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RETRACTED ARTICLE: Establishing an osteosarcoma associated protein-protein interaction network to explore the pathogenesis of osteosarcoma

机译:缩回的文章:建立骨肉瘤相关蛋白质 - 蛋白质相互作用网络以探讨骨肉瘤的发病机制

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摘要

Background The aim of this study was to establish an osteosarcoma (OS) associated protein-protein interaction network and explore the pathogenesis of osteosarcoma. Methods The gene expression profile GSE9508 was downloaded from the Gene Expression Omnibus database, including five samples of non-malignant bone (the control), seven samples for non-metastatic patients (six of which were analyzed in duplicate), and 11 samples for metastatic patients (10 of which were analyzed in duplicate). Differentially expressed genes (DEGs) between osteosarcoma and control samples were identified by packages in R with the threshold of |logFC (fold change)|?>?1 and false discovery rate?
机译:背景技术本研究的目的是建立骨肉瘤(OS)相关的蛋白质 - 蛋白质相互作用网络,并探讨骨肉瘤的发病机制。方法方法从基因表达Omnibus数据库下载Gene表达谱GSE9508,包括五个非恶性骨(控制)样品,用于非转移患者的七个样品(其中六个分析)和重复分析),以及转移的11个样品患者(其中10份分析)。通过R阈值(折叠变化)|β1和假发现率的液体中的液体鉴定骨肉瘤和对照样品之间的差异表达的基因(DEGS)鉴定了r阈值(折叠变化)β1和假发现率?<?0.05。用于构建Osprey软件来构建DEG的相互作用网络,鉴定蛋白质 - 蛋白质相互作用(PPI)节点的基因被鉴定。然后,用于对PPI网络进行功能注释和网路富集分析的功能注释和路径浓缩分析的数据库,其中P?<?0.05被认为是统计学意义的。结果与对照样品相比,分别在非转移性OS和转移性OS样品中改变了42和341基因的表达。通过基因本体分析获得总共15个显着富集的功能(P?<?0.05)。将DEG分类并显着富集三种途径,包括三羧酸循环,溶酶体和轴突引导。诸如HRAS,IDH3A,ATP6AP1,ATP6V0D2,SEMA3F和SEMA3A等基因涉及富集的途径。结论转移性OS样品中的轮毂基因不仅是OS的生物标记,还有助于改善OS的疗法。

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