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Fast Compressed Self-indexes with Deterministic Linear-Time Construction

机译:具有确定性线性时施工的快速压缩自我指标

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摘要

We introduce a compressed suffix array representation that, on a text T of length n over an alphabet of size sigma, can be built in O(n) deterministic time, within O(nlogsigma) bits of working space, and counts the number of occurrences of any pattern P in T in time O(|P| + loglog_w sigma) on a RAM machine of w=Omega(log n)-bit words. This new index outperforms all the other compressed indexes that can be built in linear deterministic time, and some others. The only faster indexes can be built in linear time only in expectation, or require Theta(nlog n) bits.
机译:我们介绍了一个压缩的后缀数组表示,它在尺寸Σ的字母表上的长度n的文本t上,可以内置在O(n)的确定性时间内,在工作空间的O(nlogsigma)位内,并计算出现的次数在W = Omega(log n)贝格的RAM机器上的时间O(| p | + loglog_w sigma)中的任何模式p。这个新索引优于可以在线性确定性时间和其他一些可以构建的所有其他压缩索引。只有更快的索引只能在期望中建立线性时间,或者需要θ(nlog n)位。

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