上的甲基的胞嘧啶。

“经修饰的核碱基”意指不为未经修饰的核碱基的任何核碱基。

“糖部分”意指天然存在的呋喃糖基或经修饰的糖部分。

“经修饰的糖部分”意指取代的糖部分或糖替代物。

“2’-O-甲基糖”或“2’-OMe糖”意指在2’位置上具有O-甲基修饰的糖。

“2’-O-甲氧基乙基糖”或“2’-MOE糖”意指在2’位置上具有O-甲氧基乙基修饰的糖。

“2’-O-氟基”或“2’-F”意指在2’位置上具有氟基修饰的糖。

“双环糖部分”意指包含4至7元环的经修饰的糖部分(包括但不限于呋喃糖基),所述经修饰的糖部分包含连接所述4至7元环的两个原子的桥联以形成第二环,从而产生双环结构。在某些实施方案中,所述4至7元环是糖环。在某些实施方案中,所述4至7元环是呋喃糖基。在某些此类实施方案中,所述桥联连接所述呋喃糖基的2’-碳和4’-碳。非限制的示例性双环糖部分包括LNA、ENA、cEt、S-cEt和R-cEt。

“锁核酸(LNA)糖部分”意指在4’呋喃糖环原子与2’呋喃糖环原子之间包含(CH

“ENA糖部分”意指在4’呋喃糖环原子与2’呋喃糖环原子之间包含(CH

“约束乙基(cEt)糖部分”意指在4′呋喃糖环原子与2′呋喃糖环原子之间包含CH(CH

“S-cEt糖部分”意指在4′呋喃糖环原子与2′呋喃糖环原子之间包含S-约束的CH(CH

“R-cEt糖部分”意指在4′呋喃糖环原子与2′呋喃糖环原子之间包含R-约束的CH(CH

“2’-O-甲基核苷”意指具有2’-O-甲基糖修饰的经修饰的核苷。

“2’-O-甲氧基乙基核苷”意指具有2’-O-甲氧基乙基糖修饰的经修饰的核苷。2’-O-甲氧基乙基核苷可包含经修饰或未经修饰的核碱基。

“2’-氟核苷”意指具有2’-氟基糖修饰的经修饰的核苷。2’-氟核苷可包含经修饰或未经修饰的核碱基。

“双环核苷”意指具有双环糖部分的经修饰的核苷。双环核苷可具有经修饰或未经修饰的核碱基。

“cEt核苷”意指包含cEt糖部分的核苷。cEt核苷可包含经修饰或未经修饰的核碱基。

“S-cEt核苷”意指包含S-cEt糖部分的核苷。

“R-cEt核苷”意指包含R-cEt糖部分的核苷。

“β-D-脱氧核糖核苷”意指天然存在的DNA核苷。

“β-D-核糖核苷”意指天然存在的RNA核苷。

“LNA核苷”意指包含LNA糖部分的核苷。

“ENA核苷”意指包含ENA糖部分的核苷。

如本文所使用的“连接基团”是指经由一个或多个共价键将第一化学实体连接至第二化学实体的原子或原子团。

如本文所使用的“接头”是指经由一个或多个共价键将一个或多个配体连接至经修饰或未经修饰的核苷的原子或原子团。所述经修饰或未经修饰的核苷可以是如本文所述的经修饰的寡核苷酸的部分,或者可通过磷酸二酯或硫代磷酸酯键连接至经修饰的寡核苷酸。在一些实施方案中,所述接头将一个或多个配体连接至经修饰的寡核苷酸的3’端。在一些实施方案中,所述接头将一个或多个配体连接至经修饰的寡核苷酸的5’端。在一些实施方案中,所述接头将一个或多个配体连接至经修饰或未经修饰的核苷,所述经修饰或未经修饰的核苷被连接至经修饰的寡核苷酸的3’端。在一些实施方案中,所述接头将一个或多个配体连接至经修饰或未经修饰的核苷,所述经修饰或未经修饰的核苷被连接至经修饰的寡核苷酸的5’端。当所述接头将一个或多个配体连接至经修饰的寡核苷酸的3’端或被连接至经修饰的寡核苷酸的3’端的经修饰或未经修饰的核苷时,在一些实施方案中,所述接头的连接点可以是经修饰或未经修饰的糖部分的3’碳。当所述接头将一个或多个配体连接至经修饰的寡核苷酸的5’端或被连接至经修饰的寡核苷酸的5’端的经修饰或未经修饰的核苷时,在一些实施方案中,所述接头的连接点可以是经修饰或未经修饰的糖部分的5’碳。

综述

RG-101是靶向miR-122的GalNAc缀合的经修饰的寡核苷酸。在已完成的I期人概念验证研究中,用单一皮下剂量的RG-101治疗作为单一疗法使得所有经治疗的HCV感染受试者的病毒载量显著降低,包括难以治疗基因型、各种肝纤维化状态的受试者以及在先前含IFN方案后经历病毒复发的受试者。

在已完成的评估RG-101与多种经批准的直接作用型抗病毒药物(DAA)组合的II期研究中,接受RG-101和

尽管不能明确排除其他受试者特异性的影响因素,但如本文所述,认为RG-101对缀合的胆红素转运的抑制可能导致观察到的高胆红素血症。有鉴于此,对靶向miR-122的替代化合物进行了筛选,所述化合物保持强效的HCV抗病毒活性并具有合适的安全性特征,包括对经由MRP2转运蛋白的胆红素转运没有实质性干扰。这一筛选过程将化合物RG6650鉴定为符合这些标准的抗miR-122化合物。

某些抗miR-122化合物

本文提供命名为RG6650的化合物,所述化合物包含含有GalNAc的缀合物部分和与miR-122互补的经修饰的寡核苷酸。经修饰的寡核苷酸命名为RG7443并且具有结构U

在某些实施方案中,化合物RG6650由以下结构表示:

其中MO是经修饰的寡核苷酸并且具有结构U

在某些实施方案中,化合物RG6650由以下结构表示:

或其药学上可接受的盐。

在每个核苷间键联(例如,每个硫代磷酸酯键联和每个磷酸二酯键联)中,非桥接杂原子(例如,S

本文提供了药物组合物,所述药物组合物包含本文所提供的化合物和药学上可接受的稀释剂。在某些实施方案中,所述药学上可接受的稀释剂是水溶液。在某些实施方案中,所述水溶液是盐水溶液。如本文所使用,药学上可接受的稀释剂应理解为无菌稀释剂。

在某些实施方案中,通过皮下注射施用本文提供的药物组合物。其他合适的施用途径包括但不限于静脉施用、口服施用和肌内施用。

抗miR-122化合物和组合物的某些用途

本文提供了用于治疗HCV感染的方法,所述方法包括向HCV感染受试者施用至少一个剂量的本文所提供的化合物或药物组合物。在某些实施方案中,本文所提供的方法包括选择HCV感染受试者。

尽管当前直接作用型抗病毒药物正在实现高比例的持续病毒应答,但仍有缺医少药的HCV感染受试者群体对当前治疗无应答或者在成功治疗后复发。对抗病毒疗法的抗性是与HCV高突变率相关的主要问题,并且甚至在药物组合情况下仍能观察到。此外,HCV感染受试者对需要至少每天一次施用口服剂持续较长时间(例如对于

在某些实施方案中,治疗期实质上短于至少一种单独DAA的治疗期。

本文提供了治疗丙型肝炎病毒(HCV)感染的方法,所述方法包括在治疗期间向HCV感染受试者施用本文所提供的化合物或药物组合物和至少一种直接作用型抗病毒药物(DAA),其中治疗期的持续时间是12周或更短,并且其中在治疗期开始时施用化合物或药物组合物的起始剂量并且在治疗期结束时施用化合物或药物组合物的终止剂量。在某些实施方案中,起始剂量和终止剂量是在治疗期间施用的化合物或药物组合物的唯一剂量。

本文提供了治疗HCV感染的方法,所述方法包括在治疗期间向HCV感染受试者施用本文所提供的化合物或药物组合物和至少一种DAA,其中治疗期的持续时间是12周或更短,并且其中在治疗期开始时施用化合物或药物组合物的起始剂量,并且起始剂量是在治疗期间施用的化合物或药物组合物的唯一剂量。

本文提供了治疗HCV感染的方法,所述方法包括在治疗期间向HCV感染受试者施用本文所提供的化合物或药物组合物和至少一种DAA,其中治疗期的持续时间是12周或更短,并且其中在治疗期结束时施用化合物或药物组合物的终止剂量,并且终止剂量是在治疗期间施用的化合物或药物组合物的唯一剂量。

