基于MM/PBSA模型的蛋白质-配体结合自由能计算方法

摘要

本发明提供了一种基于MM/PBSA模型的蛋白质‑配体结合自由能计算方法，包括以下步骤：分别获取蛋白质和配体分子的pdb文件；对蛋白质的pdb文件借助pdb4amber工具进行预处理，删除Amber软件不能读取的氢原子；对配体分子的pdb文件借助antechamber工具，将pdb格式转为mol2文件格式，并且修改原子类型为amber力场的原子类型；借助tleap命令指定配体分子的GAFF力场参数；借助tleap命令采用AMBER99SB‑ILDN分子力场参数，分别生成蛋白质、配体小分子、蛋白质‑配体小分子复合结构的拓扑文件和坐标文件，并在该过程中添加水盒子以及抗衡离子；借助Amber软件对模拟体系进行能量最小化、升温和分子动力学模拟；借助MMPBSA.py程序对上一步骤中的分子动力学模拟轨迹进行基于分子力学‑玻尔兹曼泊松表面积模型的结合自由能计算。