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ESTuber db: an online database for Tuber borchii EST sequences

机译:ESTuber db:马铃薯块茎EST序列的在线数据库

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摘要

BackgroundThe ESTuber database () includes 3,271 Tuber borchii expressed sequence tags (EST). The dataset consists of 2,389 sequences from an in-house prepared cDNA library from truffle vegetative hyphae, and 882 sequences downloaded from GenBank and representing four libraries from white truffle mycelia and ascocarps at different developmental stages. An automated pipeline was prepared to process EST sequences using public software integrated by in-house developed Perl scripts. Data were collected in a MySQL database, which can be queried via a php-based web interface.
机译:背景技术ESTuber数据库()包含3,271个块茎马铃薯表达序列标签(EST)。该数据集由来自松露营养菌丝的内部准备的cDNA文库的2389个序列和从GenBank下载的882个序列组成,代表了来自不同松露阶段白松露菌丝体和白果的四个文库。准备了一个自动管道,以使用由内部开发的Perl脚本集成的公共软件来处理EST序列。数据收集在MySQL数据库中,可以通过基于php的Web界面进行查询。

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