在本文所提供的任一方法中,治疗期的持续时间是11周或更短、10周或更短、9周或更短、8周或更短、7周或更短、6周或更短、5周或更短、4周或更短、2周或更短、或1周或更短。在本文所提供的任一方法中,治疗期的持续时间是1至12周、2至10周、4至8周、2至6周或1至4周。在本文所提供的任一方法中,治疗期的持续时间是11周、10周、9周、8周、7周、6周或5周。在某些实施方案中,治疗期的持续时间是11周。在某些实施方案中,治疗期的持续时间是10周。在某些实施方案中,治疗期的持续时间是9周。在某些实施方案中,治疗期的持续时间是8周。在某些实施方案中,治疗期的持续时间是7周。在某些实施方案中,治疗期的持续时间是6周。在某些实施方案中,治疗期的持续时间是5周。

在某些实施方案中,治疗期的持续时间是4周。在某些实施方案中,治疗期的持续时间是3周。在某些实施方案中,治疗期的持续时间是2周。在某些实施方案中,治疗期的持续时间是1周。在某些实施方案中,治疗期的持续时间是26、27、28、29或30天。在某些实施方案中,治疗期的持续时间是28或29天。在某些实施方案中,治疗期的持续时间是18、19、20、21或22天。在某些实施方案中,治疗期的持续时间是21天。在某些实施方案中,治疗期的持续时间是12、13、14、15或16天。在某些实施方案中,治疗期的持续时间是14或15天。在某些实施方案中,治疗期的持续时间是6、7或8天。在某些实施方案中,治疗期的持续时间是7或8天。

在某些实施方案中,化合物或药物组合物的起始剂量和至少一种DAA的第一剂量彼此在7天内施用。在某些实施方案中,化合物或药物组合物的起始剂量在至少一种DAA的第一剂量之前1天施用。在某些实施方案中,化合物或药物组合物的起始剂量与至少一种DAA的第一剂量在同一天施用。在某些实施方案中,化合物或药物组合物的起始剂量在至少一种DAA的第一剂量之后1天施用。在某些实施方案中,化合物或药物组合物的终止剂量和至少一种DAA的末次剂量彼此在7天内施用。在某些实施方案中,化合物或药物组合物的终止剂量在至少一种DAA的末次剂量之前1天施用。在某些实施方案中,化合物或药物组合物的终止剂量是与至少一种DAA的末次剂量在同一天施用。在某些实施方案中,化合物或药物组合物的终止剂量在至少一种DAA的末次剂量之后1天施用。

在某些实施方案中,本文所提供的化合物以下列剂量施用:5mg/kg或更低、4.5mg/kg或更低、4mg/kg或更低、3.5mg/kg或更低、3mg/kg或更低、2.5mg/kg或更低、2mg/kg或更低、1.5mg/kg或更低、1mg/kg或更低、0.75mg/kg或更低、0.5mg/kg或更低、或0.25mg/kg或更低。

在某些实施方案中,HCV感染受试者感染基因型1。在某些实施方案中,HCV感染受试者感染基因型1a。在某些实施方案中,HCV感染受试者感染基因型1b。在某些实施方案中,HCV感染受试者感染基因型2。在某些实施方案中,HCV感染受试者感染基因型3。在某些实施方案中,HCV感染受试者感染基因型4。在某些实施方案中,HCV感染受试者感染基因型5。在某些实施方案中,HCV感染受试者感染基因型6。

在某些实施方案中,HCV感染受试者感染基因型1a、基因型1b、基因型2a、基因型2b、基因型2c、基因型2d、基因型3a、基因型3b、基因型3c、基因型3d、基因型3e、基因型3f、基因型4a、基因型4b、基因型4c、基因型4d、基因型4e、基因型4f、基因型4g、基因型4h、基因型4i、基因型4j、基因型5a或基因型6a。

HCV基因组编码几种对病毒RNA复制和病毒体组装至关重要的蛋白质。HCV基因组能够高速突变。在一些情况下,用DAA治疗导致核苷酸序列多态性的出现,其可能与病毒对DAA的抗性有关。因此,本文提供治疗感染HCV基因型的HCV感染受试者的方法,所述HCV基因型具有一种或多种抗性相关多态性。在某些实施方案中,在治疗前测试HCV感染受试者的一种或多种抗性相关多态性的存在。在一些实施方案中,多态性的存在可通过HCV RNA的测序来确定。

在某些实施方案中,在HCV RNA中存在编码一种或多种HCV编码蛋白中的一种或多种氨基酸多态性的核苷酸变化。在某些实施方案中,氨基酸多态性是在HCV编码的NS5A蛋白中。在某些实施方案中,NS5A氨基酸多态性是在NS5A蛋白的氨基酸位置M28、Q30、L31和Y93中的一者或多者处。在某些实施方案中,氨基酸多态性是在HCV编码的NS3蛋白中。在某些实施方案中,氨基酸多态性是在NS3蛋白的位置Q80、S122、R155、D168和D169中的一者或多者处。在某些实施方案中,氨基酸多态性是在HCV编码的NS4A蛋白中。在某些实施方案中,氨基酸多态性是在HCV编码的NS4B蛋白中。在某些实施方案中,氨基酸多态性是在HCV编码的NS5B蛋白中。

在某些实施方案中,HCV感染受试者是未经治疗的HCV感染受试者,即所述受试者在被选择进行如本文所提供的治疗之前尚未接受治疗。在某些实施方案中,治疗不包括向HCV感染受试者施用干扰素。在某些实施方案中,HCV感染受试者是干扰素无应答者。在某些实施方案中,HCV感染受试者是直接作用型抗病毒无应答者。

HCV感染受试者可发展HCV相关性疾病。HCV感染的主要肝病后果是肝硬化及其并发症,包括出血、肝功能不全和肝细胞癌。另一种并发症是纤维化,其是导致细胞外基质组分沉积的慢性炎症的结果,细胞外基质组分导致肝架构的扭曲以及微循环和肝功能的阻塞。HCV感染的另一种并发症是脂肪变性,脂肪变性进而可导致肝外病变,包括糖尿病、蛋白质营养不良、高血压、细胞毒素、肥胖和缺氧。随着并发症的严重程度增加,肝脏可能最终衰竭,并且HCV感染受试者可能需要肝移植。HCV感染受试者也可能发展成肝细胞癌。在某些实施方案中,HCV感染受试者患有HCV相关性疾病。在某些实施方案中,HCV相关性疾病是肝硬化、纤维化、脂肪性肝炎、脂肪变性和/或肝细胞癌。

在某些实施方案中,HCV感染受试者是肝移植受体。

在某些实施方案中,HCV感染受试者感染一种或多种不同于HCV的病毒。在某些实施方案中,HCV感染受试者是HCV/HIV共感染受试者,即所述受试者感染HCV和HIV两者。在某些实施方案中,本文所提供的方法包括施用用于治疗HIV感染的抗病毒剂。在某些实施方案中,另一治疗剂是非核苷逆转录酶抑制剂(NNRTI)。在某些实施方案中,另一治疗剂是核苷逆转录酶抑制剂(NRTI)。在某些实施方案中,另一治疗剂是蛋白酶抑制剂。在某些实施方案中,另一治疗剂是进入抑制剂或融合抑制剂。在某些实施方案中,另一治疗剂是整合酶抑制剂。在某些实施方案中,另一治疗剂选自依法韦仑(efavirenz)、依曲韦林(etravirine)、奈韦拉平(nevirapine)、阿巴卡韦(abacavir)、恩曲他滨(emtricitabine)、泰诺福韦(tenofovir)、拉米夫定(lamivudine)、齐多夫定(zidovudine)、阿扎那韦(atazanavir)、达芦那韦(darunavir)、福沙那韦(fosamprenavir)、利托那韦、恩夫韦地(enfuvirtide)、马拉韦罗(maraviroc)和雷特格韦(raltegravir)。

在某些实施方案中,HCV感染受试者是患有肾损害的HCV感染受试者。肾损害可通过测定估计的肾小球滤过率(eGFR)来评估。在某些实施方案中,受试者患有轻度肾损害。在某些实施方案中,轻度肾损害的特征在于60-89ml/min/1.73m

在某些实施方案中,本文提供的治疗HCV感染的症状。尽管HCV感染通常是无症状的,但在出现时,HCV感染的症状包括但不限于肝内或肝周围疼痛、黄疸、恶心、食欲不振和疲劳。

