宣和猪PID1基因外显子3的SNP检测及其与肉质性状的关联分析

摘要

【目的】探讨PID1基因多态性对宣和猪肉质性状的影响。【方法】以119头宣和猪为本试验的试验材料,对PID1基因外显子3采取PCR产物直接测序的方法对其进行SNP位点检测,选择最小二乘模型对各突变位点基因型及单倍型组合进行肉质性状方面的差异分析。【结果】在宣和猪PID1基因外显子3区域共检测出4个SNP位点,分别为253 643 bp处的T→C(T253643C)、253 675 bp处的G→C(G253675C)、253 734 bp处的A→G(A253734G)和253 827 bp处的G→A(G253827A)。4个SNP位点均检测出3种基因型,分别以等位基因T、G、G、A及基因型TT、GC、AG、AA的频率最高。4个SNP位点共有9种单倍型和24种单倍型组合,其中单倍型CGGA和单倍型组合CGGA/TCAA的频率最高。各位点杂合度在0.4490~0.4997,都属于中度多态且都处于Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.05),遗传多样性比较丰富。G253675C位点与大理石纹评分存在显著关联,其中GC基因型可显著提高大理石纹评分(P<0.05),并且该基因型失水率、熟肉率以及滴水损失均表现最佳;A253734G位点与失水率和IMF含量存在显著关联,其中AG基因型可显著降低失水率(P<0.05),GG基因型可显著提高IMF含量(P<0.05);G253827A位点与失水率存在显著关联,其中GG基因型可显著降低失水率(P<0.05),并且该基因型大理石纹和熟肉率均表现最佳;单倍型组合中,TCAA/TCAA组合的失水率最高,大理石纹评分、熟肉率和IMF含量最低;CGGA单倍型具有提高大理石纹评分、熟肉率和IMF,降低失水率的效应。【结论】研究结果进一步丰富了PID1基因的SNP标记,初步证实了PID1基因对宣和猪的肉质性状有一定影响,可为实际生产中利用PID1基因标记改良宣和猪肉质性状提供了科学依据。