可使用HCV RNA水平来诊断HCV感染、监测疾病活性和/或监测HCV感染受试者对治疗的应答。在某些实施方案中,本文提供的治疗降低HCV RNA水平。在某些实施方案中,本文所提供的方法包括施用可有效地治疗HCV感染的量的化合物或药物组合物和DAA。在某些实施方案中,本文所提供的方法包括选择HCV RNA水平大于350,000拷贝/毫升血清、介于350,000与3,500,000拷贝/毫升血清之间或大于3,500,000拷贝/毫升血清的受试者。在某些实施方案中,本文所提供的方法包括降低HCV RNA水平。在某些实施方案中,本文所提供的方法包括使HCV RNA水平降低至低于200拷贝/毫升血清、低于100拷贝/毫升血清、低于40拷贝/毫升血清。HCV RNA水平可称为“病毒载量”或“HCV RNA效价”。

HCV RNA水平的变化可描述为log变化。例如,自60,000下降至600将是HCV RNA水平的2-log下降。在某些实施方案中,本文提供的方法实现HCV RNA水平降低大于或等于2个log。在某些实施方案中,本文提供的方法实现HCV RNA水平降低至少0.5倍、至少1倍、至少1.5倍、至少2倍、至少10倍、至少50倍、至少100倍、至少500倍、至少1000倍、至少5000倍或至少10,000倍。

在某些实施方案中,本文所提供的方法包括实现持续病毒应答。在某些实施方案中,在治疗期之前或结束时,HCV RNA水平低于定量下限(LLOQ)。在某些实施方案中,在治疗期结束后4周时,HCVRNA水平低于LLOQ。在某些实施方案中,在治疗期结束后8周时,HCV RNA水平低于LLOQ。在某些实施方案中,在治疗期结束后12周时,HCV RNA水平低于LLOQ。在某些实施方案中,在治疗期结束后24周时,HCV RNA水平低于LLOQ。在某些实施方案中,在治疗期结束后36周时,HCV RNA水平低于LLOQ。在某些实施方案中,在治疗期结束后48周时,HCVRNA水平低于LLOQ。在某些实施方案中,LLOQ是25IU/mL。在某些实施方案中,LLOQ是15IU/mL。在某些实施方案中,LLOQ是12IU/mL。

在某些实施方案中,使用基于实时聚合酶链式反应的测定来量化HCV RNA水平。测定的定量下限(LLOQ)可有所不同。例如,用于高清系统的COBAS TaqMan HCV测试(2.0版)的定量下限(LLOQ)是25IU/mL并且COBAS AmpliPrep/COBAS Taqman HCV测试(2.0版)的LLOQ是15IU/mL。Abbott实时HCV测试的定量下限(LLOQ)是12IU/mL。

在HCV治疗方案后,HCV感染受试者可经历HCV RNA水平降低,然后HCV RNA水平增加,所述后续增加称为HCV RNA水平回弹。在某些实施方案中,本文所提供的方法防止HCVRNA水平回弹。在某些实施方案中,本文所提供的方法延迟HCV RNA水平回弹。

在本文所提供的任一实施方案中,每日一次或每日两次施用至少一种DAA。在某些实施方案中,每日一次施用至少一种DAA。在某些实施方案中,每日两次施用至少一种DAA。在某些实施方案中,至少一种DAA选自NS3/4A蛋白酶抑制剂、NS5A抑制剂、核苷NS5B聚合酶抑制剂和非核苷NS5B聚合酶抑制剂。在某些实施方案中,NS5A抑制剂是依巴司韦。在某些实施方案中,NS3/4A蛋白酶抑制剂是格拉瑞韦。在某些实施方案中,NS5A抑制剂是奥比他韦。在某些实施方案中,NS3/4A蛋白酶抑制剂是帕利瑞韦。在某些实施方案中,非核苷NS5B聚合酶抑制剂是达萨布韦(dasbuvir)。在某些实施方案中,NS5A抑制剂是达卡他韦。在某些实施方案中,NS3/4A蛋白酶抑制剂是西咪匹韦。在某些实施方案中,NS5A抑制剂是雷迪帕韦。在某些实施方案中,NS5B聚合酶抑制剂是索非布韦。在某些实施方案中,NS3/4A抑制剂是格来普韦。在某些实施方案中,NS5A抑制剂是匹布他韦。在某些实施方案中,施用一种或多种直接作用型抗病毒剂。

在某些实施方案中,至少一种DAA选自索非布韦、雷迪帕韦、奥比他韦、达萨布韦、依巴司韦、格拉瑞韦、利巴韦林、奥比他韦、帕利瑞韦、利托那韦、波普瑞韦、伐尼瑞韦、阿舒瑞韦、达卡他韦、西咪匹韦、美西他滨、特戈布韦、达诺瑞韦、索伐瑞韦、格来普韦、匹布他韦、伏西瑞韦、维帕他韦和GSK2878175。在某些实施方案中,至少一种DAA是以可有效地治疗HCV感染的量施用。在某些实施方案中,至少一种DAA施用的治疗期短于在没有本文所提供的化合物或药物组合物时施用DAA所规定的治疗期。

在某些实施方案中,至少一种DAA包含索非布韦。在某些实施方案中,至少一种DAA包含400mg索非布韦。在某些实施方案中,至少一种DAA是一个包含400mg索非布韦的片剂,每日一次口服施用。索非布韦可在有或没有利巴韦林时施用。

在某些实施方案中,至少一种DAA包含雷迪帕韦和索非布韦。在某些实施方案中,至少一种DAA包含以90mg雷迪帕韦的剂量施用的雷迪帕韦和400mg剂量的索非布韦。在某些实施方案中,至少一种DAA是一个包含90mg雷迪帕韦和400mg索非布韦的片剂,每日一次口服施用。

在某些实施方案中,至少一种DAA包含西咪匹韦或其盐形式。在某些实施方案中,至少一种DAA包含以150mg剂量施用的西咪匹韦。在某些实施方案中,至少一种DAA是一个包含150mg西咪匹韦的胶囊,每日一次口服施用。

在某些实施方案中,至少一种DAA包含达卡他韦或其盐形式。在某些实施方案中,至少一种DAA包含以60mg剂量施用的达卡他韦。在某些实施方案中,至少一种DAA是一个包含60mg达卡他韦的片剂,每日一次口服施用。在某些实施方案中,至少一种DAA是两个各自包含30mg达卡他韦的片剂,每日一次口服施用。在某些实施方案中,至少一种DAA包含以60mg剂量施用的达卡他韦和以400mg剂量施用的索非布韦。在某些实施方案中,HCV感染受试者被确定为感染了具有一种或多种抗性相关多态性的HCV基因型。在某些实施方案中,抗性相关多态性是NS5A多态性。在某些实施方案中,NS5A多态性是在位置M28、Q30、L31和Y93中的一者或多者上。

在某些实施方案中,至少一种DAA包含格来普韦和匹布他韦或其盐形式。在某些实施方案中,至少一种DAA包含以100mg剂量施用的格来普韦和以40mg剂量施用的匹布他韦。在某些实施方案中,至少一种DAA是三个各自含有100mg格来普韦和40mg匹布他韦的片剂,每日一次口服施用。

在某些实施方案中,至少一种DAA包含奥比他韦、帕利瑞韦、利托那韦和达萨布韦或其盐形式。在某些实施方案中,至少一种DAA包含以12.5mg剂量施用的奥比他韦、以75mg剂量施用的帕利瑞韦、以50mg剂量施用的利托那韦和以250mg剂量施用的达萨布韦。在某些实施方案中,至少一种DAA是两个各自含有12.5mg奥比他韦、75mg帕利瑞韦、50mg利托那韦的片剂(每日一次口服施用)和一个包含250mg达萨布韦的片剂(每日两次施用)。

在某些实施方案中,至少一种DAA包含奥比他韦、帕利瑞韦、利托那韦、达萨布韦和利巴韦林。在某些实施方案中,至少一种DAA包含以12.5mg剂量施用的奥比他韦、以75mg剂量施用的帕利瑞韦、以50mg剂量施用的利托那韦和以800mg、1000mg、1200mg或1400mg剂量施用的利巴韦林。在某些实施方案中,至少一种DAA是两个各自含有12.5mg奥比他韦、75mg帕利瑞韦、50mg利托那韦的片剂(每日一次口服施用)、一个包含250mg达萨布韦的片剂(每日两次施用)和以800mg、1000mg、1200mg或1400mg剂量施用的利巴韦林。

在某些实施方案中,至少一种DAA包含依巴司韦和格拉瑞韦。在某些实施方案中,至少一种DAA包含以50mg剂量施用的依巴司韦和以100mg剂量施用的格拉瑞韦。在某些实施方案中,至少一种DAA是一个包含50mg依巴司韦和100mg格拉瑞韦的片剂,每日一次口服施用。

在某些实施方案中,至少一种DAA包含依巴司韦、格拉瑞韦和利巴韦林。在某些实施方案中,至少一种DAA包含以50mg剂量施用的依巴司韦、以100mg剂量施用的格拉瑞韦和以800mg、1000mg、1200mg或1400mg剂量施用的利巴韦林。在某些实施方案中,至少一种DAA是一个包含50mg依巴司韦和100mg格拉瑞韦的片剂(每日一次口服施用)和以1000mg、1200mg、或1400mg剂量施用的利巴韦林。在某些实施方案中,HCV感染受试者经测定感染了具有一种或多种抗性相关多态性的HCV基因型。在某些实施方案中,抗性相关多态性是NS5A多态性。在某些实施方案中,NS5A多态性是在位置M28、Q30、L31和Y93中的一者或多者上。

利巴韦林的推荐剂量是基于体重的。在某些实施方案中,对于体重小于75kg的受试者,利巴韦林的每日剂量是1000mg。在某些实施方案中,对于体重为75kg或以上的受试者,每日剂量是1200mg利巴韦林。

在某些实施方案中,每日剂量以两个分开剂量口服施用,一个剂量在早上并且一个剂量在晚上。在某些实施方案中,利巴韦林以包含200mg利巴韦林的胶囊提供。

在某些实施方案中,对于体重小于66kg的受试者,利巴韦林的每日剂量是800mg。在某些实施方案中,对于体重为66至80kg的受试者,利巴韦林的每日剂量是1000mg。在某些实施方案中,对于体重为81至105kg的受试者,利巴韦林的每日剂量是1200mg。在某些实施方案中,对于体重大于105kg的受试者,利巴韦林的每日剂量是1400mg。

施用本文所提供的化合物或药物组合物可允许减小至少一种施用HCV感染受试者的DAA的剂量量或频率。减小一种或多种所施用DAA的量或频率可减轻副作用和/或改善受试者依从性。因此,在某些实施方案中,在治疗期间施用的至少一种DAA的剂量是低于单独施用DAA时的剂量。例如,至少一种DAA可以比单独施用至少一种DAA时低25%的剂量施用。在某些实施方案中,在治疗期间施用的至少一种DAA的剂量的施用频率低于单独施用至少一种DAA时的施用频率。例如,至少一种DAA可每周一次而非每日一次施用。在某些实施方案中,至少一种所施用DAA的量与频率低于单独施用至少一种DAA时。

在某些实施方案中,本文所提供的化合物和至少一种DAA是以单一药物组合物施用,即化合物和至少一种DAA共配制于药物组合物中。合适的施用途径包括皮下、静脉内、口服或肌内施用。

在某些实施方案中,向HCV感染受试者施用一种或多种另外的治疗剂。在某些实施方案中,一种或多种另外的治疗剂包括免疫疗法、免疫调节剂、治疗性疫苗、抗纤维化剂、抗炎症剂、支气管扩张剂、粘液溶解剂、抗毒蕈碱剂、抗白三烯剂、细胞粘附抑制剂、抗氧化剂、细胞因子激动剂、细胞因子拮抗剂、肺表面活性剂、抗微生物剂、抗癌剂、RNAi剂或亲环素抑制剂。

在某些实施方案中,一种或多种另外的治疗剂可选自辅因子抑制剂、HCV结构蛋白抑制剂、亲环素抑制剂、进入抑制剂、TLR7激动剂和干扰素。

尽管大多数当前疗法的目的是消除干扰素的使用,但在一些HCV感染受试者中,干扰素治疗可能是有保证的。在某些实施方案中,另一治疗剂选自干扰素、利巴韦林和特拉匹韦(telaprevir)。在某些实施方案中,干扰素选自干扰素α-2a、干扰素α-2b、干扰素α con-1、聚乙二醇干扰素α-2b和聚乙二醇干扰素α-2a。

HCV感染受试者可能会经历肝功能异常,其是通过测量胆红素、白蛋白和凝血酶原时间中的一者或多者来评价。测量肝酶丙氨酸氨基转移酶(ALT)和天冬氨酸氨基转移酶(AST)来评价肝脏炎症。这些标志物的一个或多个异常水平可能表明肝功能异常。在某些实施方案中,本文提供的方法包括使肝功能正常化。在某些实施方案中,本文提供的方法包括使肝酶水平正常化。

在本文所提供的任一方法中,化合物可存在于药物组合物中。

本文所提供的化合物可用于疗法中。在某些实施方案中,化合物用于治疗HCV感染受试者。在某些实施方案中,用于治疗HCV感染受试者的化合物可用于本文所述的任一治疗方法中。

向HCV感染受试者施用抗miR-122化合物导致血清胆固醇降低,并且因此可单独或除了另一种功效指标(例如HCV RNA水平的降低)之外,用作评价本文提供的抗miR-122化合物的活性的生物标志物。因此,本文提供的方法包括将本文提供的化合物或药物组合物施用于HCV感染受试者,从受试者收集血样,并测量HCV感染受试者血样中的胆固醇。胆固醇的水平可用作HCV感染受试者中抗miR-122化合物活性的指标。

某些修饰

在某些实施方案中,本文提供化合物,其中缀合物部分(例如接头或配体)的特征以保持化合物的所需性质(例如在HCV感染受试者中降低HCV RNA水平的功效和缺乏对MRP2转运蛋白的显著抑制)的方式进行修饰。

RG6650和包含RG7443的化合物可通过结构C描述:

L

其中每个L独立地是配体并且n是1至10;每个N独立地是经修饰或未经修饰的核苷并且m是1至5;X

例如,RG6650可通过结构C的以下实施方案来描述:

其中MO是经修饰的寡核苷酸并且具有结构U

在某些实施方案中,结构C的一种或多种配体可以是一种配体,所述配体与GalNAc部分一样,促进肝脏中的摄取。所述配体包括胆固醇和对去唾液酸糖蛋白受体(ASGPR)具有亲和力的其他配体,包括但不限于半乳糖或半乳糖衍生物。在某些实施方案中,对ASGPR具有亲和力的配体是N-乙酰半乳糖胺、半乳糖、半乳糖胺、N-甲酰基半乳糖胺、N-丙酰-半乳糖胺、N-正丁酰半乳糖胺或N-异丁酰-半乳糖胺。

在某些实施方案中,当n大于1时,所述接头包含能够将多于一个L连接至所述化合物的其余部分上(即,连接至所述经修饰的寡核苷酸(MO)上、连接至X

其中每个L独立地是配体;n是从1至10;S是骨架;并且Q’和Q”独立地是连接基团。

在某些实施方案中,每个Q’和Q”独立地选自:肽、醚、聚乙二醇、烷基、C

在某些实施方案中,骨架将2、3、4或5个配体连接至经修饰的寡核苷酸上。在某些实施方案中,骨架将3个配体连接至经修饰的寡核苷酸上。

一种非限制性的示例性结构E是结构E(i):

其中L

在一些实施方案中,Q’

另一种非限制性的示例性结构E是结构E(ii):

其中L

在一些实施方案中,Q’

另一种非限制性的示例性结构E是结构E(iii):

其中L

在一些实施方案中,Q’

另一种非限制性的示例性结构E是结构E(iv):

其中L

在一些实施方案中,Q’

另一种非限制性的示例性结构E是结构E(v):

其中L

在一些实施方案中,Q’

另一种非限制性的示例性结构E是结构E(vi):

其中L

在一些实施方案中,Q’

另一种非限制性的示例性结构E是结构E(vii):

其中L

在一些实施方案中,Q’

另一种非限制性的示例性结构E是结构E(viii):

其中L

在一些实施方案中,Q’

例如PCT公布号WO 2013/033230;美国专利号8,106,022 B2;美国公布号2012/0157509 A1;美国专利号5,994,517;美国专利号7,491,805 B2;美国专利号8,313,772 B2;Manoharan,M.,第16章,Antisense Drug Technology,Crooke,S.T.、Marcel Dekker公司,2001,391-469阐述了非限制性的示例性骨架和/或包含骨架的接头及其合成。

在某些实施方案中,所述化合物的L

其中:

B选自-O-、-S-、-N(R

MO是RG7443;

R

Z、Z’和Z”各自独立地选自O和S;

每个N独立地是经修饰或未经修饰的核苷;

m是1至5;

X选自磷酸二酯键联和硫代磷酸酯键联;

Y是磷酸二酯键联;并且

波形线表明连接至所述接头和配体的其余部分。

在某些实施方案中,波形线表明连接至以上结构E。

在某些实施方案中,n是1至5、1至4、1至3或1至2。在某些实施方案中,n是1。在某些实施方案中,n是2。在某些实施方案中,n是3。在某些实施方案中,n是4。在某些实施方案中,n是5。

在某些实施方案中,所述化合物的L

其中:

B选自-O-、-S-、-N(R

MO是RG7443;

R

Z、Z’和Z”各自独立地选自O和S;

每个N独立地是经修饰或未经修饰的核苷;

m是1至5;

X选自磷酸二酯键联和硫代磷酸酯键联;

Y是磷酸二酯键联;

每个L独立地是配体;n是1至10;S是骨架;并且Q’和Q”独立地是连接基团。

在某些实施方案中,每个Q’和Q”独立地选自:肽、醚、聚乙二醇、烷基、C

化合物的一个非限制性示例性L

其中波形线表明连接至所述经修饰的寡核苷酸RG7443上、例如结构B中的X

在某些实施方案中,包含本文所述的缀合的经修饰寡核苷酸的化合物具有结构A:

L

其中每个L独立地是配体并且n是1至10;并且MO是RG7443。

在一些实施方案中,化合物具有以下结构:

其中每个N独立地是经修饰或未经修饰的核苷并且m是1至5;X

在某些实施方案中,X

在某些实施方案中,m是1。在某些实施方案中,m是2。在某些实施方案中,m是3、4或5。在某些实施方案中,m是2、3、4或5。在某些实施方案中,当m大于1时,N

在本文所述的任一实施方案中,N

在某些实施方案中,p是0。在某些实施方案中,p是1、2、3或4。在某些实施方案中,当p是1、2、3或4时,每个N’包含未经修饰的糖部分。

在某些实施方案中,未经修饰的糖部分是β-D-核糖或β-D-脱氧核糖。

在某些实施方案中,当p是1、2、3或4时,N’包含嘌呤核碱基。在某些实施方案中,N”包含嘌呤核碱基。在某些实施方案中,嘌呤核碱基选自腺嘌呤、鸟嘌呤、次黄嘌呤、黄嘌呤和7-甲基鸟嘌呤。在某些实施方案中,N’是β-D-脱氧核糖腺苷或β-D-脱氧核糖鸟苷。在某些实施方案中,N”是β-D-脱氧核糖腺苷或β-D-脱氧核糖鸟苷。

在某些实施方案中,p是1,N’和N”各自是β-D-脱氧核糖腺苷,并且N’和N”通过磷酸二酯核苷间键联连接。在某些实施方案中,p是1,N’和N”各自是β-D-脱氧核糖腺苷,并且N’和N”通过磷酸二酯核苷间键联连接。在某些实施方案中,p是1,N’和N”各自是β-D-脱氧核糖腺苷,并且N’和N”通过硫代磷酸酯核苷间键联连接。

在某些实施方案中,当p是1、2、3或4时,N’包含嘧啶核碱基。在某些实施方案中,N”包含嘧啶核碱基。在某些实施方案中,嘧啶核碱基选自胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、胸腺嘧啶、尿嘧啶和5,6-二氢尿嘧啶。

在某些实施方案中,每个N的糖部分独立地选自β-D-核糖、β-D-脱氧核糖、2’-O-甲氧基糖、2’-O-甲基糖、2’-氟糖和二环糖部分。在某些实施方案中,每个二环糖部分独立地选自cEt糖部分、LNA糖部分和ENA糖部分。在某些实施方案中,cEt糖部分是S-cEt糖部分。在某些实施方案中,cEt糖部分是R-cEt糖部分。

在某些实施方案中,化合物包含连接至经修饰的寡核苷酸的5’末端的缀合物部分。在某些实施方案中,化合物包含连接至经修饰的寡核苷酸的3’末端的缀合物部分。在某些实施方案中,化合物包含连接至经修饰的寡核苷酸的5’末端的缀合物部分。在某些实施方案中,化合物包含连接至经修饰寡核苷酸的3’末端的第一缀合物部分和连接至经修饰寡核苷酸的5’末端的第二缀合物部分。

某些代谢产物

当在体外或体内暴露于核酸外切酶和/或核酸内切酶时,化合物可经受在整个化合物的不同位置上的裂解。这种裂解的产物可保留一定程度的母体化合物的活性,并因此视为活性代谢物。因此,化合物的代谢产物可用于本文阐述的所述方法中。在某些实施方案中,经修饰的寡核苷酸(未缀合或缀合的)经受5’端和/或3’端上的裂解,从而产生相对于母体经修饰的寡核苷酸在5’端和/或3’端上少1个、2个或3个核苷酸的代谢产物。在某些实施方案中,经修饰的寡核苷酸经受5’端上的裂解,释放5’-末端的核苷酸并产生相对于母体经修饰的寡核苷酸在5’端上少1个核苷酸的代谢产物。在某些实施方案中,经修饰的寡核苷酸经受5’端上的裂解,释放两个5’-末端的核苷并产生相对于母体经修饰的寡核苷酸在5’端上少两个核苷酸的代谢产物。在某些实施方案中,经修饰的寡核苷酸经受3’端上的裂解,释放3’-末端的核苷酸并产生相对于母体经修饰的寡核苷酸在3’端上少一个核苷酸的代谢产物。在某些实施方案中,经修饰的寡核苷酸经受3’端上的裂解,释放两个3’-末端的核苷并产生相对于母体经修饰的寡核苷酸在3’端上少两个核苷酸的代谢产物。

包含连接至缀合物部分的经修饰的寡核苷酸的化合物还可经受所述经修饰的寡核苷酸与配体之间的接头内的一个位点上的裂解。在某些实施方案中,裂解产生包含一部分缀合物部分的母体经修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中,裂解产生在经修饰的寡核苷酸与配体之间包含接头的一个或多个亚单位的母体经修饰的寡核苷酸。例如,在化合物具有结构L

某些核碱基序列

本文所述的任一抗miR-122核碱基序列(包括但不限于在实施例和序列表中发现的那些序列)都与核酸的任何修饰无关。因此,由SEQ ID NO定义的核酸可独立地包含对一个或多个糖部分、一个或多个核苷间键联和/或一个或多个核碱基的一个或多个修饰。

虽然本文件所附序列表将每个核碱基序列根据需要鉴定为“RNA”或“DNA”,但实际上那些序列可用化学修饰的任何组合进行修饰。本领域技术人员将易于领会,如“RNA”或“DNA”这样的名称描述经修饰的寡核苷酸在一定程序上是任意的。例如,包含含有2′-OH糖部分和胸腺嘧啶碱基的核苷的经修饰的寡核苷酸可描述为具有修饰的糖(针对DNA的天然2′-H为2′-OH)的DNA或具有修饰的碱基(针对RNA的天然尿嘧啶为胸腺嘧啶(甲基化尿嘧啶))的RNA。

因此,本文提供的核酸序列(包括但不限于序列表中的那些序列)旨在涵盖含有天然或修饰的RNA和/或DNA的任何组合的核酸,包括但不限于具有经修饰的核碱基的此类核酸。作为实例而非限制,具有核碱基序列“ATCGATCG”的经修饰的寡核苷酸涵盖具有这种核碱基序列的任何寡核苷酸,无论是经修饰的或未经修饰的,包括但不限于包含RNA碱基的此类化合物,如具有序列“AUCGAUCG”的那些化合物和具有一些DNA碱基和一些RNA碱基如“AUCGATCG”的那些化合物以及具有其他修饰的碱基如“AT

某些修饰

经修饰的寡核苷酸可包含对核碱基、糖和/或核苷间键联的一种或多种修饰。可因为希望的特性(例如像细胞摄取增强、对其他寡核苷酸或核酸靶标的亲和性增强以及在核酸酶存在下的稳定性增加)选择修饰的核碱基、糖和/或核苷间键联优先于未修饰的形式。

在某些实施方案中,经修饰的寡核苷酸包含一种或多种修饰的核苷。在某些实施方案中,经修饰的核苷是稳定性核苷。稳定性核苷的一个实例是2’-修饰的核苷。

在某些实施方案中,经修饰的核苷包含经修饰的糖部分。在某些实施方案中,包含经修饰的糖部分的经修饰的核苷包含未经修饰的核碱基。在某些实施方案中,经修饰的糖包含经修饰的核碱基。在某些实施方案中,经修饰的核苷是2’-修饰的核苷。

在某些实施方案中,2’-修饰的核苷包含双环糖部分。在某些此类实施方案中,所述双环糖部分是呈α构型的D糖。在某些此类实施方案中,所述双环糖部分是呈β构型的D糖。在某些此类实施方案中,所述双环糖部分是呈α构型的L糖。在某些此类实施方案中,所述双环糖部分是呈β构型的L糖。

在某些实施方案中,所述双环糖部分在2′碳原子与4′碳原子之间包含桥联基团。包含双环糖部分的核苷称为双环核苷或BNA。在某些实施方案中,双环核苷包括但不限于如下所描绘的(A)α-L-亚甲基氧基(4’-CH

其中Bx是核碱基部分,并且R独立地是H、保护基团或C

在某些实施方案中,2’-修饰的核苷包含选自以下的2’-取代基:F、OCF

在某些实施方案中,2’-修饰的核苷包含选自F、O-CH

在某些实施方案中,经修饰的寡核苷酸包含一种或多种核苷间修饰。在某些所述实施方案中,经修饰的寡核苷酸的每个核苷间键联是经修饰的核苷间键联。在某些实施方案中,经修饰的核苷间键联包含磷原子。

在某些实施方案中,经修饰的寡核苷酸包含至少一个硫代磷酸酯核苷间键联。在某些实施方案中,经修饰的寡核苷酸的每个核苷间键联是硫代磷酸酯核苷间键联。

在某些实施方案中,经修饰的寡核苷酸包含一个或多个经修饰的核碱基。在某些实施方案中,经修饰的核碱基选自7-去氮杂鸟嘌呤、7-去氮杂腺嘌呤、次黄嘌呤、黄嘌呤、7-甲基鸟嘌呤、2-氨基吡啶和2-吡啶酮。在某些实施方案中,经修饰的核碱基选自5-取代的嘧啶、6-氮杂嘧啶和N-2、N-6和O-6取代的嘌呤,包括2氨基丙基腺嘌呤、5-丙炔基尿嘧啶和5-丙炔基胞嘧啶。

某些合成方法

可以使用本领域中已知的自动化固相合成方法来制备经修饰的寡核苷酸。在固相合成过程中,亚磷酰胺单体依次与共价连接至固体载体上的核苷偶联。此核苷是所述经修饰的寡核苷酸的3’末端核苷。典型地,所述偶联循环包括四步:脱三苯甲基(用酸除去5’-羟基保护基团)、偶联(将活化的亚磷酰胺连接至载体结合的核苷或寡核苷酸)、氧化或硫化(用氧化剂或硫化剂转化新形成的亚磷酸三酯),并加帽(乙酰化未反应的5’-羟基)。在最后的偶联循环之后,使所述固体载体结合的寡核苷酸经受脱三苯甲基步骤,接着是裂解和去保护步骤,所述裂解和去保护步骤同时使寡核苷酸从固体载体上释放并使保护基团从碱基上除去。通过过滤除去固体载体,浓缩滤液并测试所得到的溶液的特性和纯度。然后例如使用填充有阴离子交换树脂的柱来纯化寡核苷酸。

可使用与产生未缀合的寡核苷酸的固相合成类似的自动固相合成来制备GalNAc缀合的经修饰的寡核苷酸。在合成GalNAc缀合的寡核苷酸过程中,所述亚磷酰胺单体依次与共价连接至固体载体上的GalNAc缀合物偶联。GalNAc缀合物和GalNAc缀合物固体载体的合成例如在美国专利号8,106,022和国际申请公布号WO 2013/033230中描述,为了描述含碳水化合物的缀合物(包括包含一个或多个GalNAc部分的缀合物)的合成和共价连接至固体载体上的缀合物的合成,所述参考文献中的每一者以引用的方式整体并入本文中。

某些药物组合物

本文提供了药物组合物,所述药物组合物包含本文所提供的化合物和药学上可接受的稀释剂。在某些实施方案中,药学上可接受的稀释剂是水溶液。在某些实施方案中,水溶液是盐水溶液。如本文所使用,药学上可接受的稀释剂应理解为无菌稀释剂。合适的施用途径包括但不限于静脉内和皮下施用。

在某些实施方案中,药物组合物是本文所提供的化合物,所述化合物是在合适的稀释剂中制备,在制备期间用酸或碱调节至pH7.0-9.0,然后在无菌条件下冻干。冻干的经修饰的寡核苷酸随后用合适的稀释剂(例如水溶液,如水)或生理相容的缓冲液(例如盐水溶液、汉克氏溶液(Hanks′s solution)或林格氏溶液(Ringer′s solution))复原。复原产品以皮下注射或静脉输注的形式施用。冻干的药品可以包装在2mL的I型透明玻璃瓶(经硫酸铵处理)中,用溴丁基橡胶封口塞住,并用铝顶封密封。

在某些实施方案中,药物组合物以剂量单位(例如片剂、胶囊、浓注等)的形式施用。在一些实施方案中,药物组合物包含剂量在选自以下的范围内的本文所提供的化合物:25mg至250mg。在某些实施方案中,所述药物组合物包含以选自以下的剂量存在的本文所提供的化合物:25mg、30mg、35mg、40mg、45mg、50mg、55mg、60mg、65mg、70mg、75mg、80mg、85mg、90mg、95mg、100mg、105mg、110mg、115mg、120mg、125mg、130mg、135mg、140mg、145mg、150mg、155mg、160mg、165mg、170mg、175mg、180mg、185mg、190mg、195mg、200mg、205mg、210mg、215mg、220mg、225mg、230mg、235mg、240mg、245mg或250mg。

药物组合物也可含有合适的稳定剂或剂,其增加药剂的溶解度以允许制备高浓度溶液。

在某些实施方案中,本文提供的药物组合物可另外含有通常存在于药物组合物中的其他辅助组分,其使用量为本领域内确定的量。因此,例如,组合物可含有额外相容的药物活性物质,例如止痒剂、收敛剂、局部麻醉剂或抗炎症剂。

某些miR-122药盒药盒

本发明也提供了药盒。在一些实施方案中,药盒包含本文提供的一种或多种化合物。在一些实施方案中,本文提供的化合物存在于小瓶内。在例如分配包装中可以在多个小瓶,如10个。在一些实施方案中,小瓶被制造成用注射器可接近。药盒也可包含本文提供的所述化合物的使用说明书。

在一些实施方案中,所述药盒可用于向受试者施用本文提供的化合物。在此类情况下,除了包含本文提供的至少一种化合物以外,所述药盒还可包括以下中的一个或多个:注射器、酒精棉签、棉球和/或纱布垫。在一些实施方案中,与miR-122互补的所述化合物可存在于预填充注射器(如具有例如带针保护器的27号、1/2英寸针头的单剂量注射器)中,而非小瓶中。在例如分配包装中可存在多个预填充注射器,如10个。药盒还可包含本文提供的化合物的施用说明书。

某些实验模型

在某些实施方案中,本发明提供了在实验模型中使用和/或测试本文提供的化合物的方法。本领域技术人员能够选择和修改用于所述实验模型的方案以评估本文提供的化合物。

在施用抗miR化合物之后反义抑制微小RNA的作用可通过本领域已知的各种方法来评价。在某些实施方案中,所述方法用来定量体外或体内细胞或组织中的微小RNA水平。在某些实施方案中,通过微阵列分析来测量微小RNA水平的变化。在某些实施方案中,通过若干商业上可获得的PCR测定之一如

可使用荧光素酶细胞培养测定来评估抗miR化合物的体外活性。在此测定中,微小RNA荧光素酶传感器构建体被工程改造成包含融合至荧光素酶基因的相关微小RNA的一个或多个结合位点。当微小RNA结合所述荧光素酶传感器构建体中其同源位点时,荧光素酶表达被压制。当将适当的抗miR引入到细胞中时,其结合靶微小RNA并解除荧光素酶表达的压制。因此,在此测定中,作为相关微小RNA的有效抑制剂的抗miR将引起荧光素酶表达增加。

可通过测量微小RNA的靶标的mRNA和/或蛋白质水平来评估抗miR化合物的活性。微小RNA结合至一个或多个靶RNA内的互补位点,导致靶RNA被压制,因此抑制微小RNA引起所述微小RNA的靶标的mRNA和/或蛋白质的水平增加(即,去阻遏)。可在体内或体外测量一个或多个靶RNA的去阻遏。例如,miR-122的靶标是醛缩酶A(ALDOA)。抑制miR-122引起ALDOAmRNA的水平增加,因此ALDOA mRNA水平可用来评估抗miR-122化合物的抑制活性。

可在HCV复制子测定中测量抗miR-122化合物对HCV复制的作用。在此测定中,化合物被引入到细胞系(例如,人肝细胞癌细胞系)中,所述细胞系包含具有稳定的荧光素酶报告体和三个细胞培养适应突变(luc-ubi-neo/ET)的HCV的亚基因组复制子。所述荧光素酶报告体用作HCV复制的间接指标。所使用的复制子可以是亲本HCV基因型或具有赋予抗病毒剂抗性的突变的HCV基因型。可单独地或与用于治疗HCV感染的其他药剂组合来评估抗miR-122化合物。在一些实施方案中,可在体内或体外测定中测试经修饰的寡核苷酸,并随后缀合以形成用于本文所述的所述方法中使用的化合物。

实施例

提出以下实施例以便更完全地说明本发明的一些实施方案。然而,所述实施例决不应当解释为对本发明宽泛范围的限制。本领域技术人员将易于在不背离本发明精神的情况下,采用本发现的基本原理来设计各种化合物。

miR-122是在肝脏中大量特异性表达的微小RNA,其是丙型肝炎病毒累积的关键宿主因子(Jopling等人,Science.2005,309(5740),1577-81)。miR-122通过结合至HCV基因组的5’非编码区的两个紧密间隔的种子序列位点与HCV相互作用,导致HCV基因组稳定,支持复制和翻译(Jangra等人,J Virol.,2010,84:6615-6625;Machlin等人,2011)。RG-101是靶向miR-122的GalNAc缀合的经修饰的寡核苷酸。

在已完成的I期人概念验证研究中,用单一皮下剂量的RG-101治疗作为单一疗法导致所有经治疗的HCV感染受试者的病毒载量显著并且持续降低,包括难以治疗基因型、各种肝纤维化状态的受试者以及在先前含IFN方案后经历病毒复发的受试者。

在已完成的评估RG-101与多种经批准的直接作用型抗病毒药物(DAA)组合的II期研究中,受试者在第1天接受了2mg/kg的RG-101的单次皮下注射,随后是28天的每日一次口服DAA(

表1:用RG-101+DAA治疗后的病毒应答

在2期研究中,200名受试者中有10名出现短暂的高胆红素血症,其特征在于结合的胆红素和总胆红素增加,超过正常上限(ULN)。美国食品和药品管理局将用于治疗慢性HCV感染的RG-101的IND搁置在临床上。

为了鉴定高胆红素血症的潜在机制,进行了文献检索,并对RG-101研究的临床前数据进行了彻底的重新分析。文献检索显示,在miR-122与胆红素代谢路径之间或在作为一类药物的寡核苷酸与胆红素代谢路径之间,没有先前报告的关联。在对小鼠、大鼠和猴进行的大量研究中,在剂量明显高于测试的临床剂量下,没有鉴定出胆红素增加的病例。此外,在前IND期,测试RG-101和其活性代谢物与细胞色素P450酶以及摄取和流出转运蛋白相互作用的能力。正如寡核苷酸所预期,两种化合物都不能与所述酶和转运蛋白显著相互作用。

假设干扰肝脏中胆红素转运蛋白会导致高胆红素血症。肝脏中有几种转运蛋白参与胆红素在肝细胞与胆汁之间的转运。一种所述转运蛋白,多药物抗性相关蛋白2(MRP2),由ABCC2基因编码,在肝细胞顶侧、近端肾小管细胞顶膜和肠腔(肠细胞)上表达。MRP2转运蛋白参与有机阴离子如结合胆红素的释放。已知的MRP2转运蛋白抑制剂包括丙磺舒(probenecid)、呋塞米(furosemide)、利托那韦、阿巴卡韦、环孢菌素A(cyclosporin A)和泰诺福韦。然而,如上所述,寡核苷酸先前没有报告为MRP2的抑制剂。

导致高胆红素血症的另一个因素可能是HCV感染受试者中MRP2的表达水平。与未感染的受试者相比,HCV感染受试者中的MRP2表达减少了约70%(J Hepatol.2001年12月;35(6):765-73)。因此,HCV感染受试者可能更容易受到抑制MRP2转运蛋白活性的化合物的影响,因为所述受试者中MRP2的水平已经降低。此外,MRP2在人中的表达低于啮齿类动物和非人灵长类动物,这可能解释了在临床前或IND使能研究中没有观察到高胆红素血症的原因。

为了测试RG-101干扰MRP2转运蛋白活性的假设,按照本领域已知的方法进行体外测定(例如,参见Vermeer等人,Drug Metab.Dispos.,2016,44(3):453-9)。在此测定分析中,表达外排转运蛋白的囊泡用于评估药物是否是转运蛋白的底物或抑制剂。由内向外的膜泡是由用单个外排转运蛋白瞬时转染的昆虫细胞制备,在此情况下是MRP2。由于囊泡处于从内向外的方向,MRP2转运蛋白以ATP依赖的方式将放射性标记的底物[3H]-雌二醇-17β-葡萄糖醛酸苷泵入囊泡中,并测量囊泡内放射性标记的底物的累积。若化合物是MRP2转运抑制剂,则相对于对照样品,放射性标记的底物的累积将减少。化合物的抑制效应通过测定IC50来评估,所述浓度导致对转运蛋白介导的放射性标记底物摄取的50%抑制。

对RG-101进行体外MRP2测定。RG-101与RG1649(RG-101的未缀合抗miR)均在0、0.1、0.3、1、3、10、30和100uM的浓度下测试。RG-101和RG1649的IC50计算值分别为5.98uM和2.21uM。因此,RG-101在此测定中抑制MPR2转运蛋白。进行了额外研究,证实RG-101与RG1649在此测定中都抑制MRP2转运蛋白(RG-101IC50的范围为5至62uM;RG1649 IC50的范围为2至11uM。

尽管部分基于MRP2测定数据,不能明确排除其他HCV感染受试者特异性影响因素,但据信包括RG-101抑制结合胆红素转运、HCV感染受试者基线胆红素转运受损和肝细胞优先摄取RG-101(由于GalNAc缀合物部分)在内的因素组合可能导致观察到的高胆红素血症。有鉴于此,对靶向miR-122的替代化合物进行了筛选,所述化合物保持了强效HCV抗病毒活性,但不显著干扰MRP2转运蛋白对胆红素的转运。

实施例2:缺乏显著MRP2抑制的强效抗miR-122化合物的体外筛选

选择抗miR-122化合物进行测试,以评估HCV感染小鼠模型中HCV复制子抑制、MRP2转运蛋白抑制、体外和体内安全性、体内药效和体内功效。所述化合物在长度、核苷糖修饰和核苷间键联修饰方面各不相同。此外,也测试了未缀合化合物和GalNAc缀合的化合物。

将HCV复制子测定用于测定抗miR-122化合物抑制HCV基因型1b复制的能力。在此测定中,将测试化合物引入用含有荧光素酶报告基因的HCV GT1b复制子稳定转染的Huh7细胞中。荧光素酶报告子用作HCV复制的间接测量。尽管预期GalNAc缀合的化合物对于HCV感染的治疗是较佳的,但由于增强了对肝细胞的递送,所以测试了一些未缀合的化合物。

选定的化合物在0.015uM至100uM的九种浓度下进行测试。纳入GS-7977(索非布韦)作为阳性对照。将细胞以每孔8,000个细胞的密度平铺至96孔板中。向细胞中添加化合物并保持72小时的时段。用Bright-Glo试剂检测上清液中的发光信号,并用于计算每种化合物的抗病毒活性。将CellTiter-Fluor试剂用于评价细胞活力。计算EC

复制子测定中测试的某些抗miR-122化合物及其计算的EC50值如表2所示。核苷后面没有下标表示β-D-脱氧核糖核苷;核苷后跟下标“E”表示2’-MOE核苷;核苷后跟下标“S”表示S-cEt核苷。磷酸二酯键联用“PO”表示;所有其他键联都是硫代磷酸酯。“Me”表示核苷碱基上的5-甲基。

如表2所示,长度、核苷糖修饰和/或核苷间键联的变化导致病毒抑制的差异。例如,相对于RG2634,RG3054在5’端含有一个额外的核苷,然而RG3054的效力远不如RG2634。RG6371和RG6370仅在磷酸二酯和硫代磷酸酯核苷间键联的数量上不同,但显示出不同的功效。在GalNAc缀合的化合物中,RG6650和RG2634在此测定中是最强效的。尽管RG6234和RG497998作为未缀合的化合物在体外测定中是强效的,但预计体内功效不适合用作治疗剂。

某些化合物在多次实验中进行了测试。RG-101的EC50范围为1.994至10.68uM。RG2634的EC50范围为13.93至31.1uM。RG6650的EC50范围为7.716至11.3uM。RG497998的EC50范围为7.708至10.87uM。

表2:HCV复制子测定中的抗miR-122化合物

对基于HCV复制子测定的功效和结构多样性选择的抗miR-122化合物进行MRP2测定。如表3所示,RG-101和RG1649在此测定中抑制MRP2转运蛋白活性。RG6650、RG2634、RG3054、RG6370、RG6234和RG497998各自显示出大于100uM的IC

对于某些化合物,测定进行了多次。RG1649 IC50的范围为2至11uM,并且RG-101IC50的范围为5至62。每次测试所述化合物时,RG6650大于100uM。

表3:MRP2转运蛋白测定中的抗miR-122化合物

实施例3:缺乏MRP2抑制的强效抗miR-122化合物的体内筛选

进一步测试在复制子测定中抑制HCV复制、而在体外转运蛋白测定中不抑制MRP2的化合物的体内功效和安全性。

为了确定体内功效,评估化合物去阻遏肝脏醛缩酶A(ALDOA)的表达的能力,肝脏醛缩酶A是通常由miR-122活性抑制的基因。miR-122的抑制导致ALDOA表达增加,因此ALDOAmRNA水平可用于测量体内miR-122的抑制活性。

在此测定中仅测试了GalNAc缀合的化合物。化合物是以化合物的抗miR部分的摩尔当量施用。RG-101的单次皮下剂量是以范围为0.004至1.116umol/kg的剂量施用。其他化合物是以范围为0.006至1.942umol/kg的剂量以单次皮下剂量施用。7天后,终止研究。收集肝组织用于测量ALDOA mRNA和药物水平。收集肾组织用于测量药物水平。收集血液用于测量胆固醇。

通过定量PCR测量从肝脏中分离的RNA中的ALDOA mRNA水平。使用ALDOA mRNA相对于盐水的倍数变化来计算每种化合物的ED50(umol/kg)(“ND”表示“未测定”),如表4所示。

除了RG6370(和RG3054,结果不可解释)之外,对于ALDOA去阻遏(表4),此测定中测试的每种化合物都显示出与RG-101相似的ED50。对于胆固醇降低(表5),每种测试的化合物都显示出类似于或优于RG-101的ED50。

表4:ALDOA去阻遏

*结果不可解释

表5:胆固醇降低

也测试符合体内功效标准的化合物的安全性。通过测量干扰素诱导基因IFIT在肝脏中的表达来评价化合物触发促炎性应答的能力。此外,也测量了施用化合物后的ALT水平。化合物RG6370和RG3054增加了IFIT的表达,表明潜在的促炎性应答。

基于所述HCV复制子测定、MRP2测定以及体内功效和安全性研究,两种化合物RG6650和RG2634符合为选择适当强效并且安全的化合物而建立的标准。

为了确定RG6650和RG2634是否可以通过作用的开始来区分,用范围为0.014至1.117umol/kg剂量的化合物处理各组小鼠。施用后1、3、7或14天,从4至5只小鼠组中收集肝组织。分离RNA并测量ALDOA mRNA。据观察,相对于RG2634,RG6650在较低剂量和较早时间点表现出对ALDOA mRNA的增强的去阻遏作用,表明通过ALDOA mRNA去阻遏作用测量,其作用开始得更快速。

实施例4:响应于miR-122抑制的HCV RNA水平降低

由于宿主-病原体的特异性,HCV仅能感染人和黑猩猩。因此,通常用于体内实验研究的较小物种(如小鼠)不能感染HCV,用于测试治疗HCV感染的候选试剂。为了解决此问题,可使用人肝嵌合小鼠模型(例如,参见Bissig等人,Proc Natl Acad Sci USA,2007,104:20507-20511;Bissig等人,J Clin Invest.,2010,120:924-930)。在此模型中,用人肝细胞重新填充免疫缺陷小鼠的肝脏,产生嵌合肝脏,其中大多数肝细胞是人肝细胞。然后用HCV感染小鼠并用抗HCV剂治疗。此小鼠模型可购自例如PhoenixBio。

HCV感染的人嵌合肝小鼠的治疗

在HCV感染的人嵌合肝小鼠模型中测试了抗miR-122化合物。用人肝细胞重新填充免疫缺陷小鼠的肝脏,产生嵌合肝脏,其中大多数肝细胞是人肝细胞。接种HCV基因型1a 6周后,获得了研究中包括的每只动物的基线病毒效价。

用45mg/kg剂量的PBS、RG-101或60mg/kg剂量的RG6650处理每组四只动物。在第3、7、10、14、21、28、35、42和49天收集血液。在第49天终止研究。

如图1所示,用RG-101与RG6650处理导致病毒效价显著降低,如根据血清HCV RNA所测量。RG6650处理导致HCV感染动物中的血清HCV RNA减少2个log以上。

所述结果表明,在单次施用GalNAc缀合的经修饰寡核苷酸RG6650后,HCV感染动物的HCV病毒效价显著降低,作用时间提前并且持续。

如本文所述,RG6650是HCV复制的强效抑制剂,并且重要的是在体外基本上不干扰MRP2转运蛋白活性。因此,RG6650已鉴定为治疗HCV感染的候选治疗剂。

口服施用后抗miR-122化合物的药效学活性

进行实验以确定口服施用RG6650是否会导致肝脏中miR-122的药效学调节。也测试了RG7443,RG6650的未缀合抗miR。尽管未缀合的抗miR-122在HCV治疗中抑制miR-122的效果不如GalNAc缀合的有效,但将其纳入口服施用研究进行比较。

用RG6650或RG7443处理每组5只小鼠,如表6和7所示,其中“s.c.”表示皮下施用,并且“p.o.”表示口服施用。抗miR化合物在PBS中递送用于皮下施用。在PBS溶液中制备口服施用的抗miR化合物,并将0.3M碳酸氢钠(BC)添加至9.5的pH。口服给药时,先使动物禁食12小时。对于所有处理组,向小鼠施用单剂量并且在四天后处死。收集肝组织进行药效学和药物代谢动力学分析。从肝脏和肾脏分离RNA。测量肝脏中的ALDOA减少。

表6:口服或皮下施用抗miR后的PD效应

表7:口服或皮下施用后肝脏组织中的抗miR量

对于肝脏中的RG6650(*),除一只动物外,所有动物的结果都是不可量化的,因此只报告了一只动物的数据。

皮下施用未缀合和GalNAc缀合的抗miR-122化合物导致肝脏中ALDOA的去阻遏。尽管口服施用未缀合的抗miR-122化合物RG7443在肝脏中没有产生显著的PD效应,但口服施用GalNAc缀合的化合物RG6650产生与皮下施用后观察到的PD效应相当的PD效应。所述数据表明,在口服和皮下施用后,GalNAc缀合的抗miR-122化合物RG6650是miR-122的有效抑制剂。

原代人肝细胞中抗miR-122化合物的自由摄取

为了进一步比较RG-101、RG6650和RG7443的活性,用每种化合物处理原代人肝细胞(PPH)。由于平铺后PHH的ASGPR表达下调,使用CCL-163饲养细胞和CellAble板(ToyoGosei Co.,Japan)形成3D PHH球状体。在饲养细胞上平铺4天后,用以下剂量的抗miR处理PPH:0.0001nM、0.001nM、0.01nM、0.1nM、1nM、10nM或100nM。用PBS处理对照组。三天后,收获细胞,分离RNA,并通过RT-PCR测量ALDOA水平。计算每种化合物的EC50。RG-101、RG660和RG7443的EC50分别为6.0nM、2.07nM和1.91μM。GalNAc缀合的9聚体的活性与RG-101的活性相当,这表明HCV效价在临床上有效降低。此外,GalNAc缀合物显著增强了9聚体抗miR-122的活性,如EC50降低了约1000倍所指示(RG6650为2.07nM,RG7443为1.91μM)。因此,在原代人肝细胞中,GalNAc缀合的抗miR-122在较低剂量下明显比未缀合的抗miR-122更具活性。

除了本文描述的那些修改的外,本发明的各种修改将从前述说明而对本领域技术人员变得清楚。意图此类修改也处于所附权利要求书的范围内。本申请中引用的每个参考文献(包括但不限于杂志文章、美国专利和非美国专利、专利申请公布、国际专利申请公布、